| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,854,897 | A→G | 18.4% | E326G (GAG→GGG) | emrD → | multidrug efflux system protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,854,897 | 0 | A | G | 18.4% | 103.6 / 2.1 | 60 | E326G (GAG→GGG) | emrD | multidrug efflux system protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (23/22); new base G (5/9); total (28/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.70e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGTTTATTCTGCCGATTCCGGCAGCGTTTTTTGGCGCATGGTTTGCCGGACGTCCCAATAAACGCTTCTCCACGTTA‑ATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGC‑GTGCTGGC‑GTCGCTCTCTGCGA‑TGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGT‑TGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGTCATC > NC_000913/3854663‑3855131 | tGTTTATTCTGCCGATTCCGGCAGCGTTTTTTGGCGCATGGTTTGCCGGACGTCCCAATAAACGCTTCTCCACGTTA‑ATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCg > 2:1121496/1‑239 (MQ=255) tttttttggccgtttcggtgggtgTTTTTTGGCGCATGGTTTTCCGGACGCCCCAATAAACGCTTCTCCACTTTA‑ATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGtt < 1:22836/216‑1 (MQ=255) aTTCTGCCGATTCCGGCAGCGTTTTTTGGCGCATGGTTTGCCGGACGTCCCAATAAACGCTTCTCCACGTTA‑ATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGTTGCCGGGATGCAGTTTCCGCTCGCGACCCGCGGCCGGATGGGGCCGTTcc > 2:900745/1‑238 (MQ=255) aTTCTGCCGATTCCGGCAGCGTTTTTTGGCGCATGGTTTGCCGGACGTCCCAATAAACGCTTCTCCACGTTA‑ATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCTGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCCGCGTCCCGATGGAGCGGTTcc > 2:1188621/1‑238 (MQ=255) aTTCTGCCGATTCCGGCAGCGTTTTTTGGCGCATGGTTTGCCGGACGTCCCAATAAACGCTTCTCCACGTTA‑ATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGGGCCGGGATGCTGTTTCCCCTGGCGACCCACGGCCCGTTGGGGCCCTTcc > 2:1321405/1‑238 (MQ=255) aTTCTGCCGATTCCGGCAGCGTTTTTTGGCGCATGGTTTGCCGGACGTCCCAATAAACGCTTCTCCACGTTA‑ATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGGGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGGGCCGGGAGGCTGTTTCCGCTGGCGCCCAGCGGCGCGATGGAGcccgtc > 2:400435/1‑233 (MQ=255) cAGCGTTTTTTGGCGCATGGTTTGCCGGACGTCCCAATAAACGCTTCTCCACGTTA‑ATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGGGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGGGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGCACg > 2:740344/1‑239 (MQ=255) ttttttGGCGCATGGTTTGCCGGACGTCCCAATAAACGCTTCTCCACGTTA‑ATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGGGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGCCCGCCGGCGCGATGGGGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGGCGGGCTgg > 2:1299640/1‑239 (MQ=255) cATGGTTTGCCGGACGTCCCAATAAACGCTTCTCCACGTTA‑ATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGGCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCCCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGGTGCTGTTTGCGCGGGCGCCCACGCGCGGCATGGGTGCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGGCCCGCTggggggcggggg > 1:1021677/1‑229 (MQ=255) ttgttttcccggcgctCCCAATAAACCTTTCTCCCCGTTATGGGGGGCTGT‑GTTTTTCTGGCGCCTGCTGGGTGGTTTGCGGATGGGGTCCCCGGAGTGTTTTGGGGTTATGATGGTCGGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTcg < 1:1013461/224‑1 (MQ=255) 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gctgcCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGCACGGCTTGCGGGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGC‑GTGCTGGC‑GTCGCTCTCTCCGA‑TGTTGCCGcca > 2:578473/1‑237 (MQ=255) gctgcCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGGGGTCTGCCACACCTTGGTTCCGGC‑GTGCTGGG‑CTCGCTTTCTCCGA‑TGTTGCCCCa > 2:956633/1‑238 (MQ=255) gctgcCTGCGGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGTCTGGGTTGCGGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCTCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGC‑GTGCTGGC‑GTCGCTCTCTGCGA‑TGTTGCCGCaa < 2:111736/239‑1 (MQ=255) 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gATGGAGCCGTTCCCCTCCC‑TGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGC‑GTGCTGGC‑GTCGCTCTCTGCGA‑TGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGT‑TGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATc < 2:562174/197‑1 (MQ=255) cttGGGGCCTTTCCCCTTCT‑TGGGGGGCACGGGTGGCGCGCTGGTCGGCGGGCTGCAAAACATTGGTTCCGGC‑GTGCTGGC‑GTCGCTCTCTGCGA‑TGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCTTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGT‑TGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGtcat < 1:923726/237‑1 (MQ=255) tGGGGCCGTTCCCCTTCC‑TGGGGGGACCGGCTGGCGGGCTGGTCGGGGGTCGGCAAAACATTGGTTCCGGC‑GGGCTGGC‑GTCGCTCTCTGCGA‑TGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGT‑TGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGtcatc < 2:1243312/238‑1 (MQ=255) tGGGGCCGTTCCCCCTCC‑TGGCGGGCACGGCTGGCCGGCTGGTCGGTGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGC‑GTGCTGGC‑GTCGCTCTCTGCGA‑TGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGT‑TGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGtcatc < 2:612017/238‑1 (MQ=255) tGGAGCCGTTCCCCGTCC‑TGGCGGGCCCGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGC‑GTGCTGGC‑GTCGCTCTCTGCGA‑TGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGT‑TGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGtcatc < 2:385669/238‑1 (MQ=255) | TGTTTATTCTGCCGATTCCGGCAGCGTTTTTTGGCGCATGGTTTGCCGGACGTCCCAATAAACGCTTCTCCACGTTA‑ATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGC‑GTGCTGGC‑GTCGCTCTCTGCGA‑TGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGT‑TGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGTCATC > NC_000913/3854663‑3855131 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |