| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,981,334 | A→G | 13.9% | E150G (GAG→GGG) | yifK → | putative APC family amino acid transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,981,334 | 0 | A | G | 13.9% | 228.6 / 3.7 | 116 | E150G (GAG→GGG) | yifK | putative APC family amino acid transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (41/50); new base G (12/7); total (57/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.08e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
CGTTCGCCGTTTATGCGCATCGTTATATGAGCCCGTTCTTTGGCTATCTCACCGCCTGGTCTTACTGGTTTATGTGGATGGCGGTGGGGATCTCTGAAATCACCGCCATTGGCGTTTATGTCCAGTTCTGGTTCCC‑GGAGATGGCGCAGTGGATACCCGCATTGATCGCAGTGGCGCTGGTGGCGTTGGCGAATCTGGCGGCGGTGCGGT‑TGTACGGCGAAATCGAGTTCTGGTTCGCGATGATCAAAGTCACCACGATTATCGTGATGATTGTCATTGGCCTGGGCGTGATTTTCTTTGGCTTTGGCAATGGCGGGCAGTCGATTGGTTTTAGCAATCTCACAGAGCATGGC‑GGT‑TTCTTTGCGGGTGGCTGGAAAGGGTTCCTGACCGCTCTGTGTAT‑‑TGTGGTGGCGTCCTACCAGGGCGTGGAGCTGATTGGCATTACTGCCGGTGAAG > NC_000913/3981109‑3981561 | cgCCGTTTATGCGCATCGTTATATGAGCCCGTTCTTTGGCTATCTCACCGCCTGGTCTTACTGGTTTATGTGGATGGCGGTGGGGATCTCTGAAATCACCGCCATTGGCGTTTATGTCCAGTTCTGGTTCCC‑GGAGATGGCGCAGTGGATACCCGCATTGATAGCAGTGGCGCTGGTGGCGTTGGCGAATCTGGCGGCGGGGCGGT‑TGTACGGCTAAATCGGTTTCTGGttacggctga > 2:910068/1‑231 (MQ=255) cATCGTTATATGAGCCCGTTCTTTGGCTATCTCACCGCCTGGTCTTACTGGTTTATGTGGATGGCGGTGGGGATCTCTGAAATCACCGCCATTGGCGTTTATGTCCAGTTCTGGTTCCC‑GGAGATGGCGCAGTGGATACCCGCATTGATCGCAGTGGCGCTGGTGGCGTTGGCGAATCTGGCGGCGGTGCGGT‑TGTACGGCGAAATCGAGTTCTGGGTCGCGATGATCAAAGTcaccac > 2:726583/1‑239 (MQ=255) tCGTTATATGAGCCCGTTCTTTGGCTATCTCACCGCCTGGTCTTACTGGTTTATGTGGATGGCGGTGGGGATCTCTGAAATCACCGCCATTGGCGTTTATGTCCAGTTCTGGTTCCC‑GGAGATGGCGCAGTGGATACCCGCATTGATCGCAGTGGCGCTGGTGGCGTGGGCGAGTCTGGCGGCGGTGCGGG‑TGTACGGCGAAATCGGGTTCTGGTTCGCGATGGTCaaaacgaccacag > 1:904174/1‑229 (MQ=255) ggacccgtttctgggtcTATCCCCCCGCCTGGTCTTACGGGTTTAGGTGGATGGCGGTGGGGATCTCGGAAATCACCGCCATTGGCGTTTATGTCCAGTTCTGGTTCCC‑GGAGATGGCGCAGTGGATACCCGCATTGATCGCAGTGGCGCTGGTGGCGTTGGCGAATCTGGCGGCGGTGCGGT‑TGTACGGCGAAATCGAGTTCTGGTTCGCGATGATCAAAGTCACCACGATTATCGtg < 2:311664/223‑1 (MQ=255) gCCCGTTCTTTGGCTATCTCACCGCCTGGTCTTACTGGTTTATGTGGATGGCGGTGGGGATCTCTGAAATCACCGCCATTGGCGTTTATGTCCAGTTCTGGTTCCC‑GGCGATGGCGCAGTGGATACCCGCATTGATCGCAGTGGCGCTGGTGGCGTTGGCGAATTGGGCGGCGGTGCGGG‑TGTACGGCGAAAGCGAGGTCTGGGTCGCGAAGATAAAAGGAACCAAGATTATAGtgaag > 1:27205/1‑237 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |