| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,253,208 | T→G | 11.8% | V65G (GTG→GGG) | ubiA → | p‑hydroxybenzoate octaprenyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,253,208 | 0 | T | G | 11.8% | 264.5 / 2.3 | 108 | V65G (GTG→GGG) | ubiA | p‑hydroxybenzoate octaprenyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (32/57); new base G (14/4); total (47/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.48e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
AACTGTTTTTACCGGCGTCACCGTTGTACTAAGAGGAAAAAAATATGGAGTGGAGTCTGACGCAGAATAAGCTGCTGGCGTTTCATCGCTTAATGCGTACGGATAAGCCAATTGGCGCGTTAC‑TGCTGCTCTGGCCAACATTATGGGCGTTGTGGGTGGCGACACCGGGCGTTCCCCAGCTCTGGATCCTGGCGGTGTTTGTCGCGGGTGTCTGGCTGATGCG‑CGCTGCCGGATGTGTGGTGAATGATTATGCTGACCGCAAGTTTGATGGTCATGTTAAGCGCACGGCGAACCGACCACTTCCCAGCGGCGCGGTAACAGAGAAAGAGGCGCGCGCGCTGTTTGTCGTGCT‑GGTACTGATTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCATTCTGTTGTCGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGT > NC_000913/4252971‑4253445 | aaCTGTTTTTACCGGCGTCACCGTTGTACTAAGAGGAAAAAAATATGGAGTGGAGTCTGACGCAGAATAAGCTGCTGGCGTTTCATCGCTTAATGCGTACGGATAAGCCAATTGGCGCGTTAC‑TGCTGCTCTGGCCAACATTATGGGCGTTGTGGGTGGCGACACCGGGCGTTCCCCAGCTCTGGATCCTGGCGGTGTTTGTCGCGGGGGCCTGGCTGATGCG‑GCCTGCCGggtgggtg > 2:795282/1‑239 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |