| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,295,699 | T→G | 18.6% | V407G (GTG→GGG) | gltP → | glutamate/aspartate:proton symporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,295,699 | 0 | T | G | 18.6% | 242.2 / 5.8 | 112 | V407G (GTG→GGG) | gltP | glutamate/aspartate:proton symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (24/61); new base G (23/3); total (48/64) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.42e-08 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
TTGACCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTG‑CTGGT‑GA‑TTGCCAAGTGGGAACACAAATTTGA‑CCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGA‑TCAATAATT‑GAAGATTGCC‑GGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACGCC‑AGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTATGCCGCA > NC_000913/4295477‑4295934 | ttGACCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGCAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGGGTTGACCGGATCCTCGCCATGGCCCGGACTGTGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGGGGGG‑GGGGG‑GG‑TTGCCAAGggggga > 1:1201021/1‑237 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(MQ=255)ttGACCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTGATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGGACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATACCGTGGGGGGG‑CGTGG‑GA‑TTTGCAAGTgggga > 2:733083/1‑237 (MQ=255)ttGACCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGACAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGACTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGGG‑CTGGG‑GC‑TTGCCCAGGGGGaa > 2:101786/1‑239 (MQ=255)ttGACCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCCGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGGGCGGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTG‑CTCGT‑GA‑TTGCCAAGCgggga > 1:708556/1‑237 (MQ=255) 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cATTCTGGTGCTGGCGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCGGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTG‑CTGGT‑GA‑TTGCCAAGTGGGAACACAAATTTGA‑CCGTAAGAAAgcgc < 2:732043/239‑1 (MQ=255) cATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTG‑CTGGT‑GA‑TTGCCAAGTGGGAACACAAATTTGA‑CCGTAAGAAAgcgc < 2:874153/239‑1 (MQ=255) cATTCTGGTGCTGAAGCTGATGGTGACCTGGAAAGGGATTGCGGGGCGGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTG‑CTGGT‑GA‑TTGCCAAGTGGGAACACAAATTTGA‑CCGTAAGAAAgcgc < 2:366224/239‑1 (MQ=255) gTGCTGACGCTGATGGGGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTG‑CTGGT‑GA‑TTGCCAAGTGGGAACACAAATTTGA‑CCGTAAGAAAGCGCTGGCTTa < 2:616195/239‑1 (MQ=255) tggggagggtggtggggggtgggAAAGGGATTGCGGGGGTGCCGGGCGTGTCGTTTGTGGGGGTGGGGGCAACGCGGGGTAGCGTATGGATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGGTGACCGTATCCTCGGCATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTG‑CTGGT‑GA‑TTGCCAAGTGGGAACACAAATTTGA‑CCGTAAGAAAGCGCTGGCTTa < 1:336736/216‑1 (MQ=255) ggctgcgggttagggTGGCCTCGAAAGGGGTTGCTGGCGGGGCGGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTG‑CTGGT‑GA‑TTGCCAAGTGGGAACACAAATTTGA‑CCGTAAGAAAGCGCTGGCTTa < 1:302680/225‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |