| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,319,405 | A→C | 11.5% | V68G (GTG→GGG) | phnJ ← | carbon‑phosphorus lyase, SAM‑dependent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,319,405 | 0 | A | C | 11.5% | 224.2 / 2.2 | 94 | V68G (GTG→GGG) | phnJ | carbon‑phosphorus lyase, SAM‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (47/31); new base C (3/12); total (50/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.02e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCGCGTGCATGGTGCGGGTTTCCGTTTCGCGCGGCTCGATAAAGCGCAGCGGCTCGGGGATTGGCACCTGGAAGATAATTATCTGATCTTCGGTCAGCGGCGTTTCGGGGATGCGGTGACGCGTCTGGATAACCGTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAA‑TCGACACGGCGTTGGTGGTGTCATCCGCG‑CCCTGGTCAATCACCTTCAGCA‑CGTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGC‑GGTAAGCTGAATG‑CCGCCGGTTCCCCAGCCGTACGGCATCGGCATCTCGCGCCCGCCAAACGGCACCTGATAACCGGGGATCGCCACCGCTTTTAAGATGGCGCGGCGGATCATGCGTTTGGTCTGCTCGTCGAGGTAGGCAAAGTTGTAGCCGCTCAGATTAGCCATGGTTCTGCTCCTGTTGCAGACGTTTGAGT > NC_000913/4319169‑4319636 | gcgcGTGCATGGTGCGGGTTTCCGTTTCGCGCGGCTCGATAAAGCGCAGCGGCTCGGGGATTGGCACCTGGAAGATAATTATCTGATCTTCGGTCAGCGGCGTTTCGGGGATGCGGTGACGCGTCTGGATAACCGTCCCATCGTCCGTACGTTCCGTGGGGTTTACCCCGGCCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAA‑TCGACACGGCGTTGGTGGGGTCTTCCGCG‑CCCCGGGCAACCAcg > 2:240038/1‑238 (MQ=255) cgTGCATGGTGCGGGTTTCCGTTTCGCGCGGCTCGATAAAGCGCAGCGGCTCGGGGATTGGCACCTGGAAGATAATTATCTGATCTTCGGTCAGCGGCGTTTCGGGGATGCGGTGACGCGTCTGGATAACCGTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAA‑TCGACACGGCGTTGGTGGTGTCATCCGCG‑CCCTGGTCAATCACCtt < 2:1007101/238‑1 (MQ=255) cgTGCATGGTGCGGGTTTCCGTTTCGCGCGGCTCGATAAAGCGCAGCGGCTCGGGGATTGGCACCTGGAAGATAATTATCTGATCTTCGGTCAGCGGCGTTTCGGGGATGCGGGGACGCGTCTGGATAACCGTCGCATCGTCCGTACGGTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGACGTTGCGAA‑ACGCACCGCCGTTGGTGGTGGCA‑CCGCGCCCCCGGCCAATCCCCTTc > 1:1117387/1‑239 (MQ=255) tGCATGGTGCGGGTTTCCGTTTCGCGCGGCTCGATAAAGCGCAGCGGCTCGGGGATTGGCACCTGGAAGATAATTATCTGATCTTCGGTCAGCGGCGTTTCGGGGATGCGGTGACGCGTCTGGATAACCGTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAA‑TCGACACGGCGTTGGTGGTGTCATCCGTG‑CCCTGGTCAATCACCTTCa > 2:780587/1‑238 (MQ=255) tGCATGGTGCGGGTTTCCGTTTCGCGCGGCTCGATAAAGCGCAGCGGCTCGGGGATTGGCACCTGGAAGATAATTATCTGATCTTCGGTCAGCGGCGTTTCGGGGATGCGGTGACGCGTCTGGATAACCGTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAA‑TCGACACGGCGTTGGTGGTGGCATCCGCG‑CCCTGGTCAATAACCTTcg > 2:263968/1‑237 (MQ=255) tGCATGGTGCGGGTTTCCGTTTCGCGCGGCTCGATAAAGCGCAGCGGCTCGGGGATTGGCACCTGGAAGATAATTATCTGATCTTCGGTCAGCGGCGTTTCGGGGATGCGGTGACGCGTCTGAATAACCGTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTTAAGAACTTTCGAA‑TCGACCAGGCGTTGGTGGGGTCATCCGCG‑CCCTGGCAAATCCCCTTcc > 1:626762/1‑237 (MQ=255) gtttcttttgccgtgggtcggaaaaCCGCAGCGGGCCGGGGTTTTGCACCTGGAAGATAATTATCTGATCCCAGGTCAGCGGCGTTTCGGGGATGCGGTGACGCGTCTGGATAACCGTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTGCCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAA‑TCGACACGGCGTTGGTGGTGTCATCCGCG‑CCCTGGTCAATCACCTTCAGCA‑CGTCGCTTTc < 1:1105091/216‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |