| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,368,889 | T→G | 17.3% | S75R (AGT→AGG) | fxsA → | suppressor of F exclusion of phage T7 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,368,889 | 0 | T | G | 17.3% | 147.5 / 2.4 | 89 | S75R (AGT→AGG) | fxsA | suppressor of F exclusion of phage T7 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (20/43); new base G (16/2); total (43/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.05e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GAAACCTTTGCGCTGGTTACCTTTTATTGCCATTTTCCTTTATGTCTATATTGAGATTTCAATCTTTATTCAGGTTGCCCATGTATTGGGGGT‑ATTGCTGACCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGCGGAGAT‑G‑ATTAA‑AA‑GTGTTTCGCT‑GATCATTGCT‑G‑GTTTGCT‑GCTTTTATTAC‑CGGGC‑TTTTTTACCGACTTCCTCGGTCTTCT‑ACTTTTATTGCCGCCGGTG‑CAAAAGCATCTGACAGTGAAGTTGATGCCG‑C‑ATTTGCGCTTTTCTCGCATGCCTGGCGGCGG‑TTTTAGCGCCGGGACCGGTGGCGGTAATACTTTTGATGGTGAGTACCAGCGAAAGGATGATGAGCGCGACCGCCTTGATCATAAAGACG > NC_000913/4368658‑4369127 | gaACCCTTTGCGCTGGTTACCTTTTATTGCCATTTTCCTTTATGTCTATATTGAGATTTCAATCGTTATTCAGGTTTCCCATGTATTGGGGGT‑ATTGCTGACCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGCGGAGAT‑G‑ATTAA‑AA‑GTGTTTCg < 2:487014/238‑1 (MQ=255) aaCCTTTGCACTGGTTACCTTTTATTGCCATTTTCCTTTATGTCTATATTGAGATTTCAATCTTTATTCAGGTTGCCCATGTATTGGGGGT‑ATTGCTGACCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGCGGAGAT‑G‑ATTAA‑AA‑GTGTTTCGCT‑g < 2:238022/239‑1 (MQ=255) gTTACCTTTTATTGCCATTTTCCTTTATGTCTATATTGAGATTTCAATCTTTATTCAGGTTGCCCATGTATTGGGGGT‑ATTGCTGACCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAACGGCGGGGAT‑G‑ATTAA‑AA‑GTGGTTTCCT‑GGTCATTGCT‑g‑ggt > 2:629495/1‑237 (MQ=255) ttgttaaaggggcagccTTTTTGTTTATTTTGAGATTTTAATCTTTATTGGGGTTACGCATGTATTGGGGGT‑TTTGCTCACCATCGTGATGGTTAGATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGCGGAGAT‑G‑ATTAA‑AA‑GTGTTTCGCT‑GATCATTGCT‑G‑GTTtgct‑gc < 1:380200/224‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |