Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 454,195 | T→G | 12.0% | intergenic (‑28/‑277) | yajG ← / → bolA | putative lipoprotein/stationary‑phase morphogene, transcriptional repressor for mreB, also regulator for dacA, dacC, and ampC |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 454,195 | 0 | T | G | 12.0% | 232.0 / 2.5 | 117 | intergenic (‑28/‑277) | yajG/bolA | putative lipoprotein/stationary‑phase morphogene, transcriptional repressor for mreB, also regulator for dacA, dacC, and ampC |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (32/56); new base G (19/5); total (55/62) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.60e-04 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
GTAACGATTTGATTATCGCGGGTGACTTTTGCCAGCGCCTGATCGGTACGCTGATCGGCACCATTAATGCTTACGGTGACGCCCATCAGGCTTGGATCCTGCTGTGGCAGTGTAATCGTCGGGGAAACTTCAATAGTTGTT‑GGCGGTTTTG‑CGCATCCTGCAAGCATAAACAGAGCAACTAACGGGAAGAGGATTTTTTTGAACATGTTCGGGCTCTC‑AGAGACTCTTAA‑GCGTGTTTGGTAAAAATTCCCGCCAT‑CATAACATTGCCAACG‑GCGAGGGGAAGTGGGTAAGGCATGTAAATTCATCATGTTGAC‑GAAATAATCGCCCCTGGTAAAAGAAACACTGATGCGAGGCCTGTGTTTCAATCTTTAAATCAGTAAACTTCATACGCTTGACGGAAAAACCAGGACGAAACCTAAATATTTGTTGTTAAGCTGCAATGGAAACGGTAAAAGCGGCTAGTATTTA > NC_000913/453962‑454429 | gttatgatttgatttTCGGGGGTGATTTTTGCCAGCGGCTGATCGGTACGCTGATCGGCACCATTAATGCTTACGGTGACGCCCATCAGGCTTGGATCCTGCTGTGGCAGTGTAATCGTCGGGGAAACATCAATAGTTGTT‑GGCGGTTTTG‑CGCATCCTGCAAGCATAAACAGAGCAACTAACGGGAAGAGGATTTTTTTGAACATGTTCGGGCTCTC‑AGAGACTCTTAA‑GCGTGttt < 1:261779/233‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |