| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 4,596,353 | T→G | 18.9% | S121R (AGT→AGG) | lgoD → | L‑galactonate oxidoreductase, L‑gulonate oxidoreductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,596,353 | 0 | T | G | 18.9% | 213.2 / 5.8 | 117 | S121R (AGT→AGG) | lgoD | L‑galactonate oxidoreductase, L‑gulonate oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (39/49); new base G (15/11); total (57/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.68e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 123 total aligned reads displayed.
CCGATATTCATGCCTGGGGTGGAAATCAACCATTTTTTAGTTATCCACGTGTTTTAGGCCATGAAATATGTGGGGAGATTGTTGGGCTGGGTAAAAATATTGCTGATCTTAAAAATGGTCAGCAAGTTGCTGTGATCCCTTATGTTGCCTGTCAGCAATGCCCGGCGTGTAAAAGCGGGCGTACCAATTGCTGTGAAAAAATTTCAGTCATTGGCGTGCATCAGGATGGCGGTTTTAGTGAGTATTTGAGCGTGCCGGTGGCG‑AACATTTTGCCCGCAGACGGTATTGACCCGCAGGCGGCAGCAT‑TGATTGAACCTTTCGCTAT‑TAG‑CGCTCATGCGGTGCGTCGCGCAGCCATTGCTCCCGGCGAGCAGGTGCTGGTGGTCGGGGCGGGGCCAATCGGTCTGGGCGCGGCGGCAATC‑GCTAAAGCCGATGGCGCACAGGTGGTGGTGGCGGATACCAGTCCGGCGCGCCGTG > NC_000913/4596115‑4596588 | cctgtatttcttccTGGTGTTGAAATTAACCTTTTTTTAGTTATCCACGTGTTTTAGGTCATGAAATTTGTGGGGGGATTGTTGGGCTGGGTAAAAATATTGCTGATCTTAAAAATGGTCAGCAAGTTGCTGTGATCCCTTATGTGGCCTGTCAGCAATGCCCGGCGTGTAAAAGCGGGCGTACCAATTGCTGTGAAAAAATTTCAGTCATTGGCGTGCATCAGGATGGCGGTTTTAGt < 1:340590/227‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |