| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,158,048 | A→C | 20.7% | P60P (CCA→CCC) | ptsG → | fused glucose‑specific PTS enzymes: IIB component/IIC component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,158,048 | 0 | A | C | 20.7% | 121.4 / 4.0 | 72 | P60P (CCA→CCC) | ptsG | fused glucose‑specific PTS enzymes: IIB component/IIC component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (15/37); new base C (11/6); total (27/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.09e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
AAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGG‑TTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTC‑GGCTTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGG‑CCGCAGTTGTTGCCTA‑TGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCG‑CCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTACTCGGAGGGATTATCTCCGGTGCGATCGCAGCGTACATGTTTAACCGTTTCTA > NC_000913/1157834‑1158275 | aaaaaaaGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGG‑TTCCGTCCTTGCAAACATTCCACTGATTTTTTCGATCGGTGgcgc > 2:867781/1‑238 (MQ=255) aCCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTTTGGCCGAAGCAGGCGG‑GTCCGCCTTTTCTAAAATGCCCATGTTTTTTTCGTAAGGTTGGGCCCTC‑CGCttt > 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cACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTGTCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAACCATGCGG‑GTCCCCTGTTGCAAAACAGCCAATTGTTTTTGCGATAGGGGGCTCCCCC‑GGGttttcaaaacaaaatcta > 1:497491/1‑224 (MQ=255) cACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCCTGTTATGGCAGAAGCAGGCGG‑TTCCTCCCTTGCCAAAATGCCCCCGAGTTTTTGGACCTGGGTTGCCCCC‑GCGTTTCCCAAAAAACATGGc > 1:412824/1‑239 (MQ=255) cACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGG‑TTCCCTCTTTTCACACATGCCCCCTGTTTTTGCGACCCGGGTCGCCCCC‑GGCTTTAACAAAAAAGaagac > 1:1015293/1‑235 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |