| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,272,501 | T→G | 16.1% | intergenic (+152/‑6) | chaB → / → chaC | cation transport regulator/cation transport regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,272,501 | 0 | T | G | 16.1% | 217.8 / 2.3 | 98 | intergenic (+152/‑6) | chaB/chaC | cation transport regulator/cation transport regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (22/55); new base G (17/3); total (40/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.17e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AAGAAACCGCGCATAAAGTGGCCTGGGCTGCTGTGAAGCATGAATATGCCAAAGGGGATGATGATAAATGGCATAAAAAATCGTAAAACCGGTCGCTTAGTTAAAGCTATTCGTGCGGTGTTGCCTTGCAAGTGGTCCGTGGATTGCATATTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGA‑CACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTG‑ATTTCTTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCATTGAAGAATCACTC‑T‑‑TATGGTCAGCAGAACAACGGGCGGCTTCGCTGGCGGCGACGCTGGCTTGTCGACCTGATGAGGGA‑CCGGTGTGGATCTTCGGCTATGGATCGTTGATG‑TGGAATCC‑GGCACTGGAGTTTACCGAATCGTGCACCGGTACACTGGTTGGATGGCA > NC_000913/1272264‑1272730 | aagaaACCGCGCATAAAGTGGCCTGGGCTGCTGTGAAGCATGAATATGCCAAAGGGGATGATGATAAATGGCATAAAAAATCGTAAAACCGGTCGCGTAGTTAAAGCTATTCGTGCGGTGTTGCCTTGCAAGTGGTCCGTGGATTGCATATTTTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGA‑CACCAAAAAGATGTTGCAGGGAAGAATGCAGTGTGGGAAgtg > 2:283187/1‑239 (MQ=255) 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aaGGGGATGATGATAAATGGCATAAAAAATCGTAAAACCGGTCGCTTAGTTAAAGCTATTCGTGCGGTGTTGCCTTGCAAGTGGTCCGTGGATTGCATATTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGA‑CACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGGGATAACGCGGG‑ATTTCTTGATGAATGCCGGTTGTAAAACGGCAtt > 2:781284/1‑239 (MQ=255) ggATGATGATAAATGGCATAAAAAATCGTAAAACCTGTCGGTTAGTTAAAGGTATTCGTGCGGGGTTGCCTTGCAAGTGGTCCGGGGATGGCATATTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAGTGAGGAGTAAAAATGTCCGGAAGA‑CACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTG‑ATTTCTTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCATTTg < 1:963475/237‑1 (MQ=255) ggATGATGAGAAATGGCATAAAAAATCGTAAAACCGGTCGCTTAGTTAAAGCTATTCGTGCGGTGTTGCCTTGCAAGTGGTCCGTGGATTGCATATTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGA‑CACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTG‑ATTTCTTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCATTTgg < 2:939802/238‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |