Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 1,477,207 | A→C | 16.4% | A688A (GCA→GCC) | ydbD → | PF10971 family putative periplasmic methylglyoxal resistance protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,477,207 | 0 | A | C | 16.4% | 165.9 / 5.0 | 78 | A688A (GCA→GCC) | ydbD | PF10971 family putative periplasmic methylglyoxal resistance protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (47/16); new base C (3/11); total (50/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.31e-04 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TTACCCGCTGTTGTTCTCAAGGAATTACAGCAAAACACGCCACGCAATGATATTTGGGCGAAGTTTTTTCTGAGGCAGGAAAACAGTTCCCGTGCGCAGGTT‑GACGAAGCGTTACGTGTTTATTATGCACTAGACCCCGATGCGTTAGCACAACTGGATGTACTGG‑C‑AAAACAACCGGATCGTATATGGTGGAGTACACTGGCGAAAAGC‑AA‑TCTCACATTTTT‑CAA‑GTTCGGCGCACTTAACAA‑CCG‑CCACACACCGCCTGCAGTACTGGCGGCAGAAATTGATCCCGAGTGGTGGATTGTGGCGATGAATAATCCCCGTTTTCCAGTTGATGTATTAAAGGCGAGGCTGAAACGTGATCCTTTGCTGGCGTTAGAGCTTGTTAACCCTGAACT‑GGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAG > NC_000913/1476971‑1477441 | ttACCCGCTGTTGTTCTCAAGGAATTACAGCAAAACACGCCACGCAATGATATTTGGGCGAAGTTTTTTCTGAGGCAGGAAAACAGGTCCCGTGCGCAGGTT‑GACGAAGCGTTACGTGTTTATTATGCACTAGACACCGAGGCGTTAGCACAACTGGATGCACGGG‑C‑AAAACAACCGGACGGTGTATGGGGGGGGCAACAGGCGAAAAGA‑AA‑TCTACCATTTTT‑CAA‑ATTGGGGGCaaa > 1:1314095/1‑237 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |