| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,744,088 | A→T | 12.6% | Y211F (TAC→TTC) | mdtK → | multidrug efflux system transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,744,088 | 0 | A | T | 12.6% | 175.6 / 2.1 | 64 | Y211F (TAC→TTC) | mdtK | multidrug efflux system transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (21/32); new base T (7/2); total (30/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.59e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTGCGTTGTTGTGGGGCGCGCCGGGATATCTGTTCTTCCAGGTTGCCCGTAACCAGTGTGAAGGTCTGGCAAAAACCAAGCCGGGTATGGTAATGGGCTTTATCGGCCTGCTGGTGAACATCCCGGTGAACTATATCTTTATTTATGGTCATTTCGGTATGCCTGAGCTCGGTGGCGTTGGTTGTGGCGTGGCTACTGCGGCGGTGTATTGGGTCATG‑TTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCAAAACCCGATCCTGCGGTTATGAAACGACTGATTCAACTCGGTTTGCCGATTGCG‑CTGGCACTGT‑TCTTTGAAG‑TGACACTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACA‑CCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGT > NC_000913/1743851‑1744324 | gtgcgtTGTTGTGGGGCGCGCCGGGATATCTGTTCTTCCAGGTTGCCCGTAACCAGTGTGAAGGTCTGGCAAAAACCAAGCCGGGTATGGTAATGGGCTTTATCGGCCTGCTGGTGAACATCCCGGTGAACTATATCTTTATTTATGGTCATTTCGGTATGCCTGAGCTCGGTGGCGTTGGTTGTGGCGTGGCTACTGCGGCGGTGTATTGGGGTATG‑TTCCTTGCCCCGGTTTTTTAc > 2:1236789/1‑239 (MQ=255) tgcgtTGTTGTGGGGCGCGCCGGGATATCTGTTCTTCCAGGTTGCCCGTAACCAGTGTGAAGGTCTGGCAAAAACCAAGCCGGGTATGGTAATGGGCTTTATCGGCCTGCTGGTGAACATCCCGGTGAACTATATCTTTATTTATGGTCATTTCGGTATGCCTGAGCTCGGTGGCGTTGGTTGTGGCGTGGCTACTGCGGCGGGGGTTTTGGTCATT‑TTCCTTTCCCTTGGTTCTTTCa > 2:985173/1‑239 (MQ=255) gttgtGGGGCGCGCCGGGATATCTGTTCTTCCAGGTTGCCCGTAACCAGTGTGAAGGTCTGGCAAAAACCAAGCCGGGTATGGTAATGGGCTTTATCGGCCTGCTGGTGAACATCCCGGTGAACTATATCTTTATTTATGGTCATTTCGGTATGCCTGAGCTCGGTGGCGTTGGTTGTGGCGTGGCTACTGCGGCGGTGTATTGGGTCATG‑TTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTaaa < 2:84973/238‑1 (MQ=255) gttgtGGGGCGCGCCGGGATATCTGTTCTTCCAGGTTGCCCGTAACCAGTGTGAAGGTCTGGCAAAAACCAAGCCGGGTATGGTAATGGGCTTTATCGGCCTGCTGGTGAACATCCCGGTGAACTATATCTTTATTTATGGTCATTTCGGTATGCCTGAGCTCGGTGGCGTTGGTTGTGGCGTGGCTACTGCGGCGGGGGTTTTGGGCATGTTTCCTTCCCTTGGTTTTTTCCTTTaa > 2:345029/1‑238 (MQ=255) 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2:1123043/1‑239 (MQ=255) tG‑TTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCAAAACCCGATCCTGCGGTTATGAAACGACTGATTCAACTCGGTTTGCCGATTGCG‑CTGGCACTGT‑TCTTTGAAG‑TGACACTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACA‑CCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTa > 2:601605/1‑239 (MQ=255) tG‑TTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCAAAACCCGATCCTGCGGTTATGAAACGACTGATTCAACTCGGTTTGCCGATTGCG‑CTGGCACTGT‑TCTTTGAAG‑TGACACGGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACA‑CCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTa > 2:309595/1‑239 (MQ=255) cTTGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCAAAACCCGATCCTGCGGTTATGAAACGACTGATTCAACTCGGTTTGCCGATTGCG‑CTGGCACTGT‑TCTTTGAAG‑TGACACTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGGGTGCCCGCTCGGTATTGTTGATTTCGCAGGGCA‑CCAGATTTCCCTGAACTTTCGTTCATAAATGtt > 1:92129/1‑239 (MQ=255) 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tGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCAAAACCCGATCCTGCGGTTATGAAACGACTGATTCAACTCGGTTTGCCGATTGCG‑CTGGCACTGT‑TCTTTGAAG‑GGCAACTGTTTGCCGCTGTGGCGCTGTTAGTGTCTCCGCCCGGTATTGTTGATGTCGCAGGCAA‑ACAATTTGCCCCGAAcctgtcctttatacaac > 1:576904/1‑220 (MQ=255) cATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCAAAACCCGATCCTGCGGTTATGAAACGACTGATTCAACTCGGTTTGCCGATTGCG‑CTGGc < 1:32166/123‑1 (MQ=255) cATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCAAAACCCGATCCTGCGGTTATGAAACGACTGATTCAACTCGGTTTGCCGATTGCG‑CTGGc > 2:32166/1‑123 (MQ=255) aTGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCAAAACCCGATCCTGCGGTTATGAAACGACTGATTCAACTCGGTTTGCCGATTGCG‑CTGGCACTGT‑TCTTTGAAG‑TGACACTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACA‑CCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGc > 2:124499/1‑238 (MQ=255) tGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCAACACCCGATCCTGCGGTTATGAAACGACTGATTCAACTCGGTTTGCCGATTGCG‑CTGGCACTGT‑TCTTTGAAG‑TGACACTGTTTGCCGTCGTGGCACTGTTAGTGTCCCCTCTCGGTATTGTTGGTGCCGCAGGACC‑CCACATTGCCCCGAAATTTTGTTCACTAATATTCGTGCt > 1:381827/1‑238 (MQ=255) tACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCAAAACCCGATCCTGCGGTTATGAAACGACTGATTCAACTCGGTTTGCCGATTGCG‑CTGGCACTGT‑TCTTTGAAG‑TGACACTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTGGCAGGACA‑CCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGt > 2:732013/1‑238 (MQ=255) | GTGCGTTGTTGTGGGGCGCGCCGGGATATCTGTTCTTCCAGGTTGCCCGTAACCAGTGTGAAGGTCTGGCAAAAACCAAGCCGGGTATGGTAATGGGCTTTATCGGCCTGCTGGTGAACATCCCGGTGAACTATATCTTTATTTATGGTCATTTCGGTATGCCTGAGCTCGGTGGCGTTGGTTGTGGCGTGGCTACTGCGGCGGTGTATTGGGTCATG‑TTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCAAAACCCGATCCTGCGGTTATGAAACGACTGATTCAACTCGGTTTGCCGATTGCG‑CTGGCACTGT‑TCTTTGAAG‑TGACACTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACA‑CCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGT > NC_000913/1743851‑1744324 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |