| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,196,131 | G→A | 20.3% | A337T (GCC→ACC) | icd → | isocitrate dehydrogenase, e14 prophage attachment site, tellurite reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,196,131 | 0 | G | A | 20.3% | 86.9 / 21.5 | 51 | A337T (GCC→ACC) | icd | isocitrate dehydrogenase, e14 prophage attachment site, tellurite reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (25/15); new base A (4/6); total (30/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.86e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.68e-01 | |||||||||||
GGCCCGTGGCTGAAAGTTAAAAACCCGAACACTGGCAAAGAGATCGTCATTAAAGACGTGATTGCTGATGCATTCCTGCAACAGATCCTGCTGCGTCCGGCTGAATATGATGTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCG‑CCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGCGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACG > NC_000913/1195903‑1196353 | ggCCCGTGGCTGAAAGTTAAAAACCCGAACCCTGGCAAAGGGATCGGCATTAAAGCCGTGATTGCTGATGCATTCCTGCAACAGATCCTGCTGCGTCCGGCTGAATATGATGTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCG‑CCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAg < 1:325064/229‑1 (MQ=255)ggCCCGTGGCTGAAAGTTAAAAACCCGAACACTGGCAAAGAGATCGTCATTAAAGACGTGATTGCTGATGCATTCCTGCAACAGATCCTGCTGCGTCCGGCTGAATATGATGGTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCG‑CCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAg < 1:478260/229‑1 (MQ=255) cccGTGGCTGAAAGTTAAAAACCCGAACACTGGCAAAGAGATCGTCATTAAAGACGTGATTGCTGATGCATTCCTGCAACAGATCCTGCTGCGTCCGGCTGAATATGATGTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCG‑CCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAg > 1:171300/1‑227 (MQ=255) cccGTGGCTGAAAGTTAAAAACCCGAACACTGGCAAAGAGATCGTCATTAAAGACGTGATTGCTGATGCATTCCTGCAACAGATCCTGCTGCGTCCGGCTGAATATGATGTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCG‑CCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAg < 2:171300/227‑1 (MQ=255) ccGTGGCTGAAAGTTAAAACCCCGAACACTGGCAAAGAGATCGTCATTAAAGACGTGATTGCTGATGCATTCCTGCAACAGATCCTGCTGCGTCCGGCTGAATATGATGTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCG‑CCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAAcc < 2:70402/228‑1 (MQ=255) aaGTTAAAACCCCGAACAGTGGCAAAGAGATCGTCATTAAAGACGTGATTGCTGATGCATTCCTGCAACAGATCCTGCTGCGTCCGGCTGAATATGATGTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCG‑CCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTa < 1:626002/228‑1 (MQ=255) aaaaCCCGAACACTGGCAAAGAGATCGTCATTAAAGACGTGATTGCTGATGCATTCCTGCAACAGATCCTGCTGCGTCCGGCTGAATATGATGTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGCATCGGTATCC‑CCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAAGGCGCCCTGTTTGAAGCACCCCCCGGTACACCGcc > 2:338850/1‑229 (MQ=255) gggcaaagggtccttgaTTAAAGAGGTGATTGGCGTTGCATTCCTGGAACAGAGCCGGCTGCGTCCGGCTGAATATGATGTTATCGCCCGTATGCACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCG‑CCCCTTGTGCAAACATCGGGTACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGt < 2:109251/213‑1 (MQ=255) gCAAAGAGATCGTCATTAAAGACGTGATTGCTGATGCATTCCTGCAACAGATCCTGCTGCGTCCGGCTGAATCTGATGTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTCCATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCG‑CCCCTGGTGCAAACATCGGGGACCAATAGGCCCTGTTTGAGGCCACCCACGGAACTgcgcagcaccaggccggcag > 1:595630/1‑213 (MQ=255) aTCGTCATTAAAGACGTGATTGCTGATGCATTCCTGCAACAGATCCTGCTGCGTCCGGCTGAATATGATGTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCG‑CCCCTGGTGCAAACATCGGGGACGAATGCGCCCGTTGTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGCAACATGCCGGTC‑GGGCAAAg > 1:599777/1‑228 (MQ=255) tAAAGACGTGATTGCTGATGCATTCCTGCAACAGATCCTGCTGCGTCCGGCTGAATATGATGTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCG‑CCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCCCGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCt > 1:695097/1‑229 (MQ=255) ggcGTGAATGCTGATGCATTCCTGCAACAGATCCTGCTGCGGCCGGCTGAATATGATGTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCG‑CCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAACCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGct < 1:228646/227‑1 (MQ=255) gTGATTGCTGATGCATTCCTGCAACAGATCCTGCTGCGTCCGGCTGAATATGATGTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCG‑CCCCTGGTGCAAACATCGGTTACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCCCGGTACTTCCCCGAAATATGCCGGTCCGGCAAAAGGAAAACCAGGcccg > 2:302450/1‑225 (MQ=255) gTGATTGCTGATGCATTCCTGCAACAGATCCTGCTGCGTCCGGCTGAATATGATGTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCG‑CCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAACCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGGCAAAGTAAAACCTGGctct > 1:673498/1‑228 (MQ=255) gTGATTACTCCTGCATTCCTGCAACAGATCCTGCTGCCTCCGGCTGAATATGATGTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCATCGCCGGTTGGCGGTATCGGTATTG‑ACCCTGGTGCAAACCACGGGGACGAATGCGGCCTGTTTGAAGCACCCCACGGTACTGGCCCGACAAATGCCGGTCAGGAACAAGAAAAACCGGGCGCta > 2:234804/1‑229 (MQ=255) tGATTGCTGATGCATTCCTGCAACAGATCCTGCTGCGTCCGGCTGAATATGATGTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCG‑CCCCTGGTGCCACCATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAACCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGCCAACGTAAATCCTGCCTCta > 1:306348/1‑228 (MQ=255) 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< 1:20147/227‑1 (MQ=255) cATTCCTGCAACAGTTCCTGCTGCGTCCGGCTGAATATGATGGTATCGCCTGCATGAACCTGAACGGTGGCTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCG‑CCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGc < 1:325596/229‑1 (MQ=255) tCCGGCTGAATATGATGTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCG‑CCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCCCCGCTGAGCTGATGCTGCGCCACATggtt > 1:491627/1‑227 (MQ=255) tCCGGCTGAATATGATGTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCG‑CACCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAACCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGGCCGGCAAAAGTACTACCTGGCTTTCTTCTTCTCACCGCTGAAGTGATGGTGGGCCAAATGGGt > 2:693355/1‑229 (MQ=255) 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> 1:477542/1‑229 (MQ=255) cttttttGAACCTGACAGGTTACTACTTTTCGTGCGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCGCCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAACCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTaa < 2:327795/223‑1 (MQ=255) tATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCG‑CCCCTGGTGCAAACATCGGTTACGAATGCGCCCTGTTTGAAACCACCCACGGCACTGCGCCGAAATAAGCCTGTCCGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCACTCCGCTTCGATGAGTCTGCGCCACCTGGGTTGGACCggaccagccgcacttattttt > 2:351727/1‑209 (MQ=255) tATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCG‑CCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAAAATGCCGGTCAGGACAACGAAAATCCTGGCCCTATTATTCTCTCCGCTGGGATGATGTTCAGCCAAATGGGGTGGACCGAACGGGCTGACTTAATTGtt > 2:250968/1‑229 (MQ=255) 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1:401861/1‑229 (MQ=255) tttGAAGCCACCCCCGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGAcg < 2:446582/229‑1 (MQ=255) | GGCCCGTGGCTGAAAGTTAAAAACCCGAACACTGGCAAAGAGATCGTCATTAAAGACGTGATTGCTGATGCATTCCTGCAACAGATCCTGCTGCGTCCGGCTGAATATGATGTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCG‑CCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGCGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACG > NC_000913/1195903‑1196353 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |