| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,525,296 | C→T | 14.0% | L58F (CTT→TTT) | yfeN → | putative outer membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,525,296 | 0 | C | T | 14.0% | 149.6 / 2.9 | 68 | L58F (CTT→TTT) | yfeN | putative outer membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (26/30); new base T (7/3); total (34/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATGAAAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCTATATTAGCGATACCTGTTGTATCTCATGCAGAATTTAAAGGCGGTTTTGCAGATATCGGCGTGCA‑TTATCTGGACTGGACCAGCCGGACTACCGAAAAATCGTCGACCAAATC‑AC‑ACAAAGAT‑GATTTTGGTTATCTTGAA‑TTTGAA‑GGTGGCGCTAACTTTAGTTGGGGAGAAATGTACGGGTTCTTCGACTGGG‑AAAACTTCTAT‑AAC‑GGTCGCCATAATAAACCAGGTAGCGAGC‑AGCGTTATACCTTTAAAAATACCAACCGTATTTACCTGGGTGACACCGGATTTAATCTCTACTTGCATGCGTATGGCACCTACGGTTCTGCGAATCGCGTGAATTTCCACGACGATATGTTCCTG > NC_000913/2525091‑2525523 | tCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATGAAAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCTATATTAGCGATACCTGTTGTATCTCATGCAGAATTTAAAGGCGGTTTTTGAGATATCGGCGTGGA‑TTATCTGGGCTGGACCAGCCGGACTACCGAAAAAACGGCGTCCAAAAC‑AC‑CAAAAGAA‑GATTTTGGGTAACATTAA‑ATTTAA‑Ggggggcccaac > 2:143884/1‑222 (MQ=255)tCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATGAAAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCTATATTAGCGATACCTGTTGTATCTCATGCAGAATTTAAAGGCGGTTTTGCAGATATCGGCGTGCA‑TTATTTGGGCTGGACCAGGCGGACTAACGGAAAATCGTCGACCAAATC‑AC‑ACAAAGGA‑GCTTTTGGTTCTCTTGAA‑TTTGAA‑GGTGgccgttaa > 1:292069/1‑223 (MQ=255)tCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATGAAAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCTATATTAGCGATACCTGTTGTATCTCATGCAGAATTTAAAGGCGGTTTTGCAGATATCGGCGTGCA‑TTATTTGGGCTGGACCAGCCGGGCTTACGGAAAAACGTCACCCAAATA‑ACAACAAAAAA‑GTTTTGGGTTATTTTAAA‑TTTGAg‑ggggggccaaa > 2:672386/1‑223 (MQ=255)tCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATGAAAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCTATATTAGCGATACCTGTTGTATCTCATGCAGAATTTAAAGGCGGTTTTGCAGATATCGGCGTGCA‑TTATCTGGACTGGACCAGCCGGACTACCGGAAAACCGTCGACCAAATT‑AC‑CCCAAGAA‑GATATTGGGTTTCTTGAA‑TTTAAA‑Gggggggtcaac > 1:113253/1‑222 (MQ=255)tCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATGAAAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCTATATTAGCGATACCTGTTGTATCTCATGCAGAATTTAAAGGCGGTTTTGCAGATATCGGCGTGCA‑TTATATGGACTGGACCAGCCGGACTACCGAAAAATCGTCGACCAAATC‑AC‑ACAAAGAT‑GGTTTTGGTTATCTTGAA‑TTTTAA‑GGTGGCGCCAAc > 1:625892/1‑229 (MQ=255)tCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATGAAAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCTATATTAGCGATACCTGTTGTATCTCATGCAGAATTTAAAGGCGGTTTTGCAGATATCGGCGTGCA‑ATATCTGGACTCGACCCGCCGGAGTTCCGGAAAATCGACGACCCAATT‑AC‑ACAAAGAT‑GAATTTGGTATTTTTGAA‑TTTTAA‑GGTgtgcgcaac > 1:737044/1‑221 (MQ=255) tactaATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATGAAAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCTATATTAGCGATACCTGTTGTATCTCATGCAGAATTTAAAGGCGGTTTTGCAGATATCGGCGTGCA‑TTCTCTGGACTGGACCCTCCGGACTACCTAAACATCGTCGACCCAATC‑CC‑AAAAAAGT‑GCTTTTGGGTTTCCTGAA‑TTTGAA‑GGAGGGCCTAAAtt > 2:476045/1‑229 (MQ=255) atatCGATCGGCATAGGGAATTATTCTATGAAAAAACTTCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCTATAGTAGCGATACCGGTTGTATCTCATGCAGAATTTAAAGGCGGTTTTGCAGATATCGGCGTGCA‑TTATCTGGACTGGACCAGCCGGACTACCGAAAAATCGTCGACCAAATC‑AC‑ACAAAGAT‑GATTTTGGTTATCTTGAA‑TTTGAA‑GGTGGCGCTAACTTTAGtt < 2:2998/229‑1 (MQ=255) gATCGGCATAGGGAATTATGCTATGAAAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCTATATTAGCGATACCTGTTGTATCTCATGCAGAATTTAAAGGCGGTTTTTCAGATATCGGCGTGCA‑TTTTCTGGAATGGACCAGCCGGACTACCGCAAAAACGGCGACCCAATC‑AA‑ACCAAGAA‑GAGTTTGGTTTACTTGGA‑TTTTAATGGGGGCGC‑AACATTTGTTTGGga > 1:708508/1‑229 (MQ=255) ggCATAGGGAATTATGCTATGAAAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCTATATTAGCGATACCTGTTGTAGCTCATGCAGAATTTAAAGGCGGTTTTGCAGATATCGGCGTGCA‑TTATCTGGACTGGACCAGCCGGACTACCGAAAAATCGTCGACCAAATC‑AC‑ACAAAGAT‑GATTTTGGTTATCTTGAA‑TTTGAA‑GGTGGCGCTAACTTTAGTTGGGGAGaaa < 1:672387/229‑1 (MQ=255) gggAATTATGCTATGAAAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCTATATTAGCGATACCTGTTGTATCTCATGCAGAATTTAAAGGCGGCTTTTCAGATATCGGCGTGCACTTAT‑TTGACTTGAGCAGCCGGATTAACGAAAAATTGTCGAACAAATCAAC‑ACAAAG‑T‑AGTTTTGGGTGACTTGAA‑TTTGAA‑GTAGGCGCCAACTTTACATTGGGAGGAAttgaa > 1:582051/1‑224 (MQ=255) gggAATTATGCTATAAAAAAACTTCTTTTAACTCTGACATTTTCCTCTATATTAGCGATACCTGTTGTATCTCATGCAGAAGTTAAAGGCGGTTTTGCAGATAACGGCGTGCA‑TTATCTGGACTGGACCAGCCGGACTACCGAAAAATCGTCGACCAAATC‑AC‑ACAAAGAT‑GATTTTGGTTATCTTGAA‑TTTGAA‑GGTGGCGCTAACTTTAGTTGGGGAGAAATGTACg < 2:215896/229‑1 (MQ=255) tATGCTATGAAAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCTATATTAGCGATACCTGTTGTATCTCATTCAGAATTTAAAGGCGGTTTTGCAGAAATCGGCGTGCA‑TTATCTTGACTTGACCAACCCTGCATCCGAAAAAACTGCTGACAAATA‑CC‑CCAAAGAT‑GATTTTGGTTATATTTAATTTTGAA‑GGT‑GCGCTAACTTTAATTTGGGGGAAATGTAAggggttt > 2:532701/1‑225 (MQ=255) tATGCTATGAAAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCTATATTAGCGATACCTGTTGTATCTCATGCAGAATTTAAAGGCGGTTTTTCAGAAATCGGCGGGCC‑TTATTTTGCCATGAACCGCCCGCGTACCCGAAAATAGTCCGCCAAATC‑AC‑ACAAAAAG‑TATTTTGGTTATCTTGAT‑ATTGTA‑ATGGGCGCTAAACTTAGATTGGGGGAAAtatcaagggttt > 2:454824/1‑218 (MQ=255) tATGCTATGAAAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCTATATTAGCGATACCTGTTGTATCTCATGCAGAATTTAAAGGCGGTTTTGCAGATATCGGCGTGCA‑TTATCTGGGCTGGACCCGCCCGACTTCCGGAAAATCGTTCACCCAATC‑AA‑ACAAAGAA‑GATTTTTGTTATCTTGAA‑TTTGAA‑GGTGGCCCCAAACTTAATTTGGGGTAAATGTTCGGGtttt > 1:236367/1‑227 (MQ=255) tATGCTATGAAAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCTATATTAGCGATACCTGTTGTATCTCATGCAGAATCTAAAGGCGGTTTTGCAGATATCGGCGTGCA‑TTATCTGGACTGGACCACCCGGCCTACCGAAAAATCGTCGACCCAATC‑AC‑ACAAAGAT‑GATTTTGGGTATCTTGAA‑TTTTAA‑GGTGGCGCTCACTTTAGTTTGGGAGAAATggtcggtgtct > 1:640963/1‑219 (MQ=255) cttttaaaaaaCATTTTTTAACTCTGACACTTTCCTCTATATTAGCGATTCCTGTTGTATCTCATGCAGAATTTAAAGGCGGTTTTGCAGATAGCGGCGTGCA‑TTATCTGGACTGGACCAGCCGGACTACCGAAAAATCGTCGACCAAATC‑AC‑ACAAAGAT‑GATTTTGGTTATCTTGAA‑TTTGAA‑GGTGGCGCTAACTTTAGTTGGGGAGAAATGTACGGGTTCTTCGa < 2:625891/224‑1 (MQ=255) aaatctttttttAACCTTGAAACTTTCCTCTATTTTGGCGATTCCTTGTGTGTCTTCTGCAGAATTTAAAGGCGGTTTTGACAATATCGGCGTGCA‑TTATCTGGACTGGACCAGCCGGACTACCGAAAAATCGTCGACCAAATC‑AC‑ACAAAGAT‑GATTTTGGTTATCTTGAA‑TTTGAA‑GGTGGCGCTAACTTTAGTTGGGGAGAAATGTACGGGTTCTTCGACTGGG‑aa < 2:113253/221‑1 (MQ=255) aaatCATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCTATATTAGCGATTTCTGTTGTATCTCATGCAGAATTTAAAGGCTGTTTTGCAGATATCGGCGTGCA‑TTATCTGGACTGGCGCAGCCGGACTACCGAAAAATCGTCGACCAAATC‑AC‑ACAAAGAT‑GATTTTGGTTATCTTGAA‑TTTGAA‑GGTGGCGCTAACTTTAGTTGGGGAGAAATGTACGGGTTCTTCGACTGGG‑aa < 2:369570/229‑1 (MQ=255) aaaatctCTTTTAACTCTGACTCTTTACTCTATTATAGCGATACCTGTTGTATCTCATGCAGAATTTAAAGGACGTTTTGCAGATATCGGTGTGAA‑TTATCTGGACTGGACCAGCCGGACTACCGAAAAATCGTCGACCAAATC‑AC‑ACAAAGAT‑GATTTTGGTTATCTTGAA‑TTTGAA‑GGTGGCGCTAACTTTAGTTTGGGAGAAATGTACGGGTTCTTCGACTGGG‑aa < 1:349310/223‑1 (MQ=255) ccatttttttataaagcaccTTTCCTGGATATTAGCGATTCCTGTTGAATCTCAGGAAGAATTTAAAGGCGGTTTTACAAATAGCGGAGTGCA‑TTATCGGGACTGGACCAGCCGGACTACCGAAAAATCGTCGACCAAATC‑AA‑ACAAAGAT‑GATTTTGGTTATCTTGAA‑TTTGAA‑GGTGGCGCTAACTTTAGTTGGGGAGAAATGTACGGGTTCTTCGACTGGG‑AAAAc < 2:582050/210‑1 (MQ=255) aCATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCTATATTAGCGATACCTGTTGTATCTCATGCAGAATTTAAAGGCGGTTTTGCAGATATCGGCGTGCA‑TTATCTTGACTGGAACAGCCGGACTACCGAAAAATCGTCGACCAAAAC‑CA‑CCAAAGAT‑GATTTTGGTTATCTTGAA‑ATTGAA‑AGGGGCGCTCACCTTAGTTGGGGGGAAATGTAAGGGTTTTTCGGATGGG‑aaaaa > 1:173375/1‑228 (MQ=255) aCTCTGTCCTTTTCCTTTATATTAGCGATACCTGTTGCATCTCATGCAGAATTTAAAGGCGGTTTTGCAGATAGCGGCGTGCA‑TTATCTGGACTGGACCAGCCGGACTACCGAAAAATCGTCGACCAAATC‑AC‑ACAAAGAT‑GATTTTGGTTATCTTGAA‑TTTGAA‑GGTGGCGCTAACTTTAGTTGGGGAGAAATGTACGGGTTCTTCGACTGGG‑AAAACTTCTAT‑AAC‑g < 2:277592/229‑1 (MQ=255) aagggacagttgctctATATTTGCGATACCGGTTGTATCTAATGCAGAATTTAAAGGCGGTTTTGCAGATAGCGGCGTGCA‑TTATCTGGACTGGACCAGCCGGACTACCGAAAAATCGTCGACCAAATC‑AC‑ACAAAGAT‑GATTTTGGTTATCTTGAA‑TTTGAA‑GGTGGCGCTAACTTTAGTTGGGGAGAAATGTACGGGTTCTTCGACTGGG‑AAAACTTCTAT‑AAC‑GGt < 2:531617/217‑1 (MQ=255) gACACTTTCCTCTATATTAGCGATACCTGTTGTATCTCATGCAGAATTTAAAGGCGGTTTTGCAGATACTGGTGTGCA‑TTATCTGGACTGGACCAGCCGGACTACCGAAAAATCGTCGACCAAATC‑AC‑ACAAAGAT‑GATTTTGGTTATCTTGAA‑TTTGAA‑GGGGGCGCTTACTTTAGTTTGGGAGAAATTTACGGGTTCTTCGACTGGG‑CAAACTTCTAT‑AAC‑GGTCGc > 1:100458/1‑229 (MQ=255) ttttCCTCTATCTTAGCGATTCCGGTTTTTCTTCATGCAGAATTTAAAGGCGGTGTTGCAGATATCGGCGTGCA‑TTATCTGGACTGGACCAGCCGGACTACCGAAAAATCGTAGACCAAATC‑AC‑ACAAAGAT‑GATTTTGGTTATCTTGAA‑TTTGAA‑GGTGGCGCTAACTTTAGTTGGGGAGAAATGTACGGGTTCGTCGACTGGG‑AAAACTTCTAT‑AAC‑GGTCGCCata < 2:104076/228‑1 (MQ=255) tAGCGATACCTGTTGTATCTCATGCAGAATTTAAAGGCGGTTTTGCCGATATCGGCGTGCA‑TTATCTGGACTGGACCAGCCGGACTACCGAAAAATCGTCGACCAAATC‑AC‑CCAAAGAT‑GATTTTGGTTATCTTTAA‑TTTTAA‑GGTGGCGGTAACTTTAGTTTGGGAGAAATGTAAGGGTTCTTCGCCTTGG‑AAAAATTCTAT‑AAC‑GGTCGCCATAATAAAACAGGGAg > 1:230245/1‑229 (MQ=255) tAGCGATACCTGTTGTATCTCATGCAGAATTTAAAGGCGGTTTTGCAGATATCGGCGTGCA‑TTATCTTGACTTGAACAGCCGGACTTCCGGAAAATCGTCGCCCCAATC‑AC‑ACCAAAGT‑GATTTTTGTTATTTTCAA‑ATTGAA‑GGGGGCGCTACCTTTCGTTTGGGGGAAATGTACCGGTTTTTCACCCGGG‑CAAACCTCTTTCAAG‑GGGGGCCATAA‑AAACCACGTaa > 2:471374/1‑228 (MQ=255) tAGCGATACCTGTTGTATCTCATGCAGAATTTAAAGGCGGTTTTGCAGATATCGGCGTGCA‑TTATCTGGACTGGACCAGCCGGGCTACCGGAAAATCGTCGACCAAATC‑AC‑ACAAAGAT‑GATTTTTGGTATCTTGGA‑TTTGAA‑AGGGGCGCTAACTTTAGTTGGGGGGGAATGTACGGGGTTTTTGACTGGG‑GAAACTTTTAT‑AAA‑GGGCGCCCtaataactgtcctt > 1:531617/1‑220 (MQ=255) gCGATACCTGTTGTATCTCATGCAGAATTTAAAGGCGGTTTTGCAGATATCGGCGTGCA‑ATATCTGGACTGGAACAGCCGGGCTACCCAAAAAACGTCGGACCAATT‑AC‑ACAAAAATAGATTTT‑GTTATTTTGAA‑GTTTAA‑GGGGGGCCCAACTTTAAATGGGGGGAAATTTAAGGGGTTTTTGGATGGG‑GAAAATTTTTT‑AAC‑AGTCGCCCAAAAAAAcaaagtgagc > 2:705703/1‑220 (MQ=255) tattccTGTTTGATCTCATGCAGAATTTAAAGGCGGTTTTGCAGATATCGGCGTGCA‑TTATCTGGACTGGACCAGCCGGACTACCGAAAAATCGTCGACCAAATC‑AC‑ACAAAGAT‑GATTTTGGTTATCTTGAA‑TTTGAA‑GGTGGCGCTAACTTTAGTTGGGGAGAAATGTACGGGTTCTTCGACTGGG‑AAAACTTCTAT‑AAC‑GGTCGCCATAATAAACCAGGTAGCGag < 2:442739/225‑1 (MQ=255) gtttccttttttttttcATGCAAAATTTAAAGGCGGTTTGGCAAATATCTGCGTGAA‑TTATCTGGGCTGGACCAGCCGGTCTACCTAAAAATCGTCGACCAAATC‑AC‑ACAAAGAT‑GAGTTTGGTTATCTTGAA‑TTTGAA‑GGTGGCGCTAACTTTAGTTGGGGAGAAATGTACGGGTTCGTCGACTGGG‑AAAACTTCTAT‑AAC‑GGTCGCCATAATAAACCAGGTAGCGag < 2:90052/214‑1 (MQ=255) gATACCTGTTTGATCTCATTCAGAATTTAAAGGCGGTTTTGCAGATATCGGCGTGCA‑TTATCTGGACTGGACCAGCCGGACTACCGAAAAATCGTCGACCAAATC‑AC‑ACAAAGAT‑GATTTTGGTTATCTTGAA‑TTTGAA‑GGTGGCGCTAACTTTAGTTGGGGAGAAATGTACGGGTTCTTCGACTGGG‑AAAACTTCTAT‑AAC‑GGTCGCCATAATAAACCAGGTAGCGag < 2:486062/229‑1 (MQ=255) cattccTGTTTTATTTCATGCAGAATTTAAAGGCGGTTTTGCAGAAATCGGCGTGCA‑TTATCTGGACTGGACCAGCCGGACTACCGAAAAATCGTCGACCAAATC‑AC‑ACAAAGAT‑GATTTTGGTTATCTTGAA‑TTTGAA‑GGTGGCGCTAACTTTAGTTGGGGAGAAATGTACGGGTTCTTCGACTGGG‑AAAACTTCTAT‑AAC‑GGTCGCCATAATAAACCAGGTAGCGag < 2:230245/225‑1 (MQ=255) aCCTGTTGTATCTCATGCAGAATTTAAAGGCGGTTTTGCAGGTATCGGCGTGCG‑TTATCTGGGATGGACCAGCCGGACTACCGAAAAATCGTCGACCAAATC‑AC‑ACAAAGAT‑GATTTTGGGTATCTTGAA‑TTTGAA‑GGGGGGGCCAACTTTAGTTGGGAGGTAATGTACGGGGACTTAGCATGGGTAAAACTT‑TAT‑AACAGGCGGCCAAAAAAAACAAGG‑AGGGagc‑aa > 2:167683/1‑228 (MQ=255) aCCTGTTGTATCTCATGCAGAATTTAAAGGCGGTTTTGCAGATATCGGCGTGCA‑TTATCTGGACTGGACCAGCCGGACTACCGAAAAATCGTCGACCAAATC‑AC‑ACAAAGAT‑GATTTTTGGTATCTTTAA‑TTTTAA‑AGGGGCGCTAACTTTAGTTGGGGAGAAATGTACGGGGTCTTTGACTGGG‑GAAACTTCTAT‑AAC‑GGTGGCCCTAATAAAACAGGTacggggcag > 1:371191/1‑221 (MQ=255) aCCTGTTGTATCTCATGCAGAATTTAAAGGCGGCTTTACAGATATCGGCGGGCA‑TTATCTGGGCTGGTCCCGACGGAATACCGAAAAAACATTGACCAAATC‑AC‑CCACAGAG‑GATTTTTGTTATTTTGAA‑TTTTAA‑AGTGGCGGTAAATTTAGTTGGTGAGCAATGTACTGGTTCTTTGACTGGG‑GAAAATTTTTT‑TAC‑GGTGGCCATAATaaaaccagtaatgaga > 2:585533/1‑214 (MQ=255) gtATCTCATTCAGAATTTAAAGGCCGTTTTGCAGATATCGGCGTGCA‑TTATCTGGACTGGACCAGCCGGACTACCGAAAAATCGTCGACCAAATC‑AC‑ACAAAGAT‑GATTTTGGTTATCTTGAA‑TTTGAA‑GGTGGCGCTAACTGTAGTTGGGGAGAAATGTACGGGTTCTTCGACTGGG‑AAAACTTCTAT‑AAC‑GGTCGCCATAATAAACCAGGTAGCGAGC‑AGCGTta < 1:104047/227‑1 (MQ=255) tctcATGCAGAATTTAAAGGCGGTTTTGCAGATATCGGCGTGCA‑TTATCTTTGCTGGACCAGCCGGACTACCGAACAATTGTGGGCCAAATC‑AC‑ACAAAGGT‑TATTTTGGTTTTTTTGAA‑TTTGAA‑GGTGGCGCTAACTTTATTTGGGGAGGAATGTATGGGGTCTTTGACTTGG‑AAAACTTCTAT‑AAC‑GGTGGCCCTAAAAAACTAGGTTGCGGGC‑AGCGGTTTACCt > 1:640092/1‑229 (MQ=255) aaTTTAAAGGCGGTTTTGCAGATATCGGCGGGCA‑TTATCTGGGCTGGACCAGCCGGGCTACCGGAAAAACGTCGGCCAAATC‑AC‑ACAAAGAT‑GATTTTTGTTATCTTTAA‑ATTGAA‑GGGGGCGCTAACATTAGTTGGGGGGGAAATTACGGGGTTTTTGAATGGG‑GAAAATTTTAT‑AAA‑GGGCGCCATAAATAACAAGGGAGGCTGG‑AAGGGTAAACCTTTaaaaaaaa > 2:266825/1‑226 (MQ=255) aaTTTAAAGGCGGTTTTGCAGATATCGGCGGGAC‑TTTTCTTGACTGGAACAGCCCGACTTCCGGAAAATCGTCGACCAAATT‑AC‑ACAAAAAT‑GAATTTGGTTTATTTGAA‑TTTGAA‑GGGGGGGCTCACTTTCGATGGGGTGACAAGTACGGGTTCTTCGACTAGG‑AGAACCTCTAA‑AAC‑GGTGGCCCTAAAAAAACACGTAGGCAGCGAGGGTT‑TAACTTTaaaaaaaa > 2:173162/1‑226 (MQ=255) ttAAAGGCGGTTTTGCAAATATCTGCGTTCA‑TTATCTGGACTGGACCAGCCGGACTTCCGAAAAATCGTCGACCAAATC‑AC‑ACAAAGAT‑GATTGTGGTTAGCTTGAA‑TTTGAA‑GGTGGCGCTAACTTTAGTTGGGGAGAAATGTACGGGTTCGTCGACTGGG‑AAAACTTCTAT‑AAC‑GGTCGCCATAATAAACCAGGTAGCGAGC‑AGCGTTATACCTTTAAAAATACCaa < 2:236367/229‑1 (MQ=255) ttAAAGGCGGTTTTGAAAAAATCGGCGGGCA‑TTATCTGGACTGGACCAGCCGGACTACCGAAAAATCGTCGACCAAATC‑AC‑ACAAAGAT‑GATTTTGGTTATCTTGAA‑TTTGAA‑GGTGGCGCTAACTTTAGTTGGGGAGAAATGTACGGGTTCTTCGACTGGG‑AAAACTTCTAT‑AAC‑GGTCGCCATAATAAACCAGGTAGCGAGC‑AGCGTTATACCTTTAAAAATACCaa < 2:708507/229‑1 (MQ=255) ttAAAGGAGGTTGTGCAGATATCGGCGTGCA‑TTATCTGGACTGGACCAGCCGGACTACCGAAAAATCGTCGACCAAATC‑AC‑ACAAAGAT‑GATTTTGGTTATCTTGAA‑TTTGAA‑GGTGGCGCTAACTTTAGTTGGGGAGAAATGTACGGGTTCTTCGACTGGG‑AAAACTTCTAT‑AAC‑GGTCGCCATAATAAACCAGGTAGCGAGC‑AGCGTTATACCTTTAAAAATACCaa < 1:471374/229‑1 (MQ=255) ttttGCAGGTATCGGCGTGCA‑TTATCTGGACTGGACCAGCCGGACTACCGAAAAATCGTCGACCAAATC‑AC‑ACAAAGAT‑GATTTTGGTTATCTTGAA‑TTTGAA‑GGTGGCGATAACTTTAGTTGGGGAGAAATGTACGGGTTCTTCGACTGGG‑AAAACTTCTAT‑AAC‑GGTCGCCATAATAAACCAGGTAGCGAGC‑AGCGTTATACCTTTAAAAATACCAACCGTATTTAc < 1:476045/229‑1 (MQ=255) ttttGCAGATAACGGCGTGCA‑TTATCTGGACTGGACCAGCCGGACTACCGAAAAATCGTCGACCAAATC‑AC‑ACAAAGAT‑GATTTTGGTTATCTTGAA‑TTTGAA‑GGTGGCGCTAACTTTAGTTGGGGAGAAATGTACGGGTTCTTCGACTGGG‑AAAACTTCTAT‑AAC‑GGTCGCCATAATAAACCAGGTAGCGAGC‑AGCGTTATACCTTTAAAAATACCAACCGTATTTAc < 1:532701/229‑1 (MQ=255) cGGCGTGCA‑TTATCTGGACTGAAACGGGCGGGCTACCGAAAAATCGTCGACCAAATC‑AC‑ACAAAGAT‑GATTTTGGTTATTTTGAA‑TTTGAA‑GGTGGCGCTAACTTTAGTTGGGGAGAAATGTACGGTGTCTTCGACTGGG‑AAAACTTCTAT‑AAC‑GGTCGCCATAATAAACCAGGTAGCGAGC‑AGCGTTATACCTTTAAAAATACCAACCGTATTTACCTGGGTGacac < 1:719498/228‑1 (MQ=255) gCA‑TTATCTGGACTGGACCAGCCGGACTACCGAAAAATCGTCGACCAAATC‑AC‑ACAAAGAT‑GATTTTGGTTATCTTGAA‑TTTGAA‑GGTGGCGCTAACTTTAGTTGGGGAGAAATGTACGGGTTCTTCGACTGGG‑AAAACTTCTAT‑AAC‑GGTCGCCATAATAAACCAGGTAGCGAGC‑AGCGTTATACCTTTAAAAATACCAACCGTATTTACCTGGGTGACACCGGa > 2:588278/1‑226 (MQ=255) cA‑TTATCTGGACTGGACCAGCCGGACTACCGAAAAATCGTCGACCAAATC‑AC‑ACAAAGAT‑GATTTTGGTTATCTTGAA‑TTTGAA‑GGTGGCGCTAACTTTAGTTGGGGAGAAATGTACGGGTTCTTCGACTGGG‑AAAACTTCTAT‑AAC‑GGTCGCCATAATAAACCAGGTAGCGAGC‑AGCGTTATACCTTTAAAAATACCAACCGTATTTACCTGGGTGACACCGGAtt < 1:454824/227‑1 (MQ=255) ccccggcgagcTACCGAAATATCGTCGACGAAATC‑AC‑ACAAGGGT‑GATTTTGGTTATGTTGAA‑TTTGAA‑GGGGGAGCTAACTTTAGTGGGGGAGAAATGTACGGGTTCGTCGACTGGG‑AAAACTTCTAT‑AAC‑GGTCGCCATAATAAACCAGGTAGCGAGC‑AGCGTTATATCTTTAAAAATACCAACCGTATTTACCTGGGTGACACCGGATTTAATCTCTACTTGCATg < 2:356770/219‑1 (MQ=255) acCAGCCGGACTACCGAAAAATCGTCGACCAAATC‑AC‑ACAAAGAT‑GATTTTGGTTATCTTGAA‑TTTGAA‑GGTGGCGCTAACTTTAGTTGGGGAGAAATGTACGGGTTCTTCGACTGGG‑AAAACTTCTAT‑AAC‑GGTCGCCATAATAAACCAGGTAGCGAGC‑AGCGTTATACCTTTAAAAATACCAACCGTATTTACCTGGGTGACACCGGATTTAATCTCTACTTTCAt > 1:218048/1‑228 (MQ=255) acCAGCCGGACTACCGAAAAATCGTCGACCAAATC‑AC‑ACAAAGAT‑GATTTTGGTTATCTTGAA‑TTTGAA‑GGTGGCGCTAACTTTAGTTGGGGAGAAATGTACGGGTTCTTCGACTGGG‑AAAACTTCTAT‑AAC‑GGTCGACATAATAAACCAGGAAGCGAGC‑AGCGTTATACCTTTAAAAATACCAACCGTATTTCCCTGGGGGAAACCGGATTTAATCTCTACTTACAt > 1:729055/1‑228 (MQ=255) gCCGGACTACCGAAAAATCGTCGACCAAATC‑AC‑ACAAAGAT‑GATTTTGGTTATCTTGAA‑TTTGAA‑GGTGGCGCTAACTTTAGTTGGGGAGAAATGTACGGGTTCTTCGACTGGG‑AAAACTTCTAT‑AAC‑GGTCGCCATAATAAACCAGGTAGCGAGC‑AGCGTTATACCTTTAAAAATACCAACCGAATTTACCTGGGTGACACCGGATTTAATCTCTACTTGCATGCGTa > 1:249830/1‑229 (MQ=255) ggACTTCCGAAAAATCGGCGACCAAATC‑AC‑ACAAAGAT‑GATTTTGGTTATCTTGAA‑TTTGAA‑GGTGGCGCTAACTTTAGTTGGGGAGAAATGTACGGGTTCTTCGACTGGG‑AAAACTTCTAT‑AAC‑GGTCGCCATAATAAACCAGGTAGCGAGC‑AGCGTTATACCTTTAAAAATACCAACCGTATTTACCTGGGTGACCCCGGATTTAATCGCTACTTGCATGCGTATg < 1:585534/228‑1 (MQ=255) gACTACCGAAAAATCGTCGACCAAATC‑AA‑ACAAAGAT‑GATTTTGGTTATCTTGAA‑TTTGAA‑GGTGGCGCTAACTTTAGTTGGGGAGAAATGTACGGGTTCTTCGACTGGG‑AAAACTTCTAT‑AAC‑GGTCGCCATAATAAACCAGGTAGCGAGC‑AGCGTTATACCTTTAAAAATACCAACCGTATTTACCTGGGTGACACCGGTTTTAATCTCTACTTGCATGCGTATGGc < 1:705704/229‑1 (MQ=255) ccGAAAAATCGTCGACCAAATC‑AC‑ACAAAGAT‑GATTTTGGTTATCTTGAA‑TTTGAA‑GGTGGCGCTAACTTTAGTTGGGGAGAAATGTACGGGTTCTTCGACTGGG‑AAAACTTCTAT‑AAC‑GGTCGCCATAATAAACCAGGTAGCGAGC‑AGCGTTATACCTTTAAAAATACCAACCGTATTTACCTGGGTGACACCGGATTTAATCTCTACTTGCATGCGTATGGCACCTa > 1:373424/1‑229 (MQ=255) aTC‑AC‑ACAAAGAT‑GATTTTGGTTATCTTGAA‑TTTGAA‑GGTGGCGCTAACTTTAGTTGGGGAGAAATGTACGGGTTCTTCGACTGGG‑AAAACTTCTAT‑AAC‑GGTCGCCATAATAACCCAGGTAGCGAGC‑AGCGTTATACCTTTAAAACTACCAACCGTATTTACCTGGCAGACACCGGCTTTAATCTCTACTGTCTGCCGAATGGCCCCTACGGTTCTGCGAATagctag > 2:34927/1‑226 (MQ=255) aTC‑AC‑ACAAAGAT‑GATTTTGGTTATCTTGAA‑TTTGAA‑GGTGGCGCTAACTTTAGTTGGGGAGAAATGTACGGGTTCTTCGACTGGG‑AAAACTTCTAT‑AAC‑GGTCGCCATAATAAACCAGGTAGCGAGC‑AGCGTTATACCTTTAAAAATACCAACCGTATTTACCTGGGTGACACCGGATTTAATCTCTACTTGCATGCGTATGGCACCTACGGTTCTGCGAATCGCGTg < 1:588279/229‑1 (MQ=255) aGAT‑GATTTTGGTTATCTTGAA‑TTTGAA‑GGTGGCGCTAACTTTAGTTGGGGAGAAATGTACGGGTTCTTCGACTGGG‑AAAACTTCTAT‑AAC‑GGTCGCCATAATAAACCAGGTAGCGAGC‑AGCGTTATACCTTTAAAAATACCAACCGTATTTACCTGGGTGACACCGGATTTAATCTCTACTTGCATGCGTATGGCACCTACGGTTCTGCGAATCGCGTGAATTTCCac > 1:583725/1‑229 (MQ=255) at‑gatTTTGGTTAGCTTGAA‑TTTGAA‑GGTGGCGCTAACTTTAGTTGGGGAGAAATGTACGGGTTCTTCGACTGGG‑AAAACTTCTAT‑AAC‑GGTCGCCATAATAAACCAGGTAGCGAGC‑AGCGTTATACCTTTAAAAATCCCAACCGTATTTACCTGGGTGACACCGGATTTAATCTCTACTTGCATGCGTATGGCACCTACGGTTCTGCGAATCGCGTGAATTTCCacga < 1:143884/229‑1 (MQ=255) tttgttttGGTTTTCTTGCA‑TTTGAA‑GGTGGCGCTAACTTTAGTTGGGGAGAAATGTACGGGTTCTTCGACTGGG‑AAAACTTCTAT‑AAC‑GGTCGCCATAATAAACCAGGTAGCGAGC‑AGCGTTATACCTTTAAAAATTCCAACCGTATTTACCTGGGTGACACCGGATTTAATCTCTACTTGCATGCGTATGGCACCTACGGTTCTGCGAATCGCGTGAATTTCCacga < 2:173375/225‑1 (MQ=255) tgttttGGTTTCTTTGAA‑TTTGAA‑GGTGGCGTTAACTTTAGTTGGGGAGAAATGTACGGGTTCTTCGACTGGG‑AAAACTTCTAT‑AAC‑GGTCGCCATAATAAACCAGGTAGCGAGC‑AGCGTTATCCCTTTAAAAATACCAACCGTATTTACCTGGGTGACACCGGATTTAATCTCTACTTGCATGCGTATGGCACCTACGGTTCTGCGAATCGCGTGAATTTCCacgacg < 2:583724/227‑1 (MQ=255) tttGGTTTTTTTGAA‑TTTGAA‑GGGGGCCATAACTTTAGTTGGGGAGAAATGTCCGGGTTCTTCGACTGGG‑AAAACTTCTAT‑AAC‑GTTCGCCATAATAAACCAGGTAGCGAGC‑AGCGTTATACCTTTAAAAATTCCAACCGTATTTACCTGGGTGACACCGGATTTAATCTCTACTTGCATGCGTATGGCACCTACGGTTCTGCGAATCGCGTGAATTTCCACGACGata < 2:729054/229‑1 (MQ=255) tttGGTTATCTTGAT‑TTTGAA‑GGTGGCGCTAAGTTTAATTGGGGATAAATGTACGGGGTTTTCGCCTGGG‑AAAGCTTCTAT‑AAC‑GGTCGCCATAATAAACCAGGTAGCGAGC‑AGCGTTATTCCTTTAAAAATACCAACCGTATTTCCCTGGGTGACACCGGATTTAATCTCTACTTGCATGCGTATGGCACCTACGGTTCTGCGAATCGCGTGAATTTCCACGACGata < 2:292069/229‑1 (MQ=255) tttGGTTATCTTGAA‑TTTGAA‑GGTGGCGCTAACTTTAGTTGGGGAGAAATGTACGGGTTCTTCGACTGGG‑AAAACTTCTAT‑AAC‑GGTCGCCATAATAAACCAGGTAGCGAGC‑AGCGTTATACCTTTAAAAATACCAACCGTATTTACCTGGGTGACACCGGATTTAATCTCTACTTGCATGCGTATGGCACCTACGGTTCTGCGAATCGCGTGAATTTCCACGACGata < 1:173162/229‑1 (MQ=255) gTTATCTTGAA‑TTTGAA‑GGTGGCGCTAACTTTAGTTGGGGAGAAATGTACGGGTTCTTCGACTGGG‑AAAACTTCTAT‑AAC‑GGTCGCCATAATAAACCAGGTAGCGAGC‑AGCGTTATACCTTTAAAAATACCAACCGTATTTACCTGGGTGACACCGGATTTAACCTCTACTTGCATGCGTATGGCACCTACGGTTCTGCGCATCCCGTGAATTTCCACGCCGATATGtt > 1:496255/1‑229 (MQ=255) ttATCTTGAA‑TTTGAA‑GGTGGCGCTAACTTTAGTTGGGGAGAAATGTACGGGTTCTTCGACTGGG‑AAATCTTCTAT‑AAC‑GGTCGCCATAATAAACCAGGTAGCGAGC‑AGCGTTATACCTTTAAAAATACCAACCGTATTTACCTGGGTGacac < 2:498862/153‑1 (MQ=255) ttATCTTGAA‑TTTGAA‑GGTGGCGCTAACTTTAGTTGGGGAGAAATGTACGGGTTCTTCGACTGGG‑AAAACTTCTAT‑AAC‑GGTCGCCATAATAAACCAGGTAGCGAGC‑AGCGTTATACCTTTAAAAATACCAACCGTATTTACCTGGGTGacac > 1:498862/1‑153 (MQ=255) cTTGAA‑TTTGAA‑GGTGGCGCTAACTTTAGTTGGGGAGAAATGTACGGGTTCTTCGACTGGG‑AAAACTTCTAT‑AAC‑GGTCGCCATAATAAACCAGGTAGCGAGC‑AGCGTTATACCTTTAAAAATACCAACCGTATTTACCTGGGGGACACCGGATTTAATCTCTACTTGCATGCGTATGGCACCTACGGTTCTGCGAATCGCGTGACTTTCCACGACGCTATGTTCCTg > 1:272990/1‑228 (MQ=255) | TCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATGAAAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCTATATTAGCGATACCTGTTGTATCTCATGCAGAATTTAAAGGCGGTTTTGCAGATATCGGCGTGCA‑TTATCTGGACTGGACCAGCCGGACTACCGAAAAATCGTCGACCAAATC‑AC‑ACAAAGAT‑GATTTTGGTTATCTTGAA‑TTTGAA‑GGTGGCGCTAACTTTAGTTGGGGAGAAATGTACGGGTTCTTCGACTGGG‑AAAACTTCTAT‑AAC‑GGTCGCCATAATAAACCAGGTAGCGAGC‑AGCGTTATACCTTTAAAAATACCAACCGTATTTACCTGGGTGACACCGGATTTAATCTCTACTTGCATGCGTATGGCACCTACGGTTCTGCGAATCGCGTGAATTTCCACGACGATATGTTCCTG > NC_000913/2525091‑2525523 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |