| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,782,495 | C→T | 21.9% | S77N (AGT→AAT) | ypjA ← | adhesin‑like autotransporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,782,495 | 0 | C | T | 21.9% | 115.7 / 4.8 | 60 | S77N (AGT→AAT) | ypjA | adhesin‑like autotransporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (28/16); new base T (3/11); total (32/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.21e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCG‑TTAATGGTTGTATTATTAGCCTG‑CCCCAC‑AAAA‑TTGTTATGACTTCCTATAT‑CTTGATA‑TCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGCCATGAACATTCTGCTGGCCATGGTTGATAATATGAGTGTTATTTGTTGTACCTCGTTCATCCACTTTTTGGTTGCCATCTACAGTCTCATCGTTTACCACACCAATAACATTAGTAGTGAAGGCAGCCATCCCGGGCGGGGCATATATCAAGGCAGATATCAATAAGGAAAGTACTGAGCGGCGACAATAATA > NC_000913/2782267‑2782706 | tttCCATTCGGCCCCCCCCCCTCTACGCGTGAAGCAACGCCCTTAATTTGCGTTCCATTGCTGATCCCCCCTTTATCAACGTCCTGATGGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCAGTCAGGAATTGACTTTCTGCCACCG‑TTAATGGTTGTATTATTAGCCTG‑CCCCAC‑AAAA‑TTGTTATGACTTCCTATAT‑CTTGATA‑TCCACCAGATTCAATAAGAc < 2:382716/228‑1 (MQ=255)tttCCATTCCCCCCCCCTCCCCCTCCGCGTGAAGCCCCGCCCTTAATTGTTGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTTCCTCTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCG‑TTAATGGTTGTATTATTAGCCTG‑CCCCAC‑AAAA‑TTGTTATGACTTCCTATAT‑CTTGATA‑TCCACCAGATTCAATAAGAc < 2:487335/228‑1 (MQ=255) 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2:544526/1‑209 (MQ=255) tttGTCGTTCCATTGCGTATACCCCCTTTAAAAACGTCCTGTTTGCCCCTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATCCCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCCCCT‑TTAATGGTTGTATTATTAGCCTG‑CCCCAC‑AAAA‑TTGTTATGACTTCCTATAT‑CTTGATA‑TCCACCAGATTCAATAAGCCTTCCATTAGATCCCCCGCCATGAACATTCTGCTGGCCATGGtt < 1:176438/226‑1 (MQ=255) tCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCG‑TTAATGGTTGTATTATTAGCCTG‑CCCCAC‑AAAA‑TTGTTATGACTTCCTATAT‑CTTGATA‑TCACCCAGATTCAATAAGACTTACATTAGCTACCCCGCCATGAACATTCTTCTGGCCATGGTTGataat > 2:247549/1‑229 (MQ=255) tCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCG‑TTAATGGTTGTATTATTAGCCTG‑CCCCAC‑AAAA‑TTGTTAGGACTTCCTATTT‑CTTGATA‑TCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGCCAGGAAAATTCTCCTGGTCATGGTTgtaaaa > 2:606978/1‑224 (MQ=255) 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< 2:622962/229‑1 (MQ=255) caccaGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGCCATGAACATTCTGCTGGCCATGGTTGATAATATGAGTGTTATTTGTTGTACCTCGTTCATCCACTTTTTGGTTGCCATCTACAGTCTCATCGTTTACCACACCAATAACATtagta > 2:144022/1‑152 (MQ=255) caccaGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGCCATGAACATTCTGCTGGCCATGGTTGATAATATGAGTGTTATTTGTTGTACCTCGTTCATCCACTTTTTGGTTGCCATCTACAGTCTCATCGTTTACCACACCAATAACATTAGTAGCGAAGGCAGCCACCCCGGGCGGGGCATATATAAAGCTAGCTATCAATAAGGAAAGCACCGAGCGGCGACaataaaa > 2:112901/1‑227 (MQ=255) accaGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGCCATGAACATTCTGCTGGCCATGGTTGATAATATGAGTGTTATTTGTTGTACCTCGTTCATCCACTTTTTGGTTGCCATCTACAGTCTCATCGTTTACCACACCAATAACATTAGTAGTGAAGGCAGCCATCCCCGGCGGGGCATATATCAAGGCAGATATCAATAAGGATAGTACTGATCGGCGGCagtaat > 1:513354/1‑227 (MQ=255) | ATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCG‑TTAATGGTTGTATTATTAGCCTG‑CCCCAC‑AAAA‑TTGTTATGACTTCCTATAT‑CTTGATA‑TCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGCCATGAACATTCTGCTGGCCATGGTTGATAATATGAGTGTTATTTGTTGTACCTCGTTCATCCACTTTTTGGTTGCCATCTACAGTCTCATCGTTTACCACACCAATAACATTAGTAGTGAAGGCAGCCATCCCGGGCGGGGCATATATCAAGGCAGATATCAATAAGGAAAGTACTGAGCGGCGACAATAATA > NC_000913/2782267‑2782706 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |