| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,942,817 | C→T | 15.3% | noncoding (124/206 nt) | gcvB → | sRNA antisense regulator represses oppA, dppA, gltI and livJ expression, Hfq‑dependent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,942,817 | 0 | C | T | 15.3% | 162.8 / 2.7 | 83 | noncoding (124/206 nt) | gcvB | sRNA antisense regulator represses oppA, dppA, gltI and livJ expression, Hfq‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (34/31); new base T (4/8); total (43/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.47e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.26e-01 | |||||||||||
CAATTAGATCACACTATGTAACCTATTAGTTTTTTTAATCTGAG‑CCATTATAAATTGTCCGTTGAGCTTCTACCAGCAAATACCTATAGTGGCGGCACTTCCTGAGCCGGAACGAAAAGTTTTATCGGAATGCGTGTTCTGGTGAACTTTTGGCTTACGGTTGTGATGTTGTGTTGTTGTGTTTGCAATTGGTCTGCGATTCAGACCATGGTA‑GCAAAGCTACCTTTTTTCACTTCCTGTACATTTACCCTGTCTGTCCATAGTGATTAATGTA‑GCACCGCCTAATTGCGGTGCTTTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTGATCTGCTGTTTGTTGCCATTAGCGTCTTTATACGAAATCATACCGGTATCGTTATCAGTCTGTGGTTTGCCGTCAGAGACGATGGTA > NC_000913/2942598‑2943045 | catttatattcacctatttcaacTATTTGTTTTTTTAACCGGAGTCTATTA‑AAATTGTCCGTTGAGCTTGTTACAGAAAATTCCTATAGGGGGGGCACTTCCTGAGCCGGAACGAAAAGTTTTATCGGAAGGCGTGTTCTGGTGAACTGTTGGCTTACGGTTGTGATGTTGTGTTGTTGTGTTTGCAATTGGTCTGCGATTCAGACCATGGTA‑GCAAAGCTACCttttt < 2:107173/207‑1 (MQ=255) ttAGATCACACTATGTAACCTATTAGTTTTTTTAATCTGAG‑CCATTATAAATTGTCCGTTGAGCTTCTACCAGCAAATACCTATAGTGGCGGCACTTCCTGAGCCGGAACGAAAAGTTTTATCGGAATGCGTGTTCTGGTGAACTTTTGGCTTACGGTTTTGATGTTGTGTTGTTGTGTTTGCAATTGGTCTGCGATTCAGACCATGGTA‑GCAAAGGTCCCtttttt > 1:226933/1‑227 (MQ=255) 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2:548913/1‑224 (MQ=255) tttttAATCTGAG‑CCATTATAAATTGTCCGTTGAGCTTCTACCAGCAAATACCTATAGTGGCGGCAATTCCTTAGCCGGAACGAAAAGTTTTATCGGAATGCGTGTTCTGGTGAACTTTTGGCTTACGGTTTTGATTTTGGGTTGTTGAGTTTGCAATTGGTTTTGGATTCGGACCCTGGGA‑GCAAAGCTACCTTTTTTTATTTCCTTTAATTTTAcccattgtttcca > 2:388664/1‑219 (MQ=255) tttAATCTGAG‑CCATTATAAATTGTCCGTTGAGCTTCTACCAGCAAATACCTATAGTGGCGGCACTTCCTGAGCCGGAACGAAAAGGTTTATCGGAATGCGTGTTCTGGTGAAACTTTTGCTTACGGTTGTGTTGTTGTGTTGTTGGGTTTGCAATTGGTCTGCGGTTGTGACCATGGTA‑GCAAATGTACCTTTTTTCCCTTCCTGTCCTTTTAcccgtttcgtccgaa > 2:615315/1‑217 (MQ=255) tataagaagcaaaTTAAAAATTGTCCGTTGAGCTTCTACCAGTAAATACCTATAGGGGCGGCCCTTCCGGAGCCGGAACGAAAATTTTTATCGGAATGCGTGTTCTGGTGAACTTTTGGCTTACGGTTGTGATGTTGTGTTGTTGTGTTTGCAATTGGTCTGCGATTCAGACCATGGTA‑GCAAAGCTACCTTTTTTCACTTCCTGTACATTTACCCTGTCTGTCCATa < 2:418256/216‑1 (MQ=255) 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tataAATTGTCCGTTGAGCTTCTACCAGCAAATACCTATAGTGGCGGCACTTCCTGAGCCGGAACGAAAAGGTTTATCGGAATGCGTGGTCTGGGGAACTTTTGGCTTACGGGTGTGATGTTGTGTTTTTTGGTTTTCAATTGGTTCGCCGTTCAAGCCTTGGAA‑GCAAAGTTACCTTTTTTTCCTTCCTGTACATTTACCCTGTCTTTCCAAAATGGTTAATTTA‑GCa > 2:619194/1‑229 (MQ=255) aaTTGTCCGTTGAGCTTCTACCAGCAAATACCTATAGTGGCGGCACTTCCTGAGCCGGAACGAAAAGTTTTATCGGAATGCGTGTTCTGGGGAACTTTTGGCTTTCGGTTGTGATGTTGTGTTGTTGTGTTTGCAATTGGTCTGCGATTCAGACATTGGTA‑GCAAAGCTACCTTTTTTTCATTCCTGTACATTTACCCTGTCTGTCCATTGGGATTAATGTA‑GCACCGc > 1:504758/1‑229 (MQ=255) tCCGTTGAGCTTCTACCAGCAAATACCTATAGTGGCGGCACTTCCTTAGGCGGAACGAAAAGTTTTATCGGAATGCGTGTTCTGGTGAACTTTTGGCTTACGGTTGTGATGTTGTGTTGTTGTGTTTGCAATTGGTCTGCGATTCAGACCATGGTA‑GCAAAGCTACCTTTTTTCACTTCCGGTACATTTACCctgt > 1:719312/1‑196 (MQ=255) tCCGTTGAGCTTCTACCAGCAAATACCTATAGTGGCGGCACTTCCTGAGCCGGAACGAAAAGTTTTATCGGAATGCGTGTTCTGGTGAACTTTTGGCTTACGGTTGTGATGTTGTGTTGTTGTGTTTTAAATTTGTCTGCGATTCCGACAATGGTA‑GCAAAGCTACCTTTTTTCACTTCCTTGACATTTACCCTGTCTGTTCACAGTGTTTAATTTA‑TCACCCCCAAAt > 1:734939/1‑229 (MQ=255) 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> 2:539915/1‑222 (MQ=255) gcggcACTTCCTGAGCCGGAACGAAAAGTTTTATCGGAATGCGTGTTCTGGTGAACTTTTGGCTTACGGTTGTGATGTTGTGTTGTTGTGTTTGCAATTGGTCTGCGGTTCAGACCATGGTA‑GCAAAGCTACCTTTTTTCACTTCCTGTACATTTACCCTGTCTGTCAATAGTGATTAATTTA‑GCCCCGCCTAATTGCGGGGGTTTTTTTTACCTTTCGATTGCGaa > 1:708910/1‑227 (MQ=255) gcggcACTTCCTGAGCCGGAACGAAAAGTTTTATCGGAATGCGTGTTCTGGTGAACTTTTGGCTTACGGTTGTGATGTTGTGTTGTTGTGTTTGCAATTGGTCTGCGGTTCAGACCATGGTA‑GAAAAGCTACCTTTTTTCACTTCCTGTACATTTACCCCTTCTGTCCATAGTGATTAATGTA‑GCACCGCCTAATTGCGGTACTTTTTTTTACCTTGCGATCGGGCAtt > 2:32409/1‑229 (MQ=255) gcggcACTTCCTGAGCCGGAACGAAAAGTTTTATCGGAATGCGTGTTCTGGTGAACTTTTGGCTTACGGTTGTGATGTTGTGTTGTTGTGTTTGCAATTGGTCTGCGATTCAGACCATGGTA‑GCAAAGc > 1:740690/1‑129 (MQ=255) gcggcACTTCCTGAGCCGGAACGAAAAGTTTTATCGGAATGCGTGTTCTGGTGAACTTTTGGCTTACGGTTGTGATGTTGTGTTGTTGTGTTTGCAATTGGTCTGCGATTCAGACCATGGTA‑GCAAAGc < 2:740689/129‑1 (MQ=255) 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< 1:321405/229‑1 (MQ=255) | CAATTAGATCACACTATGTAACCTATTAGTTTTTTTAATCTGAG‑CCATTATAAATTGTCCGTTGAGCTTCTACCAGCAAATACCTATAGTGGCGGCACTTCCTGAGCCGGAACGAAAAGTTTTATCGGAATGCGTGTTCTGGTGAACTTTTGGCTTACGGTTGTGATGTTGTGTTGTTGTGTTTGCAATTGGTCTGCGATTCAGACCATGGTA‑GCAAAGCTACCTTTTTTCACTTCCTGTACATTTACCCTGTCTGTCCATAGTGATTAATGTA‑GCACCGCCTAATTGCGGTGCTTTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTGATCTGCTGTTTGTTGCCATTAGCGTCTTTATACGAAATCATACCGGTATCGTTATCAGTCTGTGGTTTGCCGTCAGAGACGATGGTA > NC_000913/2942598‑2943045 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |