| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,075,552 | G→C | 22.6% | A210G (GCG→GGG) | yggF ← | fructose 1,6 bisphosphatase isozyme |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,075,552 | 0 | G | C | 22.6% | 60.9 / 3.3 | 38 | A210G (GCG→GGG) | yggF | fructose 1,6 bisphosphatase isozyme |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (21/7); new base C (2/7); total (23/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.41e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.47e-01 | |||||||||||
GATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCTTTAGCCTGGCAAAAGTC‑AATCAGCTCGGCCTGCATATCCCCGCCTAATGCTTTAACGG‑CACAGGCAGAAATCACGCCTTCTGGCGCA‑CCGC‑CGATGGTGTACATCACATCGTAAGGATTATCCTGCCAGCAGGTCAGCACGCTGGCGGCGACATCGCCATCCGGCAGGGCAAAAACCTTCACGCCCAGCTGTGTTGCTTCCTCAATCGCGGCACTCAGGCGCGGTTTATCCAGCGTAACCATGCGCAGCTTATCCAGCGGTTTGCCTAACGCTTTCGCCACGTTGCGCAGGTTGTCCGTCAGAGGCAAA > NC_000913/3075350‑3075776 | gATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCTTTAGCCTGGCAAAAGTC‑AATCAGCTCGGCCTGCATATCCCCGCCTAATGCTTTAACGG‑CACAGGCAGAAATCACGCCTTCTGGCGCA‑CCGC‑CGATTGTGTacatcacatc > 1:520158/1‑228 (MQ=255) tatCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCTTTAGCCTGGCAAAAGTC‑AATCAGCTCGGCCTGCATATCCCCGCCTAATGCTTTAACGG‑CACAGGCAGAAATCACGCCTTCTGTCGCA‑CCGC‑CGATGGCGTACATCACATCGt > 1:205419/1‑228 (MQ=255) gTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCTTTAGCCTGGCAAAAGCC‑AATCAGCTCGGCCTGCATATCCCCGCCTAATGCTTTAACGG‑CACAGGCAGAAATCACGCCTTCTGGCGCA‑CCGC‑CATTGGGGTACATCAAATCGTAAGGATTATACTgaccat > 1:662220/1‑223 (MQ=255) cgagcgagTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCTTTAGCCTGGCAAAAGTC‑AATCAGCTCGGCCTGCATATCCCCGCCTAATTCTTTAACGG‑CACAGGCAGACATCCCGCCTTCTGGCGCA‑CCGC‑CGATGTTGTacatca > 1:501251/1‑198 (MQ=255) cgagcgagTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCTTTAGCCTGGCAAAAGTC‑AATCAGCTCGGCCTGCATATCCCCGCCTAATGCTTTAACGG‑CACAGGCAGAAATCACGCCTTCCTCCGCA‑CCGC‑CCATGTGGTAACTCCCATCGAAAGGATTATCCTGccccccgcccag > 2:578915/1‑219 (MQ=255) acGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCTTTAGCCTGGCAAAAGTC‑AATCAGCTCGGCCTGCATATCCCCGCCTAATGCTTTAACGG‑CACAGGCAGAAATCCAGCCTTCTGGCGCA‑CCGC‑CGTTGGAGTACATCACATCGTAAGGATTATCCTGCCAGCAGGACAGCACGCTGgcggcg > 2:28769/1‑229 (MQ=255) ggTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCTTTAGCCTGGCAAAAGTC‑AATCAGCTCGGCCTGCATATCCCCGCCTAATGCTTTAACGG‑CACAGGCAGAAATCACGCCTTCTGGCGCA‑CCGC‑CGATGGTGTACATCACATCGTAAGGATTATCCTGCCAGCAGGTCAGCACGCTGGCGCCGAc > 1:132041/1‑229 (MQ=255) aaCGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCTTTAGCCTGGCAACAGTC‑AATCAGCTCGGCCTGCATATCCCCGCCTAATGCTTTAACGG‑CACAGGCAGCAATCACGCCTTCTGGCGCA‑CCGC‑CGATGGGGTACATCACATCGTAAGGATTATCCTGCCAGCAGGTCAGCACGCTGGCGGCGACATCCCCAccc > 1:330152/1‑229 (MQ=255) cctctttctctgccAACGCTTGCGCCCCTCCTCCGCAATCCGCGTTTTTCCCGTGTAATCCCCTTTAGCCTGGAAAAATCC‑AAACCGCCCGCCCTGCATGCCCCCGCTAAATGGTTAAACGG‑AAAGGGCAAAAACCACGCTTTTGGGCCCA‑CCGC‑CGATGGTGTACATCACATCGTAAGGATTATCCTGCCAGCAGGTCAGCACGCTGGCGGCGACATCGCCATCCGGc < 2:520158/216‑1 (MQ=255) ttGCCTTGCAACGCTTCCGCTCCTGCGCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCTTTAGCCTGGCAAAAGTC‑AATCAGCTCGGCCTCCATATTCCCGCCTAATGCTTTAAAGG‑CCCAGGACGAAAACCCGCCTTCTGGCCCA‑CCGC‑CCGTTCTGTATATCACATCAGAAGGCATCACCAGCCCACAGGTCAGCACGCTggcgggcgcaacggaaaccgacaggag > 2:377517/1‑207 (MQ=255) ccgttggcgcCCCTCCTCGGAAATGCGCCTATTTCCCGTATACTCCCTTTTA‑ACGGGAAAAAGGCAAATCAGCCGGCCCTGCATGCCCCCGCCTAATG‑TGTAACGGTCACAGGCAAAAACCCCCGCTTCTGGCCCA‑CCGC‑CGATGGTGTACATCACATCGTAAGGATTATCCTGCCAGCAGGTCAGCACGCTGGCGGCGACATCGCCATCCGGCAGGGCAAAAACCTTc < 2:19364/223‑1 (MQ=255) ctgccgcTCCGGCTCTGCAATCTGCCAATTTTCCTGTTAACCCCCTTTAGCCGGGCAAAAGTC‑AATCAGCTCGGCCTGCATATCCCCGCCTAATGCTTTAACGG‑CACAGGCAGAAATCACGCCTTCTGGCGCA‑CCGC‑CGATGGTGTACATCACATCGTAAGGATTATCCTGCCAGCAGGTCAGCACGCTGGCGGCGACATCGCCATCCGGCAGGGCAAAAACCTTCACg < 1:405742/225‑1 (MQ=255) cTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCTTTAGCCTGGCAAAAGTC‑AATCAGCTCGGCCTGCATATCCCCGCCTAATGCTTTAACGG‑CACAGGCAGAAATCACGCCTTCTGGCGCA‑CCGC‑CGCTGGTGTACATCACATCGTAAGGACTATCCTGCCAGCAGGTCAGCACGCTGCCGGCGACATTGCCGTCCGGCAGGGCAAAAACCTTCACg > 1:398166/1‑229 (MQ=255) cTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCTTTAGCCTGGCAAAAGTC‑AATCAGCTCGGCCTGCATATCCCCGCCTAATGCTTTAACGG‑CACAGGCAGAAATCACGCCTTCTGGCGCA‑CCGC‑CGATGGTGTACATCACATCGTAAGGATTATCCTGCCAGCAGGTCAGCACGCTGGCGGCGACATCGCCATCCGGCAGGGCAAAAACCTTc > 1:19364/1‑226 (MQ=255) cTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCTTTAGCCTGGCAAAAGTC‑AATCAGCTCGGCCTGCATATCCCCGCCTAATGCTTTAACGG‑CACAGGCAGAAATCACGCCTTCTGGCCCA‑CCGC‑CGATAGTGTACATCACATCGTAAGGATTATCCTGCCAGCAGGTCAGCACGCTGGCGGCGACATCGCCATCCGGCCGGGCAAAAACCCTCACg > 1:187768/1‑229 (MQ=255) tGCCCTCCTGCCCGGCAATCTGCCGATTTCCCTTTTAATCCCCTTTAGCCTGGCAAAAGTC‑AATCAGCTGGGCCTGCATCTCCCCGCCTAATCCTTTAACGG‑CACAGGAAGAAATCACGCCTTTGGGCGCA‑CCGC‑CGATGGTGTACATCACATCGTAAGGATTATCCTGCCAGCAGGTCAGCACGCTGGCGGCGACATCGCCATCCGGCAGGGCAAAAACCTTCACGcc < 1:468079/229‑1 (MQ=255) ccccctgctaccaaactcgCCGTTTTTCCGTGTAACCCCTTTTAGGCTGGAAAAAGTC‑AAACAGCCGGCCCTGCATGTCCCCCGCTAATGCTTTAACGG‑CACGGGCAAAAATCACGCCTTCTGGCCCA‑CCGC‑CGATGGTGTACATCACATCGTAAGGATTATCCTGCCAGCAGGTCAGCACGCTGGCGGCGACATCGCCATCCGGCAGGGCAAAAACCTTCACGCCCAg < 2:223163/211‑1 (MQ=255) tAGCCTGGAAAAAGTA‑AATCAGCTCGGCCTGCATATCCCCGCCTAATGCTTTACCGG‑CACAGGAAGAAATCACGCCGTCTGGCGCA‑CCGC‑CGATGGTGTACATCACATCGTAAGGATTATCCTGCCAGCAGGTCAGCACGCTGGCGGCGACATCGCCATCCGGCAGGGCAAAAACCTTCACGCCCAGCTGTGTTGCTTCCTCAATCGCGGCACTCAGGCGCGGTTTATc < 1:647785/229‑1 (MQ=255) tgtgctggaaaatctcaccaggCTCGGCTTGTATGTCCCCGCGTAGTGTTTTAACGG‑CACGGCCAGAAACCCCGCTTTCTGCCGCC‑CCGC‑CGATGGTGTAAATCACATCGTAAGGATTATCCTGCCAGCAGGTCAGCACGCTGGCGGCGACATCGCCATCCGGCAGGGCAAAAACCTTCACGCCCAGCTGTGTTGCTTCCTCAATCGCGGCACTCAGGCGCGGTTTATc < 2:657706/208‑1 (MQ=255) gCAAAAGTC‑AATCAGCTCGGCCTGCATATCCCCGCCTAATGCTTTAACGG‑CACAGGCAGAAATCACGCCTTCTGGCGCA‑CCGC‑CGATGGTGTACATCACATCGTAAGGATTATCCTGCCAGCAGTCCAGCACGCTGGCGGCGACACCCCCATCCGTCTGGGCAAAAACCTTCAGCCCCAGCTCGTTTGATTCCCCAATCCCGGCACACAgcaccctctgtacaccggta > 2:653039/1‑210 (MQ=255) cGGCCTGCATATCCCCGCCTAATGCTTTAACGG‑CACAGGCAGAAATCACGCCTTCTGGCGCA‑CCGC‑CGATGGTGTACATCACATCGTAAGGATTATCCTGCCAGCAGGTCAGCACGCTGGCGGCGACATCGCCATCCGGCAGGGCAAAAACCTTCACGCCCAGCTGTGTTGCTTCCTCAATCGCGGCACCCAGGCGCGGTTTATCCAGCGTAACCATGCGCACATTAt > 1:469945/1‑228 (MQ=255) gCCCGCATACCCCCCCTTAAGGCTTAACCTG‑CACAGGCAGAAATCACGCCTTGTGGCGCA‑CCGC‑CGATGGTGTACATCACATCGTAAGGATTATCCTGCCAGCAGGTCAGCACGCTGGCGGCGACATCGCCATCCGGCAGGGCAAAAACCTTCACGCCCAGCTGTGTTGCTTCCTCAATCGCGGCACTCAGGCGCGGTTTATCCAGCGTAACCATGCGCAGCTTATCCa < 1:578916/229‑1 (MQ=255) atatCCCCGCCTAATGCTTTAACGG‑CACAGGCAGAAATCACGCCTTCTGGCGCA‑CCGC‑CGATGGTGTACATCACATCGTAAGGATTATCCTGCCAGCAGGTCAGCACGCTGGCGGCGACATCGCCATCCGGCAGGGCAAAAACCTTCCCCCCCAGCCCGGGTGCTTCCTCCATCGCGGCCCCCAGGCCCGGTTTTTCCCGCGTAACCATgccgcgctttacacgcggt > 2:218649/1‑211 (MQ=255) tGCTTTAATGG‑CACAGGCAGAAATCACGCCTTCTGGCGCA‑CCGC‑CGATGGTGTACATCACATCGTAAGGATTATCCTGCCAGCAGGTCAGCACGCTGGCGGCGACATCGCCATCCGGCAGGGCAAAAACCTTCACGCCCACCTGCGTTGCTTCCTCAATCGCGGCACCCAGGCGCGGTTTACCCCCCGTAACCCTCCGCAGCTTATCCCGCGGTTTGCCTAACGCTTTc > 2:296851/1‑229 (MQ=255) tGCTTTAACGG‑CACAGGCAGAAATCACGCCTTCTGGCGCA‑CCGC‑CGATGGTGTACATCACATCGTAAGGATTATCCTGCCAGCAGGTCAGCACGCTGGCGGCGACATCGCCATCCGGCAGGGCAAAAACCTTCACGCCCAGCTGTGTTGCTTCCTCAATCGCGGCACTCAGGCGCGGTTTATCCAGCGTAACCATGCGCAGCTTATCCACCGGTTTGCCTAACGCttt > 1:373018/1‑228 (MQ=255) tGCTTTAACGG‑CACAGGCAGAAATCACGCCTTCTGGCGCA‑CCGC‑CGATGGTGTACATCACATCGTAAGGATTATCCTGCCAGCAGGTCAGCACGCTGGCGGCGACATCGCCATCCGGCAGGGCAAAAACCTTCACGCCCAGCTGGGTTGCTTCCTCAATCGCGGCACCCCGGCGCGGTTTATCCAGCGTAACCATGCGCAGCTTATCCAGCGGTTTGCCAAACGCctt > 1:90509/1‑228 (MQ=255) ttcgcgctacaGGCAAAATTCCCG‑CTTCCGGCCCACCCGC‑CGAGGGTGTACATCACATCGTAAGGATTATCCTGCCAGCAGGTCAGCACGCTGGCGGCGACATCGCCATCCGGCAGGGCAAAAACCTTCACGCCCAGCTGTGTTGCTTCCTCAATCGCGGCACTCAGGCGCGGTTTATCCAGCGTAACCATGCGCAGCTTATCCAGCGGTTTGCCTAACGCTTTCGCCa < 2:373018/221‑1 (MQ=255) tAACGG‑CACAGGCAGAAATCCCGCCTTCTGGCCCC‑CCGC‑CGATGGTGTACATCACATCGTAAGGATTATCCTGCCAGCAGGTCAGCACGCTGGCGGCGACATCGCCATCCGGCAGGGCAAAAACCTTCACGCCCAGCTGTGTTGCTTCCTCAATCGCGGCACTCAGgc < 1:538454/168‑1 (MQ=255) gcgacacaGGCAAAAATCCCGCAGTCTGGCTGA‑CCGC‑CGATGGTGTATATCACAACGTAAGGATTATCCTGCCAGCAGGTCAGCACGCTGGCGGCGACATCGCCATCCGGCAGGGCAAAAACCTTCACGCCCAGCTGTGTTGCTTCCTCAATCGCGGCACTCAGGCGCGGTTTATCCAGCGTAACCATGCGCAGCTTATCCAGCGGTTTGCCTAACGCTTTCGCCACGt < 1:148040/225‑1 (MQ=255) ccgcagCACAAATCCCGCCTTCTGGCCAC‑CCGC‑CGGTGGTGTACATCACATCGTAAGGATTACCCTGCCAGGAGGTCAGCCCGCTGGCGGCGACATCGCCATCCGGGAGGGCAAAAACCTTCACGCCCAGCTGTGTTGCTTCCTCAATCGCGGCACTCAGGCGCGGTTTATCCAGCGTAACCATGCGCAGCTTATCCAGCGGTTTGCCTAACGCTTTCGCCACGTcgcg < 2:621652/224‑1 (MQ=255) cacaGGCAGAAATCACGCCTTCTGGCGCA‑CCGC‑CGATGGTGTACATCACATCGTAAGGATTATCCTGCCAGCAGGTCAGCACGCTGGCGGCGACATCGCCATCCGGCAGGGCAAAAACCTTCACGCCCAGCTGTGTTGCTTCCTCAATCGCGGCACCCAGCGCCGGTTTATCCAGCGTAACCCTGCGCCGCTTATCCCGCGGTTTCCCTAACGCTTTCGCCCCCTTgcg > 2:687533/1‑229 (MQ=255) caacggCAGAAACCCCGCCTGCGGGCCAC‑CCGC‑CGATGGTGTACATCACATCGTAAGGATTATCCTGCCAGCAGGTCAGCACGCTGGCGGCGACATCGCCATCCGGCAGGGCAAAAACCTTCACGCCCAGCTGTGTTGCTTCCTCAATCGCGGCACTCAGGCGCGGTTTATCCAGCGTAACCATGCGCAGCTTATCCAGCGGTTTGCCTAACGCTTTCGCCACGTTgcg < 1:611868/225‑1 (MQ=255) aaaTCACGCCTTCTGGCGCA‑CCGC‑CGATGGTGTACATCACATCGTAAGGATTATCCTGCCAGCAGGTCAGCACGCTGGCGGCGACATCGCCATCCGGCAGGGCAAAAACCTTCACGCCCAGCTGTGTTGCTTCCTCAATCGCGGCACTCAGGCGCGGTTTATCCAGCGTAACCATGCGCAGCTTATCCAGCGGTTTGCCTAACGCTTTCGCCACGTTGCGCAGGTTGTc > 1:555679/1‑229 (MQ=255) ccGCCGTCTGGCGC‑‑CCGCGCGATTGGTTACGTCCCATCAGAATGTCTATCCGGCCAGCAGGTCAGCACGCTGGCGGCGAAATCGCCCGCCGGCAGTGCAAAAACCTTGCCGCCCAGCTGTGTTGCTTCCTCAATCGCGGCACTCAGGCGCGGTTTATCCAGCGTAACCATGCGCAGCTTATCCAGCGGTTTGCCTAACGCTTTCGCCACGTTGCGCAGGTTGTCCGTCa < 2:469945/228‑1 (MQ=255) ccttgtcgggCGCC‑CCGC‑CCAGGGGTTACAACACATCGGAAGGATTATCCTGCCAGCAGGTCAGCACGCTGGCGGCGACATCGCCATCCGGCAGGGCAAAAACCTTCACGCCCAGCTGTGTTGCTTCCTCAATCGCGGCACTCAGGCGCGGTTTATCCAGCGTAACCATGCGCAGCTTATCCAGCGGTTTGCCTAACGCTTTCGCCACGTTGCGCAGGTTGTCCGTCa < 2:555678/220‑1 (MQ=255) cGCCTTCTGGCGCA‑CCGC‑CGATGGTGTACATCACATCGTAAGGATTATCCTGCCAGCAGGTCAGCACGCTGGCGGCGACATCGCCATCCGGCAGGGCAAAAACCTTCACGCCCAGCTGTGTTGCTTCCTCAATCGCGGCACTCAGGCGCGGTTTATCCAGCGTACCCATGCGAAGCTTATCCAGCGGTTTGCCTAACGCTTTCGCCACGTTGCGCAGGTTGTCCGTCag > 1:442728/1‑229 (MQ=255) cGCCTTCTGGCGCA‑CCGC‑CGATGGTGTACATCACATCGTAAGGATTATCCTGCCAGCAGGTCAGCACGCTGGCGGCGACATCGCCATCCGGCAGGGCAAAAACCTTCACGCCCAGCTGTGTTGCTTCCTCAATCGCGGCACTCAGGCGCGGTTTATCCAGCGTAACCATGCGCAGCTTATCCAGCGGTTTGCCTAACCCTTTCCCCACCTTACCCAGGGTTTCCGCCag > 2:152247/1‑229 (MQ=255) tGGCGCA‑CCGC‑CGATGGTGTACATCACATCGTAAGGATTATCCTGCCAGCAGGTCAGCACGCTGGCGGCGACATCGCCATCCGGCAGGGCAAAAACCTTCACGCCCAGCTGTGTTGCTTCCTCAATCGCGGCACTCAGGCGCGGTTTATCCAGCGTAACCATGCGCAGCTTATCCAGCGCTTTGCCTAACGCTTTCGCAACGTTccgcctgtctcttctacccacctcc > 1:612203/1‑208 (MQ=255) | GATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCTTTAGCCTGGCAAAAGTC‑AATCAGCTCGGCCTGCATATCCCCGCCTAATGCTTTAACGG‑CACAGGCAGAAATCACGCCTTCTGGCGCA‑CCGC‑CGATGGTGTACATCACATCGTAAGGATTATCCTGCCAGCAGGTCAGCACGCTGGCGGCGACATCGCCATCCGGCAGGGCAAAAACCTTCACGCCCAGCTGTGTTGCTTCCTCAATCGCGGCACTCAGGCGCGGTTTATCCAGCGTAACCATGCGCAGCTTATCCAGCGGTTTGCCTAACGCTTTCGCCACGTTGCGCAGGTTGTCCGTCAGAGGCAAA > NC_000913/3075350‑3075776 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |