Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 3,719,840 | 0 | G | A | 14.6% | 184.0 / 2.7 | 82 | intergenic (+73/‑208) | yiaG/cspA | HTH_CROC1 family putative transcriptional regulator/RNA chaperone and antiterminator, cold‑inducible |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (39/29); new base A (2/11); total (41/41) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.58e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GATTAAAAATCGATGATTTCGCCCGGGTTTTGGGCGTATCAGTCGCCATGGTAAAGGAAT‑GGGAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAGTGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTG‑ATGGAATAGAC‑TTTTAT‑CCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGTTTTCCAACC‑GATTAAT‑CATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCAC‑CCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCATTAAAGCAGTGTAGTAAGGCAAGTCCCTTCAAGAGTTATCGTTGATACCCCTCGTAGTGCACATTCCTTTAACGCTTCAAAATCTGTAAAGCACGCCATATCGCCGAAAGGCACACTTAATTATTAAAGGTAATACACTATGTCCGGTAAAATGACTGGT > NC_000913/3719613‑3720068 | gATTAAAAATCGATGATTTCGCCCGGGTTTTGGGCGTATCAGTCGCCATGGTAAAGGAAT‑GGGAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAGTGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTG‑ATGGAATAGAC‑TTTTAT‑CCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGTTTTCCAACC‑GATTAAT‑AAAAAAAATGa > 2:303514/1‑229 (MQ=255) aaaaaTCAGTGTTTTCGCCCGGGTGTTGGGCGTATCAGTCGCCATGGTAAAGGAAT‑GGGAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAGTGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTG‑ATGGAATAGAC‑TTTTAT‑CCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGTTTTCCAACC‑GATTAAT‑CATAAATATGaaa < 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |