| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,253,508 | T→G | 11.9% | V165G (GTG→GGG) | ubiA → | p‑hydroxybenzoate octaprenyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,253,508 | 0 | T | G | 11.9% | 173.1 / 2.2 | 87 | V165G (GTG→GGG) | ubiA | p‑hydroxybenzoate octaprenyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (34/36); new base G (8/8); total (43/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGCGGTAACAGAGAAAGAGGCGCGCGCGCTGTTTGTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCATTCTGTTGT‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGTGCCATTGAGTTGCTGGTTAATGTTCCTCGCCAATATTCTCTGGGCGGTGGCTTACGACACGCAGTATGCGATGGTTGACCGCGATGATGATGTGAAGATTGGCATTAAATCCACGGCAATCCTGTTCGGCCAATACGATAAATTGATTATTGGTATTTTGCAGATTGGCGTACTGGCACTGATGGCGATCATCGGTGAGTTAAATGGCTTAGGCTGGGGATATTACTG > NC_000913/4253281‑4253736 | cgcgGTAACAGAGAAAGAGGCGCGCGCGCTGTTTGTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCATTCTGTTGT‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCCAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGTg > 1:632087/1‑229 (MQ=255)cgcgGTAACAGAGAAAGAGGCGCGCGCGCTGTTTGTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCATTCTGTTGT‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGTg > 1:149486/1‑229 (MQ=255) agagGCGCGCGCGCTGTTTGTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCATTCTGTTGT‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGCAGCGGCATACCCATCTACCGCAAGTGGGCCTGGGCGCGGCGTTTGGGTGGTCGGTTCCAATGGCTTTTGCCCCTGTGGGGGAGTCGGGCCCGTTGGGTTGCTg > 2:344968/1‑228 (MQ=255) agagGCGCGCGCGCTGTTTGTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCATTCTGTTGT‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGGGTGGGACGGttcacttgggttacggg > 2:301591/1‑213 (MQ=255) agagGCGCGCGCGCTGTTTGTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCATTCTGTTGT‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGGGAGTGAGTCGGTGCCTTTGGGTTGCt > 1:734462/1‑227 (MQ=255) gagGCGCGCGCGCTAGTTGTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTGCTGGTGCTGACGCTGAATTCGATGACCATTCTGTTGT‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTTGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGTGCCATTGAGTTGCTgg < 1:112348/228‑1 (MQ=255) gcgcgcgcTGTTTGTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCATTCTGTTGT‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGGGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGCCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGGGCCATTGAGTTGCTGGGTAATg > 1:390506/1‑229 (MQ=255) gcgcgcTGTTTGTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCATTCTGTTGT‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGGGAGGGAGTCGGGGCCGTTGAGTTGCTGGTTATTGtt > 1:330568/1‑229 (MQ=255) gtggttttttGTCGTGCTGGTTCTGTTTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATGCGATGACCATTCTGTTGT‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTGATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGTGCCATTGAGTTGCTGGTTAATGTTc < 2:208752/222‑1 (MQ=255) 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> 1:63585/1‑229 (MQ=255) tGGTACTGATTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCATTCTGTTGT‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGCGAGTCGGTGCCATTGAGGTGCGGGTTAATGTTCTTAGCCAAAATTCtgtg > 1:641884/1‑229 (MQ=255) aTTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCATTCTGTTGT‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGGGAGGGGGTCGGTGCCCTTGGGTTGCTGGGTAATGTTCCTCGCCAATATTTTCTGGGCGgggg > 2:162532/1‑229 (MQ=255) aTTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCATTCTGTTGT‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCGGGTCACTTCCAATGGCTTTTGCCCCCGGGGCTGGGTCGGTGCCCTGTGGTTGCTGGTGAATGTTCCTCCCCAaaatatccagggcgtggg > 2:132834/1‑215 (MQ=255) 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> 2:355827/1‑227 (MQ=255) gTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCATTCTGTTGT‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCCCTTTGAGGGGGTCGGGGCCATTGAGTTGCTGGTTATGGTTCCTCGCCATTATTTCCTGGGCGGTGGGTTAc > 1:50339/1‑229 (MQ=255) gTTTTTACTGGGGCTGACGCTGAAGACGATTACCATTCTGTTGT‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGCTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGGGGGGCTGGGGGCGGCGTTTGGCTGGTCGCTTTCAATGCCTTTTGACGCTGTGAGTGAGTCGGGTCCATTGAGTTGCTGGTTAATTTTCCTCCCCCGTATTCTCTGGGCGTTGGCTTAc > 2:673373/1‑229 (MQ=255) tACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCATTCTGTTGT‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGTGCCATTGAGTTGCTGGTTAATGTTCCTCGCCAATATTCTCTGGGCGGTGGc > 1:603655/1‑220 (MQ=255) 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> 1:48973/1‑229 (MQ=255) cctttttttttctgtttGCCGCGGTAGCGGTGGGGGTGGTGTTCCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGTCCTGGGCGCGGCTTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTTCCGCTGTGAGTGAGTCGGTGCCATTGAGTTGCTGGTTAATGTTCCTCGCCAATATTCTCTGGGCGGTGGCTTACGACACGCAGTATGCGATGGTTGACCGCgatga < 2:390924/214‑1 (MQ=255) cATGCTGTTGG‑CTGTTGCCGCGCTTGCCGTGGCGTGGGTTTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGGAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGTGCCATTGAGTTGCTGGTTAATGTTCCTCGCCAATATTCTCTGGGCGGTGGCTTACGACACGCAGTATGCGATGGTTGACCGCgatgat < 1:642392/229‑1 (MQ=255) ttCTGTTGT‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGTGCCATTGAGTTGCTGGTTAATGTTCCTCGCCAATATTCTCTGGGCGGTGGCTTACGACAGGCAGAATGCGATGGTTGACCGCgatgatga > 1:429822/1‑229 (MQ=255) 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t‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGTGCCATTGAGTTGCTGGTTAATGTTCCTCGCCAATATTCTCTGGGCGGTGGCTTACGACACGCAGTATGCGATGGTTGACCGCGATGATGATGTGAAGa > 1:362545/1‑229 (MQ=255) aGCGCTGGCGTGGGTGTCCCCGTTTATGAAGCGGTATTCCCATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGTGCCATTGAGTTGCTGGTTAATGTTCCTCGCCAATATTCTCTGGGCGGTGGCTTACGACACGCAGTATGCGATGGTTGACCGCGATGATGATGTGAAGATTGGCATTAAATc < 1:162532/228‑1 (MQ=255) gcggTGGCGGGGGTTTCCCCGTTTCTGAAGCGGTTTACCTATCTACCTCAAGTGGTGCTGGGGGGGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGTGCCATTGAGTTGCTGGTTAATGTTCCTCGCCAATATTCTCTGGGCGGTGGCTTACGACACGCAGTATGCGATGGTTGACCGCGATGATGATGTGAAGATTGGCATTAAATCCa < 2:550666/229‑1 (MQ=255) gCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGTGCCATTGAGTTGCTGGTTAATGTTCCTCGCCACTATTCTCTGGGCGGTGGCTTACGACACGCAGAATGCGATGGTTTACCGCGAGATTGTAGTGAAGATTGCAATTCAATCCCCggga > 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1:584082/225‑1 (MQ=255) tgagtgggTCGGTGCCATTGATTTGCTGGTTAATGTTCCTCGCCAATATTCCCTGGGCGGTGGCTTACGACACGCAGTATGCGATGGTTGACCGCGATGATGATGTGAAGATTGGCATTAAATCCACGGCAATCCTGTTCGGCCAATACGATAAATTGATTATTGGTATTTTGCAGATTGGCGTACTGGCACTGATGGCGATCATCGGTGAGTTAAATGGCTTAGGCt < 1:599322/228‑1 (MQ=255) tgagtgagTCGGTGCCATTGAGTTGCTGGTTAATGTTGCGCGCCAATATTCTGTTGGCGTTGGCTTACGACACGCAGTAGGCGATGGTTGACCGCGATGATGATGTGAAGATTGGCATTAAATCCACGGCAATCCTGTTCGGCCAATACGATAAATTGATTATTGGTATTTTGCAGATTGGCGTACTGGCACTGATGGCGATCATCGGTGAGTTAAATGGCTTAGGCt < 1:213748/228‑1 (MQ=255) tgagtgagTCGGTGCCATTGAGTTGCAGGTTAATGTTCCTCGCCAATATTCCCTGGGCGGTGGCTTACGACACGCAGTATGCGATGGTTGACCGCGATGATGATGTGAAGATTGGCATTAAATCCACGGCAATCCTGTTCGGCCAATACGATAAATTGATTATTGGTATTTTGCAGATTGGCGTACTGGCACTGATGGCGATCATCGGTGAGTTAAATGGCTTAGGCt < 1:498913/228‑1 (MQ=255) 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1:724307/1‑229 (MQ=255) | CGCGGTAACAGAGAAAGAGGCGCGCGCGCTGTTTGTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCATTCTGTTGT‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGTGCCATTGAGTTGCTGGTTAATGTTCCTCGCCAATATTCTCTGGGCGGTGGCTTACGACACGCAGTATGCGATGGTTGACCGCGATGATGATGTGAAGATTGGCATTAAATCCACGGCAATCCTGTTCGGCCAATACGATAAATTGATTATTGGTATTTTGCAGATTGGCGTACTGGCACTGATGGCGATCATCGGTGAGTTAAATGGCTTAGGCTGGGGATATTACTG > NC_000913/4253281‑4253736 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |