| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,253,516 | A→G | 12.7% | S168G (AGT→GGT) | ubiA → | p‑hydroxybenzoate octaprenyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,253,516 | 0 | A | G | 12.7% | 193.4 / 3.4 | 86 | S168G (AGT→GGT) | ubiA | p‑hydroxybenzoate octaprenyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (34/38); new base G (7/6); total (42/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.67e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AGAGGCGCGCGCGCTGTTTGTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCATTCTGTTGT‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGTGCCATTGAGTTGCTGGTTAATGTTCCTCGCCAATATTCTCTGGGCGGTGGCTTACGACACGCAGTATGCGATGGTTGACCGCGATGATGATGTGAAGATTGGCATTAAATCCACGGCAATCCTGTTCGGCCAATACGATAAATTGATTATTGGTATTTTGCAGATTGGCGTACTGGCACTGATGGCGATCATCGGTGAGTTAAATGGCTTAGGCTGGGGATATTACTG > NC_000913/4253296‑4253736 | agagGCGCGCGCGCTGTTTGTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCATTCTGTTGT‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGCAGCGGCATACCCATCTACCGCAAGTGGGCCTGGGCGCGGCGTTTGGGTGGTCGGTTCCAATGGCTTTTGCCCCTGTGGGGGAGTCGGGCCCGTTGGGTTGCTg > 2:344968/1‑228 (MQ=255)agagGCGCGCGCGCTGTTTGTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCATTCTGTTGT‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGGGAGTGAGTCGGTGCCTTTGGGTTGCt > 1:734462/1‑227 (MQ=255) gagGCGCGCGCGCTAGTTGTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTGCTGGTGCTGACGCTGAATTCGATGACCATTCTGTTGT‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTTGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGTGCCATTGAGTTGCTgg < 1:112348/228‑1 (MQ=255) gcgcgcgcTGTTTGTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCATTCTGTTGT‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGGGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGCCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGGGCCATTGAGTTGCTGGGTAATg > 1:390506/1‑229 (MQ=255) gcgcgcTGTTTGTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCATTCTGTTGT‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGGGAGGGAGTCGGGGCCGTTGAGTTGCTGGTTATTGtt > 1:330568/1‑229 (MQ=255) gtggttttttGTCGTGCTGGTTCTGTTTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATGCGATGACCATTCTGTTGT‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTGATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGTGCCATTGAGTTGCTGGTTAATGTTc 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1:603655/1‑220 (MQ=255) tACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCATTCTGTTGT‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGGGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGTGCCATTGAGTTGCTGGGTAATGTTCCTCGCCAATATTCTCTGGGCGGTGGCTTACGacac > 1:559957/1‑229 (MQ=255) aCTGGTGCTGACGCTGAATTCGATGACCATTCTGTTGT‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGTGCCATTGAGTTGCTGGTTAATGTTCCTCGCCAATATTCTCTGGGCGGTGGCTTACGACACg < 1:489341/229‑1 (MQ=255) ggTGCTGACGGTGAATCCGTTGACCATTCTGTTGG‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGTGCCATTGAGTTGCTGGTTAATGTTCCTCGCCAATATTCTCTGGGCGGTGGCTTACGACACGCAg < 1:462934/229‑1 (MQ=255) 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1:584082/225‑1 (MQ=255) tgagtgggTCGGTGCCATTGATTTGCTGGTTAATGTTCCTCGCCAATATTCCCTGGGCGGTGGCTTACGACACGCAGTATGCGATGGTTGACCGCGATGATGATGTGAAGATTGGCATTAAATCCACGGCAATCCTGTTCGGCCAATACGATAAATTGATTATTGGTATTTTGCAGATTGGCGTACTGGCACTGATGGCGATCATCGGTGAGTTAAATGGCTTAGGCt < 1:599322/228‑1 (MQ=255) tgagtgagTCGGTGCCATTGAGTTGCTGGTTAATGTTGCGCGCCAATATTCTGTTGGCGTTGGCTTACGACACGCAGTAGGCGATGGTTGACCGCGATGATGATGTGAAGATTGGCATTAAATCCACGGCAATCCTGTTCGGCCAATACGATAAATTGATTATTGGTATTTTGCAGATTGGCGTACTGGCACTGATGGCGATCATCGGTGAGTTAAATGGCTTAGGCt < 1:213748/228‑1 (MQ=255) tgagtgagTCGGTGCCATTGAGTTGCAGGTTAATGTTCCTCGCCAATATTCCCTGGGCGGTGGCTTACGACACGCAGTATGCGATGGTTGACCGCGATGATGATGTGAAGATTGGCATTAAATCCACGGCAATCCTGTTCGGCCAATACGATAAATTGATTATTGGTATTTTGCAGATTGGCGTACTGGCACTGATGGCGATCATCGGTGAGTTAAATGGCTTAGGCt < 1:498913/228‑1 (MQ=255) 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1:724307/1‑229 (MQ=255) | AGAGGCGCGCGCGCTGTTTGTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCATTCTGTTGT‑CGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCGGCGTTTGGCTGGTCGATTCCAATGGCTTTTGCCGCTGTGAGTGAGTCGGTGCCATTGAGTTGCTGGTTAATGTTCCTCGCCAATATTCTCTGGGCGGTGGCTTACGACACGCAGTATGCGATGGTTGACCGCGATGATGATGTGAAGATTGGCATTAAATCCACGGCAATCCTGTTCGGCCAATACGATAAATTGATTATTGGTATTTTGCAGATTGGCGTACTGGCACTGATGGCGATCATCGGTGAGTTAAATGGCTTAGGCTGGGGATATTACTG > NC_000913/4253296‑4253736 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |