| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,430,340 | A→G | 20.3% | E159G (GAG→GGG) | cycA → | D‑alanine/D‑serine/glycine transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,430,340 | 0 | A | G | 20.3% | 111.4 / 3.4 | 59 | E159G (GAG→GGG) | cycA | D‑alanine/D‑serine/glycine transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (15/28); new base G (9/4); total (27/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.26e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TACAAATCTTTTAGTGACTTCGCTTCCGATTTACTCGGGCCGTGGGCAGGATATTTCACCGGCTGGACTTACTGGTTCTGCTGGGTTGTAACCGGTATGGCAGACGTGGTGGCGATCACGGCTTATGCTCAGTTCTGGTTCCCCGATCTCTCCGACTGGGTCGCCTCGCTGGCGGTGATAGTGCTGCTGCTGACGCTCAATCTCGCCACCGTGAAAATGTTCGGTGAGATGGAGTTCT‑GGTTTGCGATGATCAAAATCGTCGCCATTGTGTCGCTGATTGTCGTCGGCCTGGTCATGGTGGCGATGCAC‑TTTCAGTCACCGACTGGTGTGGAAGCGTCATTCGCGCATTTGTGGAATGACGGCGGCTGGTTCCCGAAAGGTTTAAGTGGCTTCTTTGCCGGATTCCAGATAGCGGTTTTCGCTTTCGTGGGGATTGAGCTGGTA > NC_000913/4430114‑4430557 | tgcAAATCTTTTAGGGACTTCGCTTCCGATTTGCTCGGGCCGTGGGCAGGATATTTCACCGGCTGGACTTACTGGTTCTGCTGGGTTGTAACCGGTATGGCAGACGTGGTGGCGATCACGGCTTATGCTCAGTTCTGGTTCCCCGATCTCTCCGACTGGGTCGCCTCGCTGGCGGTGATAGTGCTGCTGCTGACGCTCAATCTCGCCACCGTGAAAATGTTCGGTgaga < 1:553016/227‑1 (MQ=255)taaaaaatttttgggggcTTCGCTTCCGATTTACTCGGGCGGTGGGCAGGATATTTCACCGGCTGGCCTTACTGGGTCGGCTGGGTTGTAACCGGTATGGCAGACGTGGTGGCGATCACGGCTTATGCTCAGTTCTGGTTCCCCGATCTCTCCGACTGGGTCGCCTCGCTGGCGGTGATAGTGCTGCTGCTGACGCTCAATCTCGCCACCGTGAAAATGTTCGGTgaga < 2:114581/212‑1 (MQ=255) caattttttttgtgccttgtgttCCGATTTGCGTGGGCCGTGGGCAGGATATTTCACCGGCTGGACTTACTGGTTCTGCTGGGTTGTAACCGGTATGGCAGACGTGGGGGCGATCACGGCTTATGCTCAGTTCTGGTTCCCCGATCTCTCCGACTGGGTCGCCTCGCTGGCGGTGATAGTGCTGCTGCTGACGCTCAATCTCGCCACCGTGAAAATGTTCGGTGAGATg < 2:569632/208‑1 (MQ=255) aTCTTTTAGTGACTTCGCTTCCGATTTACTCGGGCCGTGGGCAGGATATTTCACCGGCTGGACTTACTGGTTCTGCTGGGTTGTAACCGGTATGGCAGACGTGGTGGCGATCACGGCTTATGCTCAGTTCTGGTTCCCCGATCTCTCCGACTGGGTCGCCTCGCTGGCGGTGATAGTGCTGCTGCTGGCGCTCAATCTCGCCCCCGTGAACATGTTCGGGGCGATGGa > 1:28394/1‑228 (MQ=255) tgtggtgtCGCTTCCGTTTTGCTCGGGCCGTGGGCGGGTTATTGCGCCGGGTGGATTTTCGGTTTCTGCTGGGTTGTAACCGGTATGGCAGACGTGGTGGCGATCACGGCTGATGCTCAGTGCTGGTTCCCCGATCTCTCCGACTGGGTCGCCTCGCTGGCGGTGATAGTGCTGCTGCTGACGCTCAATCTCGCCACCGTGAAAATGTTCGGTGAGATGGAGTTCT‑GGt < 2:120395/222‑1 (MQ=255) aGTGACTTCGCTTCCGATTTACTCGGGCCGTGGGCAGGATATTTCACCGGCTGGACTTACTGGTTCTGCTGGGTTGTAACCGGTATGGCAGACGTGGTGGCGATCACGGCTTATGCTCAGTTCTGGTTCCCCGATCTCTCCGACTGGGTCGCCTCGATGGCGGCGATAGCGCGGCTGCTGACGCCCAATCTCGCCCCCGTGGAAATGGTTGGTGGGATggtggtgtggg > 2:595934/1‑220 (MQ=255) cgtcgcttgtggtgtgcgcGGGCGGTGGGCGGGAGATGTCCCCGGCGGGACTGTCGGGGTGTGCGGGGTTGGAACCGGTATGGCAGACGTGGTGGGGATCACGGCTTAGGCTCAGGTCTGGGTCCCCGATCTCGCCGACTGGGTCGCCTCGCTGGCGGTGATAGTGCTGCTGCTGACGCTCAATCTCGCCACCGTGAAAATGTTCGGTGAGATGGAGTTCT‑GGTTTGCg < 2:474660/211‑1 (MQ=255) cgtCGCTCCCTATTTTCCGGGGCCTTGGGCAGTATATTTAGCGGGCTGGGTTTCCTGGTTCTGCTTGGTTGGAACCGGTATGGCGGACGTGGTGGCGATCACGGCTTATGCTCAGTTCTGGTTCCCCGATCTCTCCGACTGGGTCGCCTCGCTGGCGGTGATAGTGCTGCTGCTGACGCTCAATCTCGCCACCGTGAAAATGTTCGGTGAGATGGAGTTCT‑GGTTTGCg < 2:170579/227‑1 (MQ=255) cTTCGCTTCCGATTTACTCGGGCCGTGGGCAGGATATTTCACCGGCTGGACTTACTGGTTCTGCTGGGTTGTAACCGGTATGGCAGACGTGGTGGCGACCACGGCTTATGCTCAGTTCTGGTTCCCCGATCTCTCCGACTGGGTCGCCTCGCTGGCGGTGATAGTGCTGCTGCTGACGCTCCATCTCGCCACCCTGACACATTTCTGTGGGATTGGGTTCT‑GGTTTGCg > 1:507540/1‑229 (MQ=255) 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2:356156/229‑1 (MQ=255) cACCGGCTGGACTTACTGGTTCTGCTGGGTTGTAACCGGTATGGCAGACGTGGTGGCGATCACGGCTTATGCTCAGTTCTGGTTCCCCGATCTCTCCGACTGGGTCGCCTCGCTGGCGGTGATAGTGCTGCTGCTGACGCTCAATCTCGCCACCGTGAAAATGTTCGGTGAGATGGAGTTCT‑GGTTTGCGATGATCAAAATCGTCGCCATTGTGTCGCTGATTgtcgt < 1:10777/228‑1 (MQ=255) cgCTGGACTTACTGGTCCTGCTGGGTTGTAACCGGTATGGCAGACGTGGTGGCGATCACGGCTTATGCTCAGTTCTGGTTCCCCGATCTCTCCGACTGGGTCGCCTCGCTGGCGGTGATAGTGCTGCTGCTGACGCTCAATCTCGCCACCGTGAAAATGTTCGGTGAGATGGAGTTCT‑GGTTTGCGATGATCAAAATCGTCGCCATTGTGTCGCTGATTGTCGTCGGc < 1:532346/227‑1 (MQ=255) tttttttgggtttgtaCCGGTATGGCAGGTGGCGTGGGGATCCGGGGTTGTGCTCAGTTCCGGTCCCCCGTTCCCTCCGACTGGGTCGCCTCGCTGGCGGTGATAGTGCTGCTGCTGACGCTCAATCTCGCCACCGTGAAAATGTTCGGTGAGATGGAGTTCT‑GGTTTGCGATGATCAAAATCGTCGCCATTGTGTCGCTGATTGTCGTCGGCCTGGTCATGGTGGCGa < 2:28394/214‑1 (MQ=255) ttCTGCTGGGTTGTAACCGGTATGGCAGACGTGGTGGCGATCACGGCTTATGCTCAGTTCTGGTTCCCCGATCTCTCCGACTGGGTCGCCTCGCTGGCGGTGATAGTGCTGCTGGTGACGCCCAATCTCGCCACCCTGAACATGTTCGGTGAGATGGGGTTCT‑GGTTTGTGGTGATCACAATACGCGCCCTTTGGTCGCTGATTgtcgggggaccggtacaggagggga > 2:375125/1‑208 (MQ=255) ttctgttttttAAGCGGTATGGGTGACGTGTGGGGGGTCAGGGCTTATTCGCAGTTCTGGTTCCCCGATCTCTCCGACTGGGTCGCCTCGCTGGCGGTGATAGTGCTGCTGCTGACGCTCAATCTCGCCACCGTGAAAATGTTCGGTGAGATGGAGTCCT‑GGTTTGCGATGATCAAAATCGTCGCCATTGTGTCGCTGATTGTCGTCGGCCTGGTCATGGTGGCGATg < 2:328238/218‑1 (MQ=255) gctgGGTTGTAACCGGTATGGCAGACGTGGTGGCGATCACGGCTTATGCTCAGTTCTGGTTCCCCGATCTCTCCGACTGGGTCGCCTCGCTGGCGGTGATTGGTCCTCCGCTGATCCCCAATCTTCCCCCCGTGAAAATGTTAGGGGGGATGGTGTGCT‑TGGTTGTGCTGGTCCAAATAGTAGCCCTTGGTTCGCGGGTTTTTGTTGGCCggggcgaggggggggggca > 2:603258/1‑213 (MQ=255) ctgGGTTGTAACCGGTATGGCAGACGTGGTGGCGATCACGGCTTATGCTCAGTTCTGGTTCCCCGATCTCTCCGACTGGGTCGCCTCGCTGGCGGTGCTAGTGCTGCTGCTGGCGCTCAATCTCGCCCCCCGGAAAATGGTCGGTGAGATGGAGGTCT‑GGTTTGCGCTGATCAAAATCGTCGCCATTGTGTCGCTGATTGTCGTCGGCCTGGTCATGGTGGGGGTGCa > 1:645332/1‑228 (MQ=255) ttGTAACCGGTATGGCAGACGTGGTGGCGATCACGGCTTATGCTCAGTTCTGTTTCCCCGATCTCTCCGACTGTGTCGCCTCGCTGGCGGTGATTGTGCTTCTGGTGCCACCCAATCTCGCCCCCCTGGAAATTTTTCGTGGGATGGGGGTCT‑GGTTTTCGGTGATCAAAATCGTCGCCATTGTGTCGCGGATTGTCGTGGGCCTGGTACTGGGGGCGGTGccatttga > 2:756176/1‑222 (MQ=255) ttGTAACCGGTATGGCAGACGTGGTGGCGATCACGGCTTATGCTCAGTTCTGGTTCCCCGATCTCTCCGACTGGGTCGCCTCGCTGGCGGTGATAGTGCTGCTGCTGACGCTCAATCTCCCCACCGTGGAAAAGTTTGGGGGGGTGGGGTTCTGGGTTTGCATGGTTCAAAACCGAC‑CCCTTGTGGTGGTGGATTTCGGCGGCCTGGTCATGGAGGcagggccatttta > 2:91242/1‑217 (MQ=255) tGTAACCGTGAGGGCAGGCTGGGTGGCGAGCACGGCTTCTGCGCAGTTCTGGTTCCCCGATCTCCCCGAATGGGGCGCCTCGCTGGCGGTGATAGTGCTGCTGCTGACGCTAAATCCCGCCACCGTGAAGATGTTCGGTGAGATGGAGTTCT‑GGTTTGCGATGATCAAAATCGTCGCCATTGTGTCGCTGATTGTCGTCGGCCTGGTCATGGTGGCGATGCAC‑TTTCAg < 2:462867/229‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |