| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,480,112 | C→T | 14.3% | L128F (CTC→TTC) | yjgN → | DUF898 family inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,480,112 | 0 | C | T | 14.3% | 261.6 / 5.4 | 121 | L128F (CTC→TTC) | yjgN | DUF898 family inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (43/57); new base T (5/13); total (49/72) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.00e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 122 total aligned reads displayed.
ATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATGGAATTACCGGTGGGAATGTTTTTGTTAGTTGTCTTTTTTTTGTTTTTTTCTATTTCGCAATCTTAATGACAGTGTCAGCAGATATGCCGCTTGTTGGTTGTGTTTTGACTTTGTTACTGTTGGTTTTGCTTATATTTATGGCAGCAAAAGGACTGCGTCATCAGGCCTTAA‑TGACCAGTCTCAACGGCGTAAGATTTAGTTTTAATTGCTCTATGAAAGGGTTCTGGTGGGTGACCTTTTTCTTGCCGATTTTAATGGCCATTGGGATGGGGACTGTTTTCTTTATCTCGACAAAGATGCTACCTGCCAATAGTTCAAGTAGTGTTATTATATCCATGGTTCTGATGGCAATAGTTGGTATTGTTTCCATTGGTATTTTTAATGGTACTTTATATAGTCTGGTA > NC_000913/4479888‑4480336 | atttttattggaattttgAAGTTAACGGTAAATAGTTTTCTTTTGGAATTACCTGTGGGAATGTTTTTGTTAGTTGTCTTTTTTTTTTTTTTTTCTTTTTCGTAATCTTAATGACAGTGTCAGCAGATATGCCGCTTGTTGGTTGTGTTTTGACTTTGTTACTGTTGGTTTTGCTTATATTTATGGCAGCAAAAGGACTGCGTCATCAGGCCTTAA‑TGACCAGTCTCaa < 2:730655/212‑1 (MQ=255)aTCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATGGAATTACCGGTGGGAATGTTTTTGTTAGTTGTCTTTTTTTTGTTTTTTTCTATTTCGCAATCTTAATGACAGTGTCAGCAGATATGCCGCTTGTTGGTTGTGTTTTGACTTTGTTACTGTTGGTTTTGCTTATATTTATGGCAGCAAAAGGACTGCGTCATCAGGCCTTAA‑TGACCAGTTTCaa > 1:326991/1‑229 (MQ=255)aTCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAAAGATTTTCTTATGGAATTACCGGTGGGAATGTTTTTGTTAGTTGTCTTTTTTTTGTTTTTTTCTATTTCGCAATCTTAATGACAGTGTCAGCAGATATGCCGCTTGTTGGTTGTGTTTTGGCTTTGTTACTGTTGGTTTTGCTTATATTTATGGCAGCAAAAGGACTGCGTCATCAGGCCTTAA‑TGACCAGTCTCaa < 2:613034/229‑1 (MQ=255) aTGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATGGAATTACCGGTGGGAATGTTTTTGTTAGTTGTCTTTTTTTTGTTTTTTTCTATTTCGCAATCTTAATGACAGTGTCAGCAGATATTCCGCTTGTTGGTTGTGTTTTGACTTTGTTCCTGTTGGTTTTGCTTTTATTTATGGCAGCAAAAGGACTGCGTCATCAGGCCTTAA‑TGACCAGTCTCAACGGCGt > 2:534793/1‑229 (MQ=255) aTGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATGGAATTACCGGTGGGAATGTTTTTGTTAGTTGTCTTTTTTTTGTTTTTTTCTATTTCGCAATCTTAATGACAGTGTCAGCAGATATGCCGCTTGTTGGTTGTGTTTTGACTTTGTTACTGTTGGTTTTGCTTATATTTATGGCAGCAAAAGGACTTCGTCATCAGGCCTTAA‑TGACCAGTCTCAACGGCGt > 1:218586/1‑229 (MQ=255) 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< 1:344025/220‑1 (MQ=255) ggacactgtttttttttTGGATTTTCCGGTGGGAATTTTTTTTTTAGTTGTCTTTTTTTTGTTTTTTTCTATTTCGCAATCTTAATGACAGTGTCAGCAGATATGCCGCTTGTTGGTTGTGTTTTGACTTTGTTACTGTTGGTTTTGCTTATATTTATGGCAGCAAAAGGACTGCGTCATCAGGCCTTAA‑TGACCAGTCTCAACGGCGTAAGATTTAGTTTTAATTGct < 2:343403/220‑1 (MQ=255) ggACAATGTTTTTCTTATGGAATTTCCGGTGGGAATGTTTTTGTTAGTTGTCTGTTTTTTGTTTGTTTTTATTTCGCAATCTTAATGACAGTGTCATCAGATATGCCGCTTGTTGGTTGTGTTTTGACTTTGTTACTGTTGGTTTTGCTTATATTTATGGCAGCAAAAGGACTGCGTCATCAGGCCTTAA‑TGACCAGTCTCAACGGCGTAAGATTTAGTTTTAATTGct < 2:609234/229‑1 (MQ=255) ggACAACGATTTTCTTATGGAATTACCGGTGGGAATGTTTTTGTTAGTTGTCTTTTTTTTGTTTTTTTCTATTTCGCAATCTTAATGACAGTGTCAGCAGATATGCCGCTTGTTGGTTGTGTTTTGACTTTGTTACTGTTGGTTTTGCTTATATTTATGGCAGCAAAAGGACTGCGTCATCAGGCCTTAA‑TGACCAGTCTCAACGGCGTAAGATTTAGTTTTAATTGct < 1:60414/229‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |