| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 540,558 | T→G | 24.6% | intergenic (+50/‑7) | allB → / → ybbY | allantoinase/putative uracil/xanthine transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 540,558 | 0 | T | G | 24.6% | 81.0 / 5.6 | 52 | intergenic (+50/‑7) | allB/ybbY | allantoinase/putative uracil/xanthine transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (7/30); new base G (12/3); total (19/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.46e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TCTTACCAATGACGATCTGGAATATCGCCACAAAGTCAGCCCGTATGTTGGCCGTACCATTGGCGCGCGTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGT‑GTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTATCAGGATTTCAGTGGT‑TTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGTTCCTCCTACGCTACTTTCTGCTTTTCA‑GTTGCCGCAAAGTAGCCTGCTTACGCTCACGCAATATGCTTTTCTTGCTACCGCACTGGCCTGCTTCGCTCAGGCGTTTTGCGGTCATCGTCGCGCTATTATGGA > NC_000913/540340‑540779 | tCTTACCAATGACGATCTGGAATATCGCCACAAAGTCAGCCCGTATGTTGGCCGTACCATTGGCGCGCGTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGGAATTCCCCGTTAAGGGGT‑Ggtttttt > 2:230111/1‑225 (MQ=255) aCCAATGACGATCTGGAATATCGCCACAAAGTCAGCCCGTATGTTGGCCGTACCATTGGCGCGCGTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGCTTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGGCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGGTT‑GGTTTTGTTCa > 1:687399/1‑228 (MQ=255) aCCAATGACGATCTGGAATATCGCCACAAAGTCAGCCCGTATGTTGGCCGTACCATTGGCGCGCGTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGATCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCACCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTATGGTGT‑GTTTATGTTCaa > 1:368607/1‑229 (MQ=255) tGACGATCTGGAATATCGCCACAAAGTCAGCCCGTATGTTGGCCGTACCATTGGCGCGCGTATCACGACAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGTCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGAATTCTCCCCGTAAGGGGT‑GGTTCTATTCagacttg > 1:127040/1‑223 (MQ=255) cTGGAATATCGCCACAAAGTCAGCCCGTATGTTGGCCGTACCATTGGCGTGCGTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGT‑GTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAg < 1:283155/229‑1 (MQ=255) cgccaaaaGGCCGCCCGTATGTTGGCCGTCGCATGGGCGCGCGTATAACGAAAACCATCTTACGGTGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGT‑GTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGc < 2:687398/224‑1 (MQ=255) cccaccaATTCAGCCCGTATGTTGCCCGTACCAGTGGCGGGCGTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGGGATTTACTACATTGAACAGGGCGTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGT‑GTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGc < 1:230308/228‑1 (MQ=255) cccACAAATGCCGCCCGTTTTGTGGCCGTACCATTGGCGACCGTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGT‑GTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGc < 2:653894/228‑1 (MQ=255) acaAAGTCAGCCCGTATGTTGGCCGTACCATTGGCGCGCGTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGT‑GTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTg < 1:234286/229‑1 (MQ=255) cAGCCCGTATGTTGGCCATTCCATTGGCGGGCGTATCCCGAAGTCCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGT‑GTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTATCAg < 1:213170/229‑1 (MQ=255) aGCCCGTATGTTGGCCGTACCATTGGCGCGCGTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTTAGCGGT‑GGTTATTTTTAATTTTTCGTGCAGCcgcggagaccgggtttctgg > 1:56887/1‑213 (MQ=255) cccGTATGTTGGCCGTACCATTGGCGCGCGTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTTTCCGGTTAAGGGGTGGTTTAT‑TTTACTTTTTAAGTCAGcccgcaagacacgtttctaggat > 1:47478/1‑208 (MQ=255) ggCGCGCGTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCTGCGGCGCTTCTCCTGTTTAGGTGG‑GATTTTGTTCAATTTTGCAGTCCGCCCCCCAGGCCTGTTTCCAGGATTTTAGTAGG‑Ttttttttttttt > 1:435125/1‑229 (MQ=255) cgTATTACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCACCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGAATTCTCCGGTTAAGGGGT‑GGTTATGTTTATTTTTGCTGTCATCCGCGAAAGCCGCTTTTTAGGATTTCTGTGGT‑TTTTTTTTTTTTTTTTCaa > 2:726795/1‑229 (MQ=255) ccGAAATCCATCGTCCGTGTGGATGTGATTTTCGTCATGGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACAGCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCCTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTTT‑GTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTATCAGGATTTCAGTGGT‑TTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGt < 2:127040/228‑1 (MQ=255) cGAAACCCATTTTGCGTGGTGATGTTATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCGGTTGCGCCGAAAGGGCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGT‑GTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTATCAGGATTTCAGTGGT‑TTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGtt < 2:223781/229‑1 (MQ=255) ccATCTTGCGTGGTGATGTTATTTACGACATTTAACAGGGGTTCCCTGTTGCGGCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATTTGGCCCCTGCAATGCCCGTTCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGT‑GTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTATCAGGATTTCAGTGGT‑TTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGt < 1:80312/228‑1 (MQ=255) ccATCTTGCGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGT‑GTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTATCAGGATTTCAGTGGT‑TTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGt < 1:191847/228‑1 (MQ=255) tCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGCACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCAGTCTCCGGTTAAGGGGT‑GTTTATGTTCAATTTTGCCGTCAGCCCCGCAAGCCTGTTATACAGAGTTTACTGGT‑TTTTCTTTATTTTTTTGACAATGGTTGTGGTtc > 1:579177/1‑227 (MQ=255) tggtgATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTTTCCGGGTTAGGGGT‑GGTTTTTTTTCATTTTTCCGTCGACGCCCAAAACCCGGTTTCAGGTTTTCTCTTGTGTTTTTTTTTTTTTTTGC‑ACAACGTTTTGGTTTTTCCTatcc > 2:78637/1‑226 (MQ=255) attgtttttcgcaattggacgcggCTTCCCTGGAGCGCCCAAAGATCAACTTATCCTTAACAATCCGCCGTAATCTGGCCCCGGAAATGCCCGTCCGTGCGGGGGGCATTCTCCGGTTAAGGGGT‑GTTTATGTGCAATTTTTCAGTCAGCCGCGAAAGCGTGTTATCAGGATTTCAGTGGG‑TTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGTTCCTCCTACGCTACttt < 2:368607/207‑1 (MQ=255) tACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGTCATTCTTCGGTTAGGGGGT‑GCTTAGTTTCCATTTTGCAGTGCTCCCCGAAAGCCTGTTATCTGGATTTTTGGGGG‑TTTTTTTTTTTTTTTGCAAACCGGTTTTGGGtcctccccgcccactttttttttt > 2:691910/1‑211 (MQ=255) cATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGT‑GTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTATCAGGATTTCAGTGGT‑TTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGTTCCTCCTACGCTACTTTCTGCTTTTCA‑Gt < 2:648017/229‑1 (MQ=255) ttGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGT‑GTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCCCGAAAGCCTGTTATCAGGGTTTCAGTGGT‑TTTTCTTTTTTTTTTTCAACACGGGTGTGGTTCCTCCTACGCTACTTTCTGCTTTTCA‑Gttt > 1:523993/1‑228 (MQ=255) ttGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCCGTTAAGGGGT‑GGTTTTTTTCAATTTTTCAGGCCGCCCCGCAAGGCTGTTATCAGGGTTTTATGGGT‑TTTTTTTTTTTTTTTTGACAACCGGTTTGGTTCCTCCCACCCCACttttttttttttcgttt > 2:746926/1‑215 (MQ=255) ggCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAAGTGT‑GTTTTTGTTCCATTTTGCCGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTATCAGGATTTCTGGGGT‑TTTTTTTTTTTTTTTGCAAAACGGTTGTGGGTCCTCCTACGCTCCTTTCTTTTTTTCA‑GTTTCCGCcaa > 1:596229/1‑228 (MQ=255) tCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTACCCTTAATCATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGGCCTTGCGGCTGGCATTCTCCGGTTAAGTTGT‑GTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTATCAGGATTTCAGTGGT‑TTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGTTCCTCCTACGCTACTTTCTGCTTTTCA‑GTTGCCGCAAAGTAGc < 2:575972/229‑1 (MQ=255) tCCCTGTTGCCCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAACAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGT‑GTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTATCAGGATTTCAGTGGT‑TTTTCTTTAGTTTTTGCAACACGGTTGTGGTTCCTCCTACGCTACTTTCTGCTTTTCA‑GTTGCCGCAAAGTAGc < 1:124084/229‑1 (MQ=255) tCCCTGTCAGGCCGAAAGTTTACTCTACCCGTAAACATCATCAGTTACCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTGGCGGGGGGCATTCACCGGTTAAGGTGT‑GGTTATGTTGAATTTTTCAGTAAGCCGCGAACGCCTGTTATCAGGATTTCAGTGGT‑TTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGTTCCTCCTACGCTACTTTCTGATTTTCA‑GTTGCCGCAAAGTCGc < 2:398761/229‑1 (MQ=255) cccTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATAAGCAG‑AATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTCAGGGGT‑GTTTATGTTCAATTTTTCAGTCAGCCGCCCGAGCCCTTTTTACGGATTTCACTGGT‑TTTTTTTTTTTTTTTTCTAACCGGTTGTGGTTCCTCCTACTCTTATTTTTTCTTTTTA‑CTTTCCCCaaaaaaaccg > 2:684771/1‑222 (MQ=255) ccGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCCGTGAAGGTGT‑GTTTATGTTTTCTTTTTCAGTCACGCCCGTAAGCCGTTTATCTCGATTTAAGGGGT‑TTTTCTTTATTTTTTTCAACAAGGTTGTGGTGCTTCCTACGCTCCTTTTTTCTTTTCATTTTCCCGCACAG‑AGCCTGCTTTCGcc > 2:395513/1‑228 (MQ=255) cGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCCGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGT‑GTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTATCAGGATTTCAGTGGT‑TTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGTTCCTCCTACGCTACTTTCTGCTTTTCA‑GTTGCCGCAAAGTAGCCTGCTTACGCTc < 1:691911/229‑1 (MQ=255) gTCAATTTATCCTTAAACCTCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGT‑GTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTATCAGGATTTCAGTGGT‑TTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGTTCCTCCTACGCTACTTTCTGCTTTTCA‑GTTGCCGCAAAGTAGCCTGCTTACGCTCACGCaa < 1:307815/229‑1 (MQ=255) cAATTTTTCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCACCGGTTAAGGTGT‑TTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTATCAGGATTTCAGTGGT‑TTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGTTCCTCCTACGCTACTTTCTGCTTTTCA‑GTTGCCGCAAAGTAGCCTGCTTACGCTCACGCAata < 2:406247/229‑1 (MQ=255) aaTTTATCGTTAAACAGCAGCAGTAAGCTGGCCCCTGCACTGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGT‑GTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTATCAGGATTTCAGTGGT‑TTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGTTCCTCCTACGCTACTTTCTGCTTTTCA‑GTTGCCGCAAAGTAGCCTGCTTACGCTCACGCAata < 1:721403/228‑1 (MQ=255) ttATCCTAAAACATTAGCAGTAATTGTGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGT‑GTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTATCAGGATTTCAGTGGT‑TTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGTTCCTCCTACGCTACTTTCTGCTTTTCA‑GTTGCCGCAAAGTAGCCTGCTTACGCTCACGCAATATGCt < 1:726796/229‑1 (MQ=255) tgtgtaaaagagacgggcagTAATCTTGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGGGGCGGGCATTCTCCGTTGAAGGGGT‑GTTTATGTTCAAGTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTATCAGGATTTCAGTGGT‑TTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGGTGTGGTTCCTCCTACGCTACTTTCTGCTTTTCA‑GTTGCCGCAAAGTAGCCTGCGTACGCTCACGCAATATGCt < 1:986/213‑1 (MQ=255) aaaCATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCCGTTTAGGGGT‑GTTTTTGTTCAATTTTTCCGTCAGCCGCGCAAGCCCTCTGTCAGGCTTTCAGTGGG‑TTTTCTTTATTTTTTTCAACCCGGTCTTTGTTCCTCCTACGCTACTTTCTGCTTTTCA‑GTTTCCGCAAAAAAGACTTCTTTCGCGCCCCCCATATGCTtttttttc > 2:421834/1‑227 (MQ=255) catctagcagTAATTTGGCCCCTGCAATGCCCTTCCTTGGGGGGGGCATTCTCCGGTTAAGGTTT‑GTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTATCAGGATTTCAGTGGT‑TTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGTTCCTCCTACGCTACTTTCTGCTTTTCA‑GTTGCCGCAAAGTAGCCTGCTTACGCTCACGCAATATGCTTTTCTTGCTa < 2:219482/224‑1 (MQ=255) cgctgTAATCTGGCCCCTGATATGCCCTCCCCTGCGGCTGGCATTCTCCGGTTAAGGTGT‑GTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTATCAGGATTTCAGTGGT‑TTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGTTCCTCCTACGCTACTTTCTGCTTTTCA‑GTTGCCGCAAAGTAGCCTGCTTACGCTCACGCAATATGCTTTTCTTGCTACCGCa < 2:102910/225‑1 (MQ=255) ttatcggtccccgtgattGCCCTTTCTTGGGGCTGGGATTTGCCGGTTAAGGGGT‑GTTTATGTTCAATTTTTCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTATCAGGATTTCAGTGGT‑TTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGTTCCTCCTACGCTACTTTCTGCTTTTCA‑GTTGCCGCAAAGTAGCCTGCTTACGCTCACGCAATATGCTTTTCTTGCTACCGCACTGGc < 2:579176/212‑1 (MQ=255) aacttGGCCCCTGTAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCCCCGGTTAAGGTGT‑GTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTATCAGGATTTCAGTGGT‑TTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGTTCCTCCTACGCTACTTTCTGCTTTTCA‑GTTGCCGCAAAGTAGCCTGCTTACGCTCACGCAATATGCTTTTCTTGCTACCGCACTGGc < 1:699250/224‑1 (MQ=255) gggCATTCTCCGGTTAAGGTGT‑GTTTATGTCAAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTATCAGGATTTCAGTGGT‑TTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGTTCCTCCTACGCTACTTTCTGCTTTTCA‑GTTGCCGCAAAGTAGCCTGCTTACGCTCACGCAATATGCTTTTCTTGCTACCGCACTGGCCTGCTTCGCTCAGGCGTTTTGCGGTCAtcgtcg < 2:596228/229‑1 (MQ=255) ggttttCTGCGTTTAAGTTGT‑TTTTTTTTTCCATTTTTCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTATCAGTTTTTCAGTTGT‑TTTTCTTTATTGTTTGCAACACGGTTGTGGTTCCTCCTACGCTACTTTCTGCTTTTCA‑GTTGCCGCAAAGTAGCCTGCTTACGCTCACGCAATATGCTTTTCTTGCTACCGCACTGGCCTGCTTCGCTCAGGCGTTTTGCGGTCATCGTcgc < 2:47478/225‑1 (MQ=255) ggCATTCTCCGGTTAAGGTGT‑TTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTATCAGGATTTCAGTGGT‑TTTTCGTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGTTCCTCCTACGCTACTTTCTGCTTTTCA‑GTTGCCGCAAAGTAGCCTGCTTACGCTCACGCAATATGCTTTTCTTGCTACCGCACTGGCCTGCTTCGCTCAGGCGTTTTGCGGTCAtcgtcg < 1:185999/228‑1 (MQ=255) gaaTTCCCCGGTTAAGGTGT‑GTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTATCAGGTTTTCAGTGGT‑TTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGTTCCTCCTACGCTACTTTCTGCTTTTCA‑GTTTCCGCAAAGTAGCCTGCTTACGCTCACGCAATATGCTTTTCTTGCTACCGCACTGGCCTGCTTCGCTCAGGCGTTTTGCGGTCATCGTcgcg < 1:746927/227‑1 (MQ=255) gCATTCCCCGGTTAAGGTGT‑GTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTATCAGGATTTCAGTGGT‑TTGTCTTTATTTTTTGAAACACGGTTGTGGTTCCTCCTACGCTACTTTCTGCTTTTCA‑GTTGCCGCAAAGTAGCCTGCTTACGCTCACGCAATATGCTTTTCTTGCTACCGCACTGGCCTGCTTCGCTCAGGCGTTTTGCGGTCATCGTcgcg < 1:729639/229‑1 (MQ=255) acattcgtcgtgtAAGGTGT‑TTTTATGCTCAAGTTTGCATGCAGCCGCGAAAGCCTGTTATCAGGATTTCAGTGGT‑TTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGTTCCTCCTACGCTACTTTCTGCTTTTCA‑GTTGCCGCAAAGTAGCCGGCTTACGCTCACGCAATATGCTTTTCTTGCTACCGCACTGGCCTGCTTCGCTCAGGCGTTTTGCGGTCATCGTcgcg < 1:432498/217‑1 (MQ=255) tcCGGTTAAGGTGT‑GTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTATCAGGATTTCAGTGGT‑TTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGTTCCTCCTACGCTACTTTCTGCTTTTCA‑GTTGCCGCAAAGTAGCCTGCTTACGCTCACGCAATATGCTTTTCTTGCTACCGCACTGGCCTGCTTCGCTCAGGCGTTTTGCGGTCATCGTCGCGCtatt < 1:78637/228‑1 (MQ=255) gTTAAGGTGT‑GTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTATCAGGATTTCAGTGGT‑TTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGTTCCTCCTACGCTACTTTCTGCTTTTCA‑GTTGCCGCAAAGTAGCCTGCTTACGCTCACGCAATATGCTTTTCTTGCTACCGCACTGGCCTGCTTCGCTCAGGCGTTTTGCGGTCATCGTCGCGCTATTATGGa > 1:520247/1‑229 (MQ=255) aGGTGT‑GTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTATCAGGATTTCAGTGGT‑TTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGTTCCTCCTACGCTACTTTCTGCTTTTCA‑GTTGCCGCAAAGTAGCCTGCTTACGCTCACGCAATATGCTTTTCTTGCTACCGCa > 1:622854/1‑175 (MQ=255) aGGTGT‑GTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCCAAAGCCTGTTATCAGGATTTCAGTGGT‑TTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGTTCCTCCTACGCTACTTTCTGCTTTTCA‑GTTGCCGCAAAGTAGCCTGCTTACGCTCACGCAATATGCTTTTCTTGCTACCGCa < 2:622853/175‑1 (MQ=255) | TCTTACCAATGACGATCTGGAATATCGCCACAAAGTCAGCCCGTATGTTGGCCGTACCATTGGCGCGCGTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGT‑GTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTATCAGGATTTCAGTGGT‑TTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGTTCCTCCTACGCTACTTTCTGCTTTTCA‑GTTGCCGCAAAGTAGCCTGCTTACGCTCACGCAATATGCTTTTCTTGCTACCGCACTGGCCTGCTTCGCTCAGGCGTTTTGCGGTCATCGTCGCGCTATTATGGA > NC_000913/540340‑540779 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |