| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,609,768 | T→G | 24.0% | G118G (GGT→GGG) | prfC → | peptide chain release factor RF‑3 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,609,768 | 0 | T | G | 24.0% | 102.4 / 8.0 | 67 | G118G (GGT→GGG) | prfC | peptide chain release factor RF‑3 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (18/27); new base G (12/6); total (34/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.27e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TAAAAGGCCGTGGTTCCAACCAGCACGCTAAGTCGGACTGGATGGAGATGGAAAAGCAGCGTGGGATCTCCATTACTACGTCTGTGATGCAGTTTCCGTATCACGATTGCCTGGTTAACCTGCTCGACACCCCGGGGCACGAAGACTTCTCGGAAGATACCTATCGTACCCTGACGGCGGTGGACTGCTGCCTGATGGTTATCGACGCCGCAAAAG‑GTGTTGAAGATCG‑TACCCGTAAGCTGATGGAAGTTACCCGTCTGCGCGACACGCCGATCCTCACCTTTATGAACAAACTTGACCGTGATATCCGCGACCCGATGGAGCTGCTCGATGAAGTTGAGAACGAGCTGAAAATCGGCTGTGCGCCGATCACCTGGCCGATTGGCTGCGGCAAGCTGTTTAAAGGCGTTTACCACCTTTATAAAGACGAAACCTAT > NC_000913/4609551‑4609987 | tataagggacaggTTTCAACCCGCCAGCTAAGGTGGACTGGGTGGAGATGGAAAAGCAGCGTGGGAGCTCCATTACTACGTCTGTGATGCAGTTTCCGTATCACGATTGCCTGGTTAACCTGCTCGACCCCCCGGGGCACGAAGACTTCTCGGAAGATACCTATCGTACCCTGACGGCGGTGGACTGCTGCCTGATGGTTATCGACGCCGCAAAAG‑GTGTTGAAGATCg < 2:596292/218‑1 (MQ=255)tAAAAGGCCGTGGTTCCAACCAGCACGCTAAGTCGGACTGGATGGAGATGGAAAAGCAGCGTGGGATCTCCATTACTCCGTCTGTGATGCAGTTTCCGTATCACGATTGCCTGGTTAACCTGCTCGACACCCCGGGGCACGAAGACTTCTCGGAAGATACCTATCGTACCCTGACGGCGGTGGACTGCTGCCTGATGGTTATCGACGCCGCAAAAG‑GTGTTGAAGATCg < 1:136413/229‑1 (MQ=255) 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tGGTTCCAACCAGCACGCTAAGTCGGACTGGATGGAGATGGAAAAGCAGCGTGGGATCTCCATTACTACGTCTGTGATGCAGTTTCCGTATCACGATTGCCTGGTTAACCTGCTCGACACCCCGGGGCACGAAGACTTCTCGGAAGATACCTATCGTACCCTGACGGCGGTGGACCGCTGCCTGGTGGTTTTCGACCCCCCAAACG‑GGGTTggaacacttacccctaaa > 2:719952/1‑212 (MQ=255) aaccgtgaCGCTAAGTCGGACTGGATGGATATGGAAAAGCAGCGTGGGATCTCCATTACTACGTCTGTGATGCAGTTTCCGTATCACGATTGCCTGGTTAACCTGCTCGACACCCCGGGGCACGAAGACTTCTCGGAAGATACCTATCGTACCCTGACGGCGGTGGACTGCTGCCTGATGGTTATCGACGCCGCAAAAG‑GTGTTGAAGATCG‑TACCCGTAAGCTGATg < 1:550607/221‑1 (MQ=255) cACGCTAAGTCGGACTGGATGGAGATGGAAAAGCAGCGTGGGATCTCCATTACTACGTCTGTGATGCAGTTTCCGTATCACGATTGCCTGGTTAACCTGCTCGACACCCCGGGGCACGAAGCCTTCTCGGAAGATACCTATCGTACCCTGACGGCGGTGGACTGCTGCCTGATGGTTATCGCCGCGCCACAAG‑GAGTTTGAGCTCG‑TACCCGACACTTGATGGAGGtt > 1:735742/1‑228 (MQ=255) 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ccATTACTACGTCTGTGATGCAGTTTCCGTATCACGATTGCCTGGTTAACCTGCTCGACACCCCGGGGCACGAAGCCTTCTCGGCAGATACCTATCGTACCCTGACGGCGGCGGACTGCTGCCTGATGGTTATCGCAGCCGCCAAAG‑GGGGTGAAGCTCG‑TACCCGTAAGCTGATGGAAGTTACCCTGCTGCACGCCACGCCCGTCCTCACCCTTATGAAAAAAATTg > 2:728503/1‑228 (MQ=255) ctgtactgcGTCTGGGATGCCGTTTCCGTATCACGATTGCCTGGTTTACCTGCTCGACGCCCCGGGGCACGAAGTCTTCTCGGAAGATACCTATCGTACCCTGACGGCGGTGGACTGCGGCCTGATGGTTATCGACGCCGCAAAAG‑GTGTTGAAGATCG‑TACCCGTAAGCTGATGGAAGTTACCCGTCTGCGCGACACGCCGATCCTCACCTTTATGAACAAACTTg < 1:222458/224‑1 (MQ=255) cATTACTCCGTCTGGGATGCAGTTTCCGTATCACGATTGCCTGGTTAACCTGCTCGACACCCCGGGGCACGAAGACTTCTCGGAAGATACCTATCGTACCCTGACGGCGGTGGACTGCTGCCTGATGGTTATCGACGCCGCAAAAG‑GTGTTGAAGATCG‑TACCCGTAAGCTGATGGAAGTCACCCGTCTGCGCGACACGCCGATCCTCACCTTTATGAACAAACt < 1:299396/225‑1 (MQ=255) cttctcacctgtgtgAGGCAGTTTCCGTTACTCAATTGCCCGGTTAACCGGCTCGACACCCCGGGGCACGAAGACTTCTCGGAAGATACCTGTCGTACCCGGACGGCGGTGGACTGCTGCCTGATGGTTATCGACGCCGCAAAAG‑GTGTTGAAGATCG‑TACCCGTAAGCTGATGGAAGTTACCCGTCTGCGCGACACGCCGATCCTCACCTTTATGAACAAACTTGAc < 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1:618837/1‑222 (MQ=255) aCGGCGGTGGACTGCTGCCTGATGGTTATCGACGCCCCAAAAG‑GTGTTGAAGATCG‑TACCCGTAAGCTGATGGAAGTTACCCGTCTGCGCGACACGCCGATCCTCACCTTTATGAACGAACTTGACCGTGATATCCGCGACCCGCTGGAGCTGCTCGATGAAGTTGAGAACGGGCTGAAAAACGGCTGTGGACCGGTCCCCTGGCCGGTTGGCTCGGGCAACCTGGTTa > 2:172566/1‑229 (MQ=255) gcggTGGACTGCTGCCTGATGGTTATCGCCGCCGCACAAG‑GTGTTGAAGATCG‑TACCCGTAAGCTGATGGAAGTTACCCGTCTGCGCGACACGCCGATCCTCACCTTTATGAACAAACTTGACCGTGACATCCGCGACCCGATCGAGCTCCTCGATGAAGTTGAGAACCGGCGCAAAACCGGCTGTGCGCCGACCCCCCTGCCGATTGGCCGGGGCAACCTTTTTaaa > 2:273199/1‑228 (MQ=255) cgtctgcCTAATGGTTAGCGGCGCCGCAAAAG‑GGGTTGAAGATCC‑TCCCCGTAAGCTGATGGAAGTTACCCGGCTGCGCGACACGCCGATCCTCACCTTTATGAACAAACTTGACCGTGATATCCGCGACCCGATGGAGCTGCTCGATGAAGTTGAGAACGAGCTGAAAATCGGCTGTGCGCCGATCACCTGGCCGATTGGCTGCGGCAAGCTGTTTAAAGGCGTTTac < 1:37261/226‑1 (MQ=255) tgctgcCTGATGGTTATCGGCCCCGCAAAAG‑TTTTTGAACATCG‑TACCCTTAAGCTGATGGAAGTTCCCCGTCTGCGCGACCCGCCGATCCTCACCTTTATGAACAAACTTGACCGTGATATCCGCGACCCGATGGAGCTGCTCGATGAAGTTGAGAACGAGCTGAAAATCGGCTGTGCGCCGATCACCTGGCCGATTGGCTGCGGCAAGCTTTTTAAAGGCGTTTac < 1:342411/228‑1 (MQ=255) tGGTTTACGACGCCACAAAAG‑TGTTTGAACACGG‑GTCCCGTAAGCTGGTGGAAGTTCCCCGTCGGCGCGACACGCCGATCCTCACCTTTATGAACAAACTTGACCGTGATATCCGCGACCCGATGGAGCTGCTCGATGAAGTTGAGAACGAGCTGAAAATCGGCTGTGCGCCGATCACCTGGCCGATTGGCTGCGGCAAGCTGTTTAAAGGCGTTTACCACCTTtata < 2:391763/228‑1 (MQ=255) taacgccgccgcAAAAG‑GTGTTGAAGATCG‑TACCCGTAAGCTGATGGAAGTTACCCGTCTGCGCGACACGGCGATCCTCCCCTTTATGAACAAACTTGACCGTGATATCCGCGACCCGATGGAGCTGCTCGATGAAGTTGAGAACGAGCTGAAAATCGGCTGTGCGCCGATCACCTGGCCGATTGGCTGCGGCAAGCTGTTTAAAGGCGTTTACCACCTTTATAAAGa < 1:203084/222‑1 (MQ=255) tATCGACGCCGCAAAAG‑GTGTTGAAGATCG‑TACCCGTAAGCTGATGGAAGTTACCCGTCTGCGCGACACGCCGATCCTCACCTTTATGAACAAACTTGACCGTGATATCCGCGACCCGATGGAGCTGCTCGATGAAGTTGAGAACGAGCTGAAAATCGGCTGTGCGCCGATCACCTGGCCGATTGGCTGCGGCAAGCTGTTTAAAGCCGTTTACCACCTTTATAAAGAc > 1:455166/1‑229 (MQ=255) acgtcccAAAAG‑GTTTTGAAGCTCG‑TACCCGTAAGCGGATGGAAGTTACCCGTCTGCGCGACACGCCGATCCTCACCTTTATGAACAAACTTGACCGTGATATCCGCGACCCGATGGAGCTGCTCGATGAAGTTGAGAACGAGCTGAAAATCGGCTGTGCGCCGATCACCTGGCCGATTGGCTGCGGCAAGCTGTTTAAAGGCGTTTACCACCTTTATAAAGACGAAAc < 1:709122/223‑1 (MQ=255) gccgcAAAAG‑GGGTTGAAGTTCG‑TACCCGTAGGCTGATGGAAGTTCCCCGTCTGCGCGACACGCCGATCCTCACCTTTATGAACAAACTTGACCGTGATACCCGCGACCCGATGGAGCTGCTCGATGAAGTTGAGAACGAGCTGAAAATCGGCTGTGCGCCGATCACCTGGCCGATTGGCTGCGGCAAGCTGTTTAAAGGCGTTTACCACCTTTATAAAGACGAAACCt < 2:515499/229‑1 (MQ=255) gccgcAAAAG‑GGGTTGAAGATCG‑TACCCGTAAGCTGATGGAAGTTCCCCGTCTGCGCGACACGCCGATCCTCACCTTTATGAACAAACTTGACCGTGATATCCGCGACCCGATGGAGCTGCTCGATGAAGTTGAGAACGAGCTGAAAATCGGCTGTGCGCCGATCACCTGGCCGATTGGCTGCGGCAAGCTGTTTAAAGGCGTTTACCACCTTTATAAAGACGAAACCt < 1:719953/229‑1 (MQ=255) cccgcAAATG‑GTGTGGAAGCTCG‑TCCCCGTAATCTGATGGAAGTTACCCGTCTGCGCGACAGGCCGATCCTCCCCTTTATGAACAAACTTGACCGTTATAGCCGCGACCCGAGGGAGCTGCTCGATGAAGTTGAGAACGAGCTGAAACTCGGCTGTGCGCCGATCACCTGGCCGATTGGCTGCGGCAAGCTGTTTAAAGGCGTTTACCACCTTTATAAAGACGAAACCt < 2:72006/228‑1 (MQ=255) cgcAAAAG‑GTGTTGAAGATCG‑TACCCGTAAGCTGATGGAAGTTACCCGTCTGCGCGACACGCCGATCCTCACCTTTATGACAAAACTTGACCGTGATATCCGCGa > 2:76761/1‑105 (MQ=255) cgcAAAAG‑GTGTGGAAGATCG‑TACCCGTAAGCTGATGGAAGTTACCCGTCTGCGCGACACGCCGATCCTCACCTTTATGAACAAACTTGACCGTGATATCCGCGa < 1:76761/105‑1 (MQ=255) cccAAAAG‑GTGTTGAAGACCG‑TACCCGTAAGTTTAGGGAATTTCCCCGTCTGGGCGACACGCCGATCCTCACCTTTATGAACAAACTTGACCGTGATATCCGCGACCCGATGGAGCTGCTCGATGAAGTTGAGAACGAGCTGAAAATCGGCTGTGCGCCGATCACCTGGCCGATTGGCTGCGGCAAGCTGTTTAAAGGCGTTTACCACCTTTATAAAGACGAAACCTAt < 2:119019/227‑1 (MQ=255) | TAAAAGGCCGTGGTTCCAACCAGCACGCTAAGTCGGACTGGATGGAGATGGAAAAGCAGCGTGGGATCTCCATTACTACGTCTGTGATGCAGTTTCCGTATCACGATTGCCTGGTTAACCTGCTCGACACCCCGGGGCACGAAGACTTCTCGGAAGATACCTATCGTACCCTGACGGCGGTGGACTGCTGCCTGATGGTTATCGACGCCGCAAAAG‑GTGTTGAAGATCG‑TACCCGTAAGCTGATGGAAGTTACCCGTCTGCGCGACACGCCGATCCTCACCTTTATGAACAAACTTGACCGTGATATCCGCGACCCGATGGAGCTGCTCGATGAAGTTGAGAACGAGCTGAAAATCGGCTGTGCGCCGATCACCTGGCCGATTGGCTGCGGCAAGCTGTTTAAAGGCGTTTACCACCTTTATAAAGACGAAACCTAT > NC_000913/4609551‑4609987 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |