| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 602,200 | A→G | 17.4% | E81G (GAG→GGG) | pheP → | phenylalanine transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 602,200 | 0 | A | G | 17.4% | 150.1 / 6.3 | 77 | E81G (GAG→GGG) | pheP | phenylalanine transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (23/36); new base G (6/9); total (31/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AGATACTGCGTCGAATCAAGAGCCGACGCTTCATCGCGGATTACATAACCGTCATATTCAACTGATTGCGTTGGGTGGCGCAATTGGTACTGGTCTGTTTCTTGGCATTGGCCCGGCGATTCAGATGGCGGGTCCGGCTGTATTGCTGGGCTACGGCGTCGCCGGGATCATCGCTTTCCTGATTATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGT‑GGTTGAGGAGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACTTTGCCTATAAATACTGGGGACCGTTTGCGGGCTTCCTCTCTGGCTGGAACTACTGGGTAATGTTCGTGCTGGTGGGAATGGCA‑GAGCTGACCGCTGCGGGCATCTATATGCAGTACTGGTTCCCGGATGTTCCAACGTGGATTTGGGCTGCCGCCTTCTTTATTATCATCAACGCCGTTAACCTGGTGA > NC_000913/601985‑602415 | aGATACTGCGTCGAATCAAGAGCCGACGCTTCATCGCGGATTACATAACCGTCATATTCAACTGATTGCGTTGGGTGGCGCAATTGGTACTGGTCTGTTTCTTGGCATTGGCCCGGCGATTCAGATGGCGGGTCCGGCGGAATTGCGGGGTTACGGCGTCGCCGGGCTCCTCGCTTTCCTGCTTATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGT‑GGTTGGGGGGCCGGAATCCGGt > 2:568215/1‑229 (MQ=255) aCTGCGTCGAATCAAGAGCCGACGCTTCATCGCGGATTACATAACCGTCATATTCAACTGATTGCGTTGGGTGGCGCAATTGGTACTGGTCTGTTTCTTGGCATTGGCCCGGCGATTCAGATGGCGGGTCCGGCTGTATTGCTGGGCTACGGCGTCGCCGGGATCAGCGCTTTCCTGATTTTGCGCCAGCTTGGCGAAATGGG‑GGTTCAGGGGCCGGGGTCCGGTTCAt > 2:742598/1‑229 (MQ=255) cTGCGTCGAATCAAGAGCCGACGCTTCATCGCGGATTACATAACCGTCATATTCAACTGATTGCGTTGGGTGGCGCAATTGGTACTGGTCTGTTTCTTGGCCTTGGCCCGGCGATTCAGATGGCGGGTCCGGCTGTATTGCTGGGCTCCGCGGTCGCCGGGATCATCGCTTTCCTGATTTTGGGCCCGCTGGGGGAAATGGG‑GGTGGGGGGGCCGGTATCCGGTTCAt > 2:184687/1‑228 (MQ=255) tGCGTCGAATCAAGAGCCGACGCTTCATCGCGGATTACATAACCGTCATATTCAACTGATTGCGTTGGGTGGCGCAATTGGTACTGGTCTGTTTCTTGGCATTGGCCCGGCGATTCAGATGGCGGGTCCGGCTGTATTTCTGGGATACGGCGTCCCCGGGGTCATCGCCTTCCTGATTTTGCGCCAGCTTGGCGAAATGGG‑GGTTGAGGAGCCGGTGCCCGGGTCCttt > 2:521506/1‑229 (MQ=255) cggTCGAATCAAGGGCCGACGTTTCATCGCGGATTACATAACCGTCATTTTCAACTGATTGCGTTGGGTGGCGCAATTGGTACTGGTCTGTTTCTTGGCATTGGCCCGGCGATTCAGATGGCGGGTCCGGCTGTATTGCTGGGCTACGGCGTCGCCGGGATCATCGCTTTCCTGATTATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGT‑GGTTGAGGAGCCGGTATCCGGTTCATTTg < 2:211180/227‑1 (MQ=255) cGTCGAATCAAGAGCCGACGCTTCATCGCGGATTACATAACCGTCATATTCAACTGATTGCGTTGGGTGGCGCAATTGGTACTGGTCTGTTTCTTGGCATTGGCCCGGCGATTCAGATGGCGGGTCCGGCTGTTTTGCTGGGCTTCGGCGGCGCCGGGATCATCGCTTTCCTTATTATGCGCCAGCTTGGGGGACTGGG‑GGTGGTGGAGCCGGTGTCCCGTTCCTTTGc > 2:610858/1‑229 (MQ=255) cGTCGAATCAAGAGCCGACGCTTCATCGCGGATTACATAACCGTCATATTCAACTGATTGCGTTGGGTGGCGCAATTGGTACTGGTCTGTTTCTTGGCATTGGCCCGGCGATTCAGATGGCGGGTCCGGCTGTATTGCTGGGCTACGGCGTCGCCGGGGTCATCGCCTTCCTGATTATGCGCCCGCTTGGCGCATAGGG‑GGTTGAGGACCCGGTCTCCGGTTCAttt > 2:319664/1‑227 (MQ=255) cGTCGAATCAAGAGCCGACGCTTCATCGCGGATTACATAACCGTCATATTCAACTGATTGCGTTGGGTGGCGCAATTGGTACTGGTCTGTTTCTTGGCATTGGCCCGGCGATTCAGATGGCGGGTCCGGCTGGATTGCTGGGCTACGGCGTCGCCGGGATCCTCGCTTTCCTGCTTTTGGGCCAGCTTGGCGAAATGGT‑GGTTGAGGGGCCGGTATCCGGTCCAttt > 1:333742/1‑227 (MQ=255) aaTCAAGAGCCGACGCTTCATCGCGGATTACATAACCGTCATATTCAACTGATTGCGTTGGGTGGCGCAATTGGTACTGGTCTGTTTCTTGGCATTGGCCCGGCGATTCAGATGGCGGGTCCGGCTGTATTGCTGGGCTACGGCGTCGCCGGGATCATCGCTTTCCTGATTATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGG‑GGTTGAGGAGCCGGTATCCGGTTCCTTTGCCCCCt > 1:565980/1‑229 (MQ=255) 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> 1:678023/1‑229 (MQ=255) cTGATTGCGTTGGGCAGCGCAATTGGTACTGGTCTGTTTCTTGGCATTGGCCCGGCGATTCAGATGGCGGGTCCGGCTGTATTCCTGGGCTACGCCATCACCGGGATCATCGCTTTCCTGACTATGCGCCAGCTTGTCGACATGGG‑GGTTTCGGTGCGGGTCTCCGGTTAGTTTGCCCATTTTTCCTTTCAACTCTGCGGACCGTTTTCGGGCTTCctctctcggcgg > 2:103520/1‑222 (MQ=255) aTTGGGTGGGGTGGCGCAATTGGTTCTTGTTCTTTTCTTGGCATTGGCCCGGCGATTCAGATGGCGGGTCCGGCTGTATTGCTGGGCTACGGCGTCGCCGGGATCATCGCTTTCCTGATTATGCGCCATCTTGGCGAAATGGT‑GGTTGAGGAGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACTTTGCCTATAAATACTGGGGACCGTTTGCGGGCTTCCTCTCTGGCTGGAact < 1:231276/229‑1 (MQ=255) ttGCGTTGGGTGGCGCAATTGTTACTGGTCTGTTTCTTGGCATTGGCCCGGCGATTCAGATGGCGGGTCCGGCTGTAGTGCTGGGCTACGGCGTCGGCGGGATCACCGCTTTCCTGATTATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGT‑GGTTGAGGAGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACTTTGCCTATAAATACTGGTGACCGTTTGCGGGCTTCCTCTCTGGCTGGAacta < 1:739655/229‑1 (MQ=255) 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cTACGGCGTCGCCGGGATCATCGCTTTCCTGATTATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGT‑GGTTGAGGAGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACTTTGCCTATAAATACTGGGGACCGTTTGCGGGCTTCCTCTCTGGCTGGAACTACTGGGTAATGTTCGTGCTGGTGGTAATGGCA‑GAGCTGAACGCTGCGGGCGTCTATCTTCTGTACTGTTTCCCGGCTGTTCCAAc > 1:423587/1‑228 (MQ=255) tACGGCGTCGCCGGGATCATCGCTTTCCTGATTATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGT‑GGTTGAGGAGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACTTTGCCTATAAATACTGGGGACCGTTTGCGGGCTTCCTCTCTGGCTGGAACTACTGGGTAATGTTCGTGCTGGTGGGAATGGCA‑GAGCTGACCGCTGCGGGCATCTATATGCAGTACTGGTTCCCGGATGTTCCAACg < 1:47576/228‑1 (MQ=255) tCGCCGGGATCATCGCTTTCCTGATTATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGT‑GGTTGAGGAGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACTTTGCCTATAAATACTGGGGACCGTTGGCGGGCTTCCTCTCTGGCTGGAACTACTGGGTAATGTTCGTGCTGGTGGGAATGGCA‑GAGCTGACCGCTGC‑GGCACCTATATGCAGTATTGGTTCCCGGATGTTCCAACGAGGATTAgg > 1:529310/1‑229 (MQ=255) ccgggtttcttgCTTTCCTGTTTATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGT‑GGTTGAGGGGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACTTTGCCTATAAATACTGGGGACCGTTTGCGGGCTTCCTCTCTGGCTGGAACTACTGGGTAATGTTCGTGCTGGTGGGAATGGCA‑GAGCTGACCGCTGCGGGCATCTATATGCAGTACTGGTTCCCGGATGTTCCAACGTGGATTTggg < 2:21316/217‑1 (MQ=255) gggATCCTCGCTTTCCTGATTTAGCGCCAGCTTGGCGAAATGGT‑GGTTGAGGAGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACTTTGCCTATAAATACTGGGGACCGTTTGCGGGCTTCCTCTCTGGCTGGAACTACTGGGTAATGTTCGTGCTGGTGGGAATGGCA‑GAGCTGACCGCTGCGGGCATCTATATGCAGTACTGGTTCCCGGATGTTCCAACGTGGATTTGGGCTg < 1:448596/229‑1 (MQ=255) gggATCATCGCTTTCCGTATTATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGT‑GGTTGAGGTGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACTTTGCCTATAAATACTGGGGACCGTTTGCGGGCTTCCTCTCTGGCTGGAACTACTGGGTAATGTTCGTGCTGGTGGGAATGGCA‑GAGCTGACCGCTGCGGGCATCTATATGCAGTACTGGTTCCCGGATGTTCCAACGTGGATTTGGGCTg < 1:660334/229‑1 (MQ=255) catcGCTTTCCTGATTATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGT‑GGTTGAGGAGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACTTTGCCTATAAATACTGGGGACCGTTTGCGGGCTTCCTCTCTGGCTGGAACTACTGGGTAATGTTCGTGCTGGTGGGAATGGCA‑GAGCTGACCGCTGCGGGCATCTATATGCAGTACTGGTTCCCGGATGTTCCAACGTGGATTTGGGCTgccgc < 1:134152/228‑1 (MQ=255) cagtgCTTTCCTGATTATGGGCCAGGTTGGCGAAATGGT‑GGTTGAGGGGCCGGTACCCGGTTCATTGGCCAACTTTGCCTATAAATACTGGGGACCGTTGGCGGGCTTCCTCTCTGGCTGGAACTACTGGGTAATGTTCGTGCTGGTGGGAATGGCA‑GAGCTGACCGCTGCGGGCATCTATATGCAGTACTGGTTCCCGGATGTTCCAACGTGGATTTGGGCTgccgc < 1:356875/224‑1 (MQ=255) tctcgttttgtcgctcgCTGGGCG‑AATGGTGGGTTGGGGGCCCGGTATCTGGTTCCTTGCCCCTATTTGCCTATAACTACTGGGGAGCTTTTTCGGTCTTGCTCTCGGGCTGGATCTGTGGGGGAATGTTCGTGCTGGGGGGAATGGCA‑GAGCTGACAGCTGGCGGCAGCTATATGCAGTACTGGTTCCCGGATGTTCCAACGTTGATTTGGGCTGCCGGCTTCTtta < 2:179489/212‑1 (MQ=255) ccTGTTTTTGCCCCAGTTTGGCGAAATGTT‑GTTTGGGGGGCCGTTTTCCGGTTCATTTGCCCACTTTGCCTTTAAATACTGGGGACCGTTTGCGGGTTTCCTCTCTGGCTGGAACTACTGGGTAATGTTCGTGCTGGTGGGAATGGCA‑GAGCTGACCGCTGCGGGCATCTATATGCAGTACTGGTTCCCGGATGTTCCAACGTGGATTTGGGCTGCCGCCTTCTttatt < 2:341529/229‑1 (MQ=255) aTGCGCCAGCTTGGCGAAATGGT‑GGTTGAGGAGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACTTTGCCTATAAATACTGGGGACCGTTTGCGGGCTTCCTCTCTGGCTGGAACTACTGGGTAATGTTCGTGCTGGTGGGAATGGCA‑GAGCTGACCGCTGCGGGCATCTATATGCAGTACTGGTTCCCGGATGTTCCAACGGGGATTTGGGCTGCCCCCTTCTTTTTTatcatc > 2:594238/1‑228 (MQ=255) tGGCGAAATGGT‑GGTTGAGGAGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACTTTGCCTATAAATACTGGGGACCGTTTGCGGGCTTCCTCTCTGGCTGGAACTACTGGGTAATGTTCGTGCTGGTGGGAATGGCA‑GAGCTGACCGCTGCGGGCATCTATATGCAGTACTGGTTCCCGGATGTTCCAACGTGGATTTGGGCTGCCGCCTTCTTTATTATCATCAACGCCGTTAAc > 1:376549/1‑229 (MQ=255) cGAAATGGT‑GGTTGAGGAGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACTTTGCCTATAAATACTGGGGACCGTTTGCGGGCTTCCTCTCTGGCTGGAACTACTGGGTAATGTTCGTGCTGGTGGGAATGGCA‑GAGCTGACCGCTGCGGGCATCTATATGCAGTACTGGTTCCCGGATGTTCCAACGTGGATTTGGGCTGCCGCCTTCTTTATTATCATCAACGCCGTTAACCTg < 1:594239/229‑1 (MQ=255) ggt‑ggtTGAGGGGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACTTTGCCTATAAATACTGGGGACCGTTTGCGGGCTTCCTCTCTGGCTGGAACTACTGGGTAATGTTCGTGCTGGTGGGAATGGCA‑GAGCTGACCGCTGCGGGCATCTATATGCAGTACTGGTTCCCGGATGTTCCAACGTGGATTTGGGCTGCCGCCTTCTTTATTATCATCAACGCCGTTAACCTGGTGa < 1:484664/227‑1 (MQ=255) | AGATACTGCGTCGAATCAAGAGCCGACGCTTCATCGCGGATTACATAACCGTCATATTCAACTGATTGCGTTGGGTGGCGCAATTGGTACTGGTCTGTTTCTTGGCATTGGCCCGGCGATTCAGATGGCGGGTCCGGCTGTATTGCTGGGCTACGGCGTCGCCGGGATCATCGCTTTCCTGATTATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGT‑GGTTGAGGAGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACTTTGCCTATAAATACTGGGGACCGTTTGCGGGCTTCCTCTCTGGCTGGAACTACTGGGTAATGTTCGTGCTGGTGGGAATGGCA‑GAGCTGACCGCTGCGGGCATCTATATGCAGTACTGGTTCCCGGATGTTCCAACGTGGATTTGGGCTGCCGCCTTCTTTATTATCATCAACGCCGTTAACCTGGTGA > NC_000913/601985‑602415 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |