| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2290110 | NA (NA) | 52 (0.550) | 40/508 | NT | 62.0% | intergenic (‑31/+2) | insH1/yejO | IS5 transposase and trans‑activator/pseudogene, autotransporter outer membrane homology,putative transport, Not classified, putative ATP‑binding component of a transport system |
| ? | NC_000913 | = 3526451 | 32 (0.340) | intergenic (‑304/‑16) | nudE/yrfF | adenosine nucleotide hydrolase, Ap3A/Ap2A/ADP‑ribose/NADH hydrolase/putative RcsCDB‑response attenuator, inner membrane protein | |||||
CGCTCAGGTTGTACCAATGCTGCATGCAGTGAATGCGTAGCATGGTTTCCAGCGGATAAGGTCGCCGGCCATTACCAGCCTTGGGGTAAAACGGCTCGATGACTTCCACCATGTTTTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATG‑ATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCATAACGCTGTAGCCACCAGA‑ACAGATATTGCGGAACGACAAAGAGAAACAGAACCAGATTGATGCATTGAGCTTTCATCCTATGAAATTAATTGCTGTTAAAAGCATTGGGTACAGAAAATACCCATAGCTCCATACCCGGAGTCAGTTTTTAAAAACTGTTTAAAGAAATGCACAAGTATTGTGATTGATTTTTTAGTTGTTTTTCTTGATGAGAAGCTGATGCAAAATTCCGTCTTTATAATGAAAATGATGCCAAAGCGAACGACAAGGTTGTAGTTTTCACT > NC_000913/2289824‑2290397 | cGCTCAGGTTGTACCAATGCTGCATGCAGTGAATGCGTAGCATGGTTTCCAGCGGATAAGGTCGCCGGCCATTACCAGCCTTGGGGTAAAACGGCTCGATGACTTCCACCATGTTTTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATG‑ATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCa < 1:599121/289‑1 (MQ=11) tacgtgacagccAATGCTGCATGCAGTGAATGCGTAGCATGGTTTCCAGCGGATAAGGTCGCCGGCCATTACCAGCCTTGGGGTAAAACGGCTCGATGACTTCCACCATGTTTTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGTGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGTTCCAGATGACAAACATG‑ATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCATaa < 2:292556/279‑1 (MQ=9) gtaagaaTGCTGCGAGCGGTGAAGGCGTAGCAAGGTTTCCAGCGGATAAGGTCGCCGGCCATTACCAGCCTTGGGGTAAGACGGCTCGATGACTTCCACCATGTTTTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATG‑ATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCATAACGCTGTa < 1:2304/284‑1 (MQ=255) cAATGCTGCATGCAGTGAAAGCGTGGCATGGTTTCCAACGGATAAGGTCGCCGGCAATTACCAGCCTTGGGGTACAACGGCTCGATGACTTCCACATTGTTTTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGTGACAAGGAAATGTCTTTACTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACAGG‑ATCTCATATCGGGGACTTGTTCGCACCTTCCATAACGCTATAGcca < 1:348912/289‑1 (MQ=11) aaggctgcATGCAGTGAAAGCGTATAAGTGGTTCCCCCGGAGACGGTCGCCTGCCATTACCAGCCTTGGGGTAAAACGGCTCGGTGACCTCCACCATGTTTTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTGACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATG‑ATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCATAACGCTGTAGccac < 1:65021/286‑1 (MQ=11) aTGCTGCATGCAGTGAATGCGTAGCATGGTTTCCAGCGGATAAGGTCGCCGGCCATTACCAGCCTTGGGGTAAAACGGCTCGATGACTTCCACCATGTTTTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATG‑ATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCATAACGCTGTAGccacc < 2:645892/289‑1 (MQ=35) tgctgcATGCAGTGAATGCGTAGCATGGTTTCCAGCGGATAAGGTCGCCGGCCATTACCAGCCTTGGGGTAAAACGGCTCGATGACTTCCACCATGTTTTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATG‑ATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCATAACGCTGTAGccacca > 1:449990/1‑289 (MQ=37) tgctgcATGCAGTGAATGCGTAGCATGGTTTCCAGCGGATAAGGTCGCCGGCCATTACCAGCCTTGGGGTAAAACGGCTCGATGACTTCCACCATGTTTTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATG‑ATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCATAACGCTGTAGccacaa > 2:654323/1‑287 (MQ=25) atgcaGTGAATGCGTAGCATGGTTTCCAGCGGATAAGGTCGCCGGCCATTACCAGCCTTGGGGTAAAACGGCTCGATGACTTCCACCATGTTTTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATG‑ATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCATAACGCTGTAGCCACCAGC‑Accg > 2:472364/1‑287 (MQ=37) tgcaGTGAATGCGTAGCATGGTTTCCAGCGGATAAGGTCGCCGGCCATTACCAGCCTTGGGGTAAAACGGCTCGATTATTTCCACCAGGTTTTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACACGAAAATCTCTTTTCGGGGCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCATATTCTATGGATCCATCATACAAACATT‑ATCTCATATCATGGACTTGTTCGCACCTTCCATACCGCTGTAGccattgaatctta > 1:292556/1‑279 (MQ=11) 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aaTGCGTAGCATGGTTTCCAGCGGATAAGGTCGCCGGCCATTACCAGCCTTGGGGTAAAACGGCTCGATGACTTCCACCATGTTTTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATG‑ATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCATAACGCTGTa < 1:133453/268‑1 (MQ=33) aaTGCGTAGCATGGTTTCCAGCGGATAAGGTCGCCGGCCATTACCAGCCTTGGGGTAAAACGGCTCGATGACTTCCACCATGTTTTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATG‑ATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCATAACGCTGTa > 2:133453/1‑268 (MQ=33) aaTGCGTAGCATGGTTTCCAGCGGATAAGGTCGCCGGCCATTACCAGCCTTGGGGTAAAACGGCTCGATGACTTCCACCATGTTTTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATG‑ATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCATAACGCTGTAGCCACCAGA‑ACAGATATTGCg > 2:733068/1‑289 (MQ=255) tAGCATGGTTTCCAGCGGATAAGGTCGCCGGCCATTACCAGCCTTGGGGTAAAACGGCTCGATGACTTCCACCATGTTTTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGCCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATG‑ATCTAATATCAGGGACTTGTTCGCACCGTCCATAACGCTGTGGCCACAAGA‑ACAGATATTGCGGAACg > 1:23273/1‑288 (MQ=255) tGGTTTCCAGCGGATAAGGTCGCCGGCCATTACCAGCCTTGGGGTAAAACGGCTCGATGACTTCCACCATGTTTTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATG‑ATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCATAACGCTGTAGCCACCAGA‑ACAGATATTGCGGAACGACAAag < 1:216372/289‑1 (MQ=255) tCCAGCGGATAAGGTCGCCGGCCATTACCAGCCTTGGGGTAAAACGGCTCGATGACTTCCACCATGTTTTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATG‑ATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCATAACGCTGTAGCCACCAGA‑ACAGATATTGCGGAACGACAAAGAGaaa > 1:730802/1‑289 (MQ=255) ggATAAGGTCGCCGGCCATTACCAGCCTTGGGGTAAAACGGCTCGATGACTTCCACCATGTTTTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATG‑ATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCATAACGCTGTAGCCACCAGA‑ACAGATATTGCGGAACGACAAAGAGAAACAGAAc < 1:526593/289‑1 (MQ=255) aTAAGGTCGCCGGCCATTACCAGCCTTGGGGTAAAACGGCTCGATGACTTCCACCATGTTTTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATG‑ATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCATAACGCTGTAGccac > 2:511785/1‑249 (MQ=37) aTAAGGTCGCCGGCCATTACCAGCCTTGGGGTAAAACGGCTCGATGACTTCCACCATGTTTTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATG‑ATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCATAACGCTGTAGccac < 1:511785/249‑1 (MQ=37) aTAAGGTCGCCGGCCATTACCAGCCTTGGGGTAAAACGGCTCGATGACTTCCACCATGTTTTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATG‑ATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCATAACGCTGTAGCCACCAGA‑ACAGATATTGCGGAACGACAAAGAGAAACAGAACCa > 2:519048/1‑289 (MQ=255) aTAAGGCCCCCGGCCATTACCAGCCGTGGGTTAATACGGCTCGATGACTTCCACCATGTTTTGCCATGCCAGAATCTGCTCCACGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCTGGTCTGAAGGCGCTTACTGCTAAATTTACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGATGACTGATTAACCTGGTTCTATGGCACCAG‑TGCAAGACATGCATCTCATGTCAGGGATCTGTTCGAAACTTCATTACCGCGTTAG‑CACCAAAGAAAGATATTGCGGAACGACAAaggaacatagaacaa > 1:483714/1‑276 (MQ=2) tAAGGTCGCCGGCCATTACCAGCCTTGGGGTAAAACGGCTCGATGACTTCCACCATGTTTTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATG‑ATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCATAACGCTGTAGCCACCAGA‑ACAGATATTGCGGAACGACAAAGAGAAACAGAACCa < 2:95636/288‑1 (MQ=255) tCGCCGGCCATTACCAGCCTTGGGGTAAAACGGCTCGATGACTTCCACCATGTTTTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCTTGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATG‑ATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCATAACGCTGTAGCCACCAGA‑ACAGATATTGCGGAACGACAAAGAGAAACAGAACCAGATTg < 2:3011/288‑1 (MQ=255) ccGGCCATTACCAGCCTTGGGGTAAAACGGCTCGATGACTTCCACCATGTTTTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATG‑ATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCATAACGCTGTAGCCACCAGA‑ACAGATATTGCGGAACGACAAAGAGAAACAGAACCAGATTGATGc > 2:898875/1‑289 (MQ=255) cATGACCAGCCTTGGGGTAAACCGGCTCGATGAATTCCACCATGTTTTGCCAGGGCAGAAGCTGCTCCATGCGGGACACGAAACTCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAAATCACTGTCGGCGAAACTAAGTTGATGACTCTGGATGAGCCCAGTGCTATGGCTCCAGATGACAAACATG‑ATCTCATATCAGGGACTTGTTCGGACCTTCCATAACGCTGTAGCCACCAGA‑ACAGATATTGCGGAACGTCACAGGGAAACAGAACCAGATTGATGCATTg < 1:826274/288‑1 (MQ=17) aCCAGCCTTGGGGTAAAACGGCTCGATGACTTCCACCATGTTTTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGCCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATG‑ATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCATAACGCTGTAGCCACCAGA‑ACAGATATTGCGGAACGACAAAGAGAAACAGAACCAGATTGATGCATTGAGCtt < 2:23273/289‑1 (MQ=255) gCCTTGGGGTAAAACGGCTCGATGACTTCCACCATGTTTTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATG‑ATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCATAACGCTGTAGCCACCAGA‑ACAGATATTGCGGAACGACAAAGAGAAACAGAACCAGATTGATGCATTGAGCTTTCa > 2:242166/1‑288 (MQ=255) ccTTGGGGTAAAACGGCTCGATGACTTCCACCATGTTTTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATG‑ATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCATAACGCTGTAGCCACCAGA‑ACAGATATTGCGGAACGACAAAGAGAAACAGAACCAGATTGATGCATTGAGCTTTCAt > 2:331001/1‑288 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |