New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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? | NC_000913 | 3947811 = | 157 (1.660) | coding (156/840 nt) | hdfR | flhDC operon transcriptional repressor | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 166 total aligned reads displayed.
ATAAGAAGATCAAGCTGGCGTTCATGCAGCTGTTTTACCAGAGACTGCCGTTGGGCAATTCGCGCTTCGAACTGTAAGCCTGTATGGGCATCCTGATTTTGATACAAGCGTCCCAGCCACTGATTAAGCATACATTCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCT‑‑‑GTGGCGGGTGAAAAGGTTCACAC‑CCAGTTGATTTTCCAGTTGTCTGATTCGAAAGCTCACTGCTGACTGGGTCAGATAGAGCGATTCAGCCGCTCG‑ACCAAAGTGACGCGTTCGGCTAACTTCCAGGAAAGTTTTTAACAATTCCGTATCCACAGTGCTCTCCGCAAAATTATTTGTCGTTATGATTTAAATGTTTTGTTTTACACTCTGTCAAGCGTAACTAATACTCCGCGCCATAACTAGCTCGGTCAAAGAATTAGGAGCGTGCAGGATGGCGGAAAGCTTT > NC_000913/3947530‑3948099 | ataaGAAGATCAAGCTGGCGTTCATGCAGCTGTTTTACCAGAGACTGCCGTTGGGCAATTCGCGCTTCGAACTGTAAGCCTGTATGGGCATCCTGATTTTGATACAAGCGTCCCAGCCACTGATTAAGCATACATTCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCT‑‑‑GTGGc < 1:72361/289‑1 (MQ=255) aagaaaAGCAAGCTGGCGTTCATGCAGCGGTTTTACCAGAGACTGCCGTTGGGCAATTCGCGCTTCGAACTTTAAGCCTGTATGGGCATCCTGATTTTGATACAAGCGTCCCAGCCACTGATTAAGCATACATTCTCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCT‑‑‑GTGGCgg < 1:637748/289‑1 (MQ=255) gaTCAAGCTGGCGTTCATGCAGCTGTTTTACCAGAGACTGCCGTTGGGCAATTCGCGCTTCGAACTGTAAGCCTGTATGGGCATCCTGATTTTGATACAAGCGTCCCAGCCACTGATTAAGCATACATTCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTTCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCT‑‑‑GTGGCGGGGGaa > 1:836482/1‑289 (MQ=255) gaTCAAGCTGGCGTTCATGCAGCTGTTTTACCAGAGACTGCCGTTGGGCAATTCGCGCTTCGAACTGTAAGCCTGTATGGGCATCCTGATTTTGATACAAGCGTCCCAGCCACTGATTAAGCATACATTCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGACAGGTGCTCATGCGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCGCCGGCAGCGGTTAAACGGCTATTGTTTCT‑‑‑GGGGCGGGTGaa > 2:892548/1‑289 (MQ=255) aTCAAGCTGGCGTTCATGCAGCTGTTTTACCAGAGACTGCCGTTGGGCAATTCGCGCTTCGAACTGTAAGCCTGTATGGGCATCCTGATTTTGATACAAGCGTCCCAGCCACTGCTTAAGCATACATTCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATCAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCT‑‑‑GTGGCGGGTGaaa > 2:523197/1‑289 (MQ=255) aTCAAGCTGGCGTTCATGCAGCTGTTTTACCAGAGACTGCCGTTGGGCAATTCGCGCTTCGAACTGTAAGCCTGTATGGGCATCCTGATTTTGATACAAGCGTCCCAGCCACTGATTAAGCATACATTCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCT‑‑‑GTGGCGGGTGaaa > 2:726250/1‑289 (MQ=255) gCTGTTTTACCAGAGACTGCCGTTGGGCAATTCGCGCTTCGAACTGTAAGCCTGTATGGGCATCCTGATTTTGATACAAGCGTCCCAGCCACTGATTAAGCATACATTCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCT‑‑‑GTGGCGGGTGAAAAGGTTCACAC‑CCAGTTGAtt > 1:164691/1‑289 (MQ=255) 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ATAAGAAGATCAAGCTGGCGTTCATGCAGCTGTTTTACCAGAGACTGCCGTTGGGCAATTCGCGCTTCGAACTGTAAGCCTGTATGGGCATCCTGATTTTGATACAAGCGTCCCAGCCACTGATTAAGCATACATTCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCT‑‑‑GTGGCGGGTGAAAAGGTTCACAC‑CCAGTTGATTTTCCAGTTGTCTGATTCGAAAGCTCACTGCTGACTGGGTCAGATAGAGCGATTCAGCCGCTCG‑ACCAAAGTGACGCGTTCGGCTAACTTCCAGGAAAGTTTTTAACAATTCCGTATCCACAGTGCTCTCCGCAAAATTATTTGTCGTTATGATTTAAATGTTTTGTTTTACACTCTGTCAAGCGTAACTAATACTCCGCGCCATAACTAGCTCGGTCAAAGAATTAGGAGCGTGCAGGATGGCGGAAAGCTTT > NC_000913/3947530‑3948099 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |