| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 708,336 | G→A | 3.5% | M1M (ATG→ATA) † | chiP → | chitoporin, uptake of chitosugars |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 708,336 | 0 | G | A | 3.5% | 376.6 / 2.5 | 115 | M1M (ATG→ATA) † | chiP | chitoporin, uptake of chitosugars |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (67/44); new base A (2/2); total (69/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.18e-01 | |||||||||||
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
AATTAAATAAAATGTAACCGCTTTCATCTTGCTGGAATTTCACGCTTTTATTCTTCTGCAAGCCTTTCAACCGCAAACTTAAGCCTTGTAACAAAAATCATCAAAATATGTGCGGTTGCTCATGTTCTTACATTCTGGTTACAGAAAGAGATTGATAATTCGCGTCGCGAAAAATAGTCTGTTCCTGTAGTCAGCGAGACTTTTCTCAACGCTACTTTTTTAATTTTTATTTTTTCGCTGTTCACCTTTGGTGCAGCAATTTATACGTCAAAGAGGATTAACCCATGCGTACGTTTAGTGGCAAACGTAGTACGCTGGCGCTGGCTATCGCCGGTGTTACAGCAATGTCGGGCTTTATGGCAATGCCGGAGGCTCGCGCCGAAGGATTCATCGACGATTCAACCTTAACCGGCGGTATCTATTACTGGCAGCGTGAACGCGACCGTAAAGATGTTACCGACGGCGACAAATACAAAACCAACCTTTCTCACTCCACCTGGAATGCCAACCTCGATTTTCAGTCCGGTTATGCTGCTGATATGTTCGGCCTTGATATTGCTGCGTTTACGGCGAT > NC_000913/708050‑708623 | aaTTAAATAAAATGTAACCGCTTTCATCTTGCTGGAATTTCACGCTTTTATTCTTCTGCAAGCCTTTCAACCGCAAACTTAAGCCTTGTAACAAAAATCATCAAAATATGTGCGGTTGCTCATGTTCTTACATTCTGGTTACAGAAAGAGATTGATAATTCGCGTCGCGAAAAATAGTCTGTTCCTGTAGTCAGCGAGACTTTTCTCAACGCTACTTTTTTAATTTTTATTTTTTCGCTGTTCACCTTTGGTGCAGCAATTTATACGTCAAAGAGGATTAACCCATGCg > 2:1107950/1‑289 (MQ=255)aaTTAAATAAAATGTAACCGCTTTCATCTTGCTGGAATTTCACGCTTTTATTCTTCTGCAAGCCTTTCAACCGCAAACTTAAGCCTTGTAACAAAAATCATCAAAATATGTGCGGTTGCTCATGTTCTTACATTCTGGTTACAGAAAGAGATTGATAATTCGCGTCGCGAAAAATAGTCTGTTCCTGTAGTCAGCGAGACTTTTCTCAACGCTACTTTTTTAATTTTTATTTTTTCGCTGTTCACCTTTGGTGCAGCAATTTATACGTCAAAGAGGATTAACCCATGCg > 1:310546/1‑289 (MQ=255) aataaaATGTAACCGCTTTCATCTTGCTGGAATTTCACGCTTTTATTCTTCTGCAAGCCTTTCAACCGCAAACTTAAGCCTTGTAACAAAAATCATCAAAATATGTGCGGTTGCTCATGTTCTTACATTCTGGTTACAGAAAGAGATTGATAATTCGCGTCGCGAAAAATAGTCTGTTCCTGTAGTCAGCGAGACTTTTCTCAACGCTACTTTTTTAATTTTTATTTTTTCGCTGTTCACCTTTGGTGCAGCAATTTATACGTCAAAGAGGATTAACCCATGCGTACGt > 1:710070/1‑289 (MQ=255) taaaATGTAACCGCTTTCATCTTGCTGGAATTTCACGCTTTTATTCTTCTGCAAGCCTTTCAACCGCAAACTTAAGCCTTGTAACAAAAATCATCAAAATATGTGCGGTTGCTCATGTTCTTACATTCTGGTTACAGAAAGAGATTGATAATTCGCGTCGCGAAAAATAGTCTGTTCCTGTAGTCAGCGAGACTTTTCTCAACGCTACTTTTTTAATTTTTATTTTTTCGCTGTTCACCTTTGGTGCAGCAATTTATACGTCAAAGAGGATTAACCCATGCGTACGttt > 1:1452695/1‑289 (MQ=255) 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AATTAAATAAAATGTAACCGCTTTCATCTTGCTGGAATTTCACGCTTTTATTCTTCTGCAAGCCTTTCAACCGCAAACTTAAGCCTTGTAACAAAAATCATCAAAATATGTGCGGTTGCTCATGTTCTTACATTCTGGTTACAGAAAGAGATTGATAATTCGCGTCGCGAAAAATAGTCTGTTCCTGTAGTCAGCGAGACTTTTCTCAACGCTACTTTTTTAATTTTTATTTTTTCGCTGTTCACCTTTGGTGCAGCAATTTATACGTCAAAGAGGATTAACCCATGCGTACGTTTAGTGGCAAACGTAGTACGCTGGCGCTGGCTATCGCCGGTGTTACAGCAATGTCGGGCTTTATGGCAATGCCGGAGGCTCGCGCCGAAGGATTCATCGACGATTCAACCTTAACCGGCGGTATCTATTACTGGCAGCGTGAACGCGACCGTAAAGATGTTACCGACGGCGACAAATACAAAACCAACCTTTCTCACTCCACCTGGAATGCCAACCTCGATTTTCAGTCCGGTTATGCTGCTGATATGTTCGGCCTTGATATTGCTGCGTTTACGGCGAT > NC_000913/708050‑708623 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |