| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | NC_000913 | 1643615 = | 185 (1.130) | 3 (0.020) | 3/482 | NT | 1.7% | coding (690/1050 nt) | ydfU | Qin prophage, uncharacterized protein |
| ? | NC_000913 | 1643805 = | 173 (1.100) | coding (500/1050 nt) | ydfU | Qin prophage, uncharacterized protein | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 197 total aligned reads displayed.
TCAAATGCCACTGTATCCGTATGCAGCTCGTTGTGATGCTTTCTGCACAAAGGCAACACAAAGAGATCATGTGCTTTTGTTCCCATTCCGCCCTGCCCGTGACCAATCAGATGATGCGGATCGTCGGCTGGCATACCGCAGCAAGCACACGGCTGTGTCTTAACCCAACGTGTGTATTTCTCCTTAACCCAGCGGCGACGTTTAGGCAGCTTCATGAAAGATTCCGGAGACTCTGGATCAACGGTGATGCTTACCACCGTCTTTTCCTGTGGTGATTTTTGTTGCTGGTGGG‑CGTAAGGCAACGGTGCAAGATTTTTTGTGCGTTGTTTCAATATGCTGGTGGCGGTCAGCTCTCCCGGTACGATGTCGCTTTCGCGGTACACCGAGCAGATTTTTTCCGCTGGTAATCCCAGCGAACGACGCGATACAGCCTCAGGTAGTGCATCCACCACCTGATTGCAGACCGCCCACCAGGATAATTCAGCCAAAGATAATTCCCGCTCCTGCGTACCGCTTATTGCGTGACGGATGACGTCAATCACCCATGCTGTCAGATTTTGTTG > NC_000913/1643331‑1643893 | tCAAATGCCACTGTATCCGTATGCAGCTCGTTGTGATGCTTTCTGCACAAAGGCAACACAAAGAGATCATGTGCTTTTGTTCCCATTCCGCCCTGCCCGTGACCAATCAGATGATGCGGATCGTCGGCTGGCATACCGCAGCAAGCACACGGCTGTGTCTTAACCCAACGTGTGTATTTCTCCTTAACCCAGCGGCAACGTTTAGGCAGCTTCATGAAAGATTCCGGAGACTCTGGATCAACGGTGATGCTTACCACCGTCTTTTCCTGTGGTGATTTTTGTTGCtggt < 2:231972/289‑1 (MQ=255) gtgctgctggcggcgttggcgcagtgtccgactggctattacgtcatgttacatcctgccagtggcctaatggcgattaccatcacactgaaacagtcattcaccgttatggtaccggcgcaatggtgttgtgctggcactgcgacaaccaactgcgtgaccagacatcggaatcactggagctgcttgctcaacaaaatctgacagcatgggtgattgacgtcatccgtcacgcaataagcggtacgcaggagcgggaattatctttggctgaattatcCTGGTGGG‑c > 2:1060093‑M1/281‑289 (MQ=255) tATCCGTATGCAGCTCGTTGTGATTCTTTCTGCACAAAGGCAACACAAAGAGATCATGTGCTTTTGTTCCCATTCCGCCCTGCCCGTGACCAATCAGATGATGCGGATCGTCGGCTGGCATACCGCAGCAAGCACACGGCTGTGTCTTAACCCAACGTGTGTATTTCTCCTTAACCCAGCGGCGACGTTTAGGCAGCTTCATGAAAGATTCCGGAGACTCTGGATCAACGGTGATGCTTACCACCGTCTTTTCCTGTGGTGATTTTTGTTGCTGGTGGG‑CGTAAGGCaa < 2:988796/289‑1 (MQ=255) tATCCGTATGCAGCTCGTTGTGATGCTTTCTGCACAAAGGCAACACAAAGAGATCATGTGCTTTTGTTCCCATTCCGCCCTGCCCGTGACCAATCAGATGATGCGGATCGTCGGCTGGCATACCGCAGCAAGCACACGGCTGTGTCTTAACCCAACGTGTGTATTTCTCCTTAACCCAGCGGCGACGTTTAGGCAGCTTCATGAAAGATTCCGGAGACTCTGGATCAACGGTGATGCTTACCACCGTCTTTTCCTGTGGTGATTTTTGTTGCTGGTGGG‑CGTAAGGCaa < 1:1160873/289‑1 (MQ=255) gTATGCAGCTCGTTGTGATGCTTTCTGCACAAAGGCAACACCAAGAGATCATGTGCTTTTGTTCCCATTCCGCCCTGCCCGTATCCAATCACATGATGCGGACCGTCGGCTGGCATACCGCGGCAAGCACACGGCTGTGTCTTACCCCAACGTGTGTATTTCTCCTTAACCCAGCGGCGACGTGTAGGCAGCTTCATGAACGATTCCTGGTACTCGCGATCAACGGTCATGTTTACCACCGTCTTTTCCTCTGGTGATTGTTGTTGC‑GGTGGGCCGTAAggtaccgtgt > 1:240479/1‑281 (MQ=255) aTGCAGCTCGTTGTGATGCTTTCTGCACAAAGGCAACACAAAGAGATCATGTGCTTTTGTTCCCATTCCGCCCTGCCCGTGACCAATCAGATGATGCGGATCGTCGGCTGGCATACCGCAGCAAGCACACGGCTGTGTCTTAACCCAACGTGTGTATTTCTCCTTAACCCAGCGGCGACGTTTAGGCAGCTTCATGAAAGATTCCGGAGACTCTGGATCAACGGTGATGCTTACCACCGTCTTTTCCTGTGGTGATTTTTGTTGCTGGTGGG‑CGTAAGGCAACGGTGc < 2:378421/288‑1 (MQ=255) tGCAGCTCGTTGTGATGCTTTCTGCACAAAGGCAACACAAAGAGATCATGTGCTTTTGTTCCCATTCCGCCCTGCCCGTGACCAATCAGATGATGCGGATCGTCGGCTGGCATACCGCAGCAAGCACACGGCTGTGTCTTAACCCAACGTGTGTATTTCTCCTTAACCCAGCGGCGACGTTTAGGCAGCTTCATGAAAGATTCCGGAGACTCTGGATCAACGGTGATGCTTACCACCGTCTTTTCCTGTGGTGATTTTTGTTGCTGGTGGG‑CGTAAGGCAACGGTGCaa > 1:364112/1‑289 (MQ=255) cAGCTCGTTGTGATGCTTTCTGCACAAAGGCAACACAAAGAGATCATGTGCTTTTGTTCCCATTCCGCCCTGCCCGTGACCAATCAGATGATGCGGATCGTCGGCTGGCATACCGCAGCAAGCACACGGCTGTGTCTTAACCCAACGTGTGTATTTCTCCTTAACCCAGCGGCGACGTTTAGGCAGCTTCATGAAAGATTCCGGAGACTCTGGATCAACGGTGATGCTTACCACCGTCTTTTCCTGTGGTGATTTTTGTTGCTGGTGGG‑CGTAAGGCAACGGTGCAAGa > 2:139898/1‑289 (MQ=255) cAGCTCGTTGTGATGCTTTCTGCACAAAGGCAACACAAAGAGATCATGTGCTTTTGTTCCCATTCCGCCCTGCCCGTGACCAATCAGATGATGCGGATCGTCGGCTGGCATACCGCAGCAAGCACACGGCTGTGTCTTAACCCAACGTGTGTATTTCTCCTTAACCCAGCGGCGACGTTTAGGCAGCTTCATGAAAGATTCCGGAGACTCTGGATCAACGGTGATGCTTACCACCGTCTTTTCCTGTGGTGATTTTTGTTGCTGGTGGG‑CGTAAGGCAACGGTGCAAGa > 1:924209/1‑289 (MQ=255) cTCGTTGTGATGCTTTCTGCACAAAGGCAACACAAAGAGATCATGTGCTTTTGTTCCCATTCCGCCCTGCCCGTGACCAATCAGATGATGCGGATCGTCGGCTGGCATACCGCAGCAAGCACACGGCTGTGTCTTAACCCAACGTGTGTATTTCTCCTTAACCCAGCGGCGACGTTTAGGCAGCTTCATGAAAGATTCCGGAGACTCTGGATCAACGGTGATGCTTACCACCGTCTTTTCCTGTGGTGATTTTTGTTGCTGGTGGG‑CGTAAGGCAACGGTGCAAGAttt > 1:981552/1‑289 (MQ=255) 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aTTTTTGTTGCTGGTGGG‑CGTAAGGCAACGGTGCAAGATTTTTTGTGCGTTGTTTCAATATGCTGGTGGCGGTCAGCTCTCCCGGTACGATGTCGCTTTCGCGGTACACCGAGCAGCTTTTTTCCGCTGGTAATCCCAGCGAACGACGCGATACAGCCTCAGGTAGTGCATCCACCACCTGATTGCAGACCGCCCACCAGGATAATTCAGCCAAAGATAATTCCCGCTCCTGCGTCCCGCTTATTGCGTGACGGATGACGTCAATCACCCATGCTGTCCGATTttgttg > 2:1416763/1‑289 (MQ=255) | TCAAATGCCACTGTATCCGTATGCAGCTCGTTGTGATGCTTTCTGCACAAAGGCAACACAAAGAGATCATGTGCTTTTGTTCCCATTCCGCCCTGCCCGTGACCAATCAGATGATGCGGATCGTCGGCTGGCATACCGCAGCAAGCACACGGCTGTGTCTTAACCCAACGTGTGTATTTCTCCTTAACCCAGCGGCGACGTTTAGGCAGCTTCATGAAAGATTCCGGAGACTCTGGATCAACGGTGATGCTTACCACCGTCTTTTCCTGTGGTGATTTTTGTTGCTGGTGGG‑CGTAAGGCAACGGTGCAAGATTTTTTGTGCGTTGTTTCAATATGCTGGTGGCGGTCAGCTCTCCCGGTACGATGTCGCTTTCGCGGTACACCGAGCAGATTTTTTCCGCTGGTAATCCCAGCGAACGACGCGATACAGCCTCAGGTAGTGCATCCACCACCTGATTGCAGACCGCCCACCAGGATAATTCAGCCAAAGATAATTCCCGCTCCTGCGTACCGCTTATTGCGTGACGGATGACGTCAATCACCCATGCTGTCAGATTTTGTTG > NC_000913/1643331‑1643893 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |