| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 79,455 | G→T | 4.2% | intergenic (‑2/+9) | leuD ← / ← leuC | 3‑isopropylmalate dehydratase small subunit/3‑isopropylmalate dehydratase large subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 79,455 | 0 | G | T | 4.2% | 349.7 / 4.4 | 103 | intergenic (‑2/+9) | leuD/leuC | 3‑isopropylmalate dehydratase small subunit/3‑isopropylmalate dehydratase large subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (47/51); new base T (2/3); total (49/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.71e-01 | |||||||||||
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
TAGTCGGTCAATGCCCAGGGCGCGTGCTCACGCGAAGAGCCACAGCCGAAGTTTTCTCGTGCCAGCAAAATGGAAGCGCCCTGATACTGCGGGAAGTTCAGCACGAAGTCCGGGTTTGGCTGTTGGCCTTTTTCATCCAGAAAACGCCAGTCGTTAAACAGATGCGCGCCAAAACCCGTACGGGTCACTTTCTGCAAAAACTGTTTCGGGATGATTGCATCGGTATCGACATTGGCGGCATCCAGCGGAACCACCAGGCC‑‑TGTGTGTTTGATAAATTTCTCTGCCATGGTGTGCTCCTTATTTAATGTTGCGAATGTCGGCGAAATGTCCGGTCACAGCAGCAGCGGCAGCCATTGCCGGGCTGACCAGATGCGTGCGCCCGCCGCGCCCCTGGCGGCCTTCAAAGTTACGGTTGCTGGTGGAGGCACAACGTTCGCCCGGATTCAGACGGTCGTTGTTCATCGCCAGACACATTGAGCAGCCAGGCAAGCGCCATTCAAAACCGGCTTCAATAAAGATTTTATCCAGACCTTCCGCTTCCGCCTGGGCTTTTACCGGGCCAGAGCCGGG > NC_000913/79167‑79736 | tAGTCGGTCAATGCCCAGGGCGCGTGCTCACGCGAAGAGCCACAGCCGAAGTTTTCTCGTGCCAGCAAAATGGAAGCGCCCTGATACTGCGGGAAGTTCAGCACGAAGTCCGGGTTTGGCTGTTGGCCTTTTTCATCCAGAAAACGCCAGTCGTTAAACAGATGCGCGCCAAAACCCGTACGGGTCACTTTCTGCAAAAACTGTTTCGGGATGATTGCATCGGTATCGACATTGGCGGCATCCAGCGGAACCACCAGGCC‑‑TGTGTGTTTGATAAATTTCTCTGCCATgg > 2:217123/1‑289 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |