| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 4,160,473 | T→A | 2.7% | E106V (GAA→GTA) | sthA ← | pyridine nucleotide transhydrogenase, soluble |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 4,160,473 | 0 | T | A | 2.7% | 590.3 / 3.0 | 165 | E106V (GAA→GTA) | sthA | pyridine nucleotide transhydrogenase, soluble |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (78/80); new base A (2/3); total (82/83) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.08e-01 | |||||||||||
Only 100 of 165 total aligned reads displayed.
TACATCCATACCGCGGAAGATCGACGCATATTCACAGCCGATCACTCCAGCACCATAGATAAGTACATGGCGCGGTTCGTGGTGCATGCTGAGAATTGAGTCGCTGTCGTAAATGCGTGGATGGGTGAAATCAACATCTGTTGGATGATATGGACGAGAGCCGCAGGCAATAACAAATTTTTCAGCGGTTAGTGTTTCAACGCTGCCGTCCGGGCAATCCAGCGCCAACGTATGCTCGTCAACAAAGCGAGCGTTTCCCTGCAATATTTCACAGTGATTACGTTCGTAAAATCCCTGACGCATGCGCGTTTGTTGATTAATCACGTTATCGGCATGGTTAAGGATATCGGCAAAAGAAGAGCGGAGCAGTCGGGAATGGTCGCTGTAAAGTGGGTTTTGATTGAATTCTATAATGCGGCTGACGGCGTGACGGAGAGCTTTCGACGGGATGGTGCCCCAGTGGGTGCAACCGCCGCCAACATTTTGATAACGCTCGATAACTGCGACGCGCGCACCTTGCTTAACCAGGCCCATTGCAGCGCCTTCGCCGCCGGGGCCGGAACCTATTA > NC_000913/4160190‑4160758 | aTACCGCGGAAGATCGACGCATATTCACAGCCCAGCACTCCAGCACCAAAGATAAGTACATGGCGCGGTTCGTGGTGCTTGCTGAGAATTGAGTCGCTGTCGTCACTCCGTGGATGGGCTAAATCAACATATGCTGGTTGATATGGACGAGATCCGCAGGCAATAACAATTTTTTCATCGGTTAGTGTTTCAACGCTGCCGTCCGGGCAATCCAGCGCCCACGTACGCCCGTCAACAAAGCCAGCGTTTCACTGCAAAATTTCACTGTGATTCTCTTCGTACACTccc > 1:1403012/1‑288 (MQ=255) 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1:131752/52‑1 (MQ=255) | TACATCCATACCGCGGAAGATCGACGCATATTCACAGCCGATCACTCCAGCACCATAGATAAGTACATGGCGCGGTTCGTGGTGCATGCTGAGAATTGAGTCGCTGTCGTAAATGCGTGGATGGGTGAAATCAACATCTGTTGGATGATATGGACGAGAGCCGCAGGCAATAACAAATTTTTCAGCGGTTAGTGTTTCAACGCTGCCGTCCGGGCAATCCAGCGCCAACGTATGCTCGTCAACAAAGCGAGCGTTTCCCTGCAATATTTCACAGTGATTACGTTCGTAAAATCCCTGACGCATGCGCGTTTGTTGATTAATCACGTTATCGGCATGGTTAAGGATATCGGCAAAAGAAGAGCGGAGCAGTCGGGAATGGTCGCTGTAAAGTGGGTTTTGATTGAATTCTATAATGCGGCTGACGGCGTGACGGAGAGCTTTCGACGGGATGGTGCCCCAGTGGGTGCAACCGCCGCCAACATTTTGATAACGCTCGATAACTGCGACGCGCGCACCTTGCTTAACCAGGCCCATTGCAGCGCCTTCGCCGCCGGGGCCGGAACCTATTA > NC_000913/4160190‑4160758 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |