| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 570,475 | A→T | 2.8% | intergenic (+47/‑418) | ybcK → / → ybcL | DLP12 prophage, putative recombinase/inactive polymorphonuclear leukocyte migration suppressor, DLP12 prophage, UPF0098 family secreted protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 570,475 | 0 | A | T | 2.8% | 533.0 / 3.0 | 144 | intergenic (+47/‑418) | ybcK/ybcL | DLP12 prophage, putative recombinase/inactive polymorphonuclear leukocyte migration suppressor, DLP12 prophage, UPF0098 family secreted protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (74/66); new base T (2/2); total (76/68) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.65e-01 | |||||||||||
Only 100 of 148 total aligned reads displayed.
TAAATTCATTCAGTGATTTTTATGCTATTGACTTAACCAGTAAAAATGGACGAGAGTTATGCCGTACACTTGCCTATAAAACATTCGAAAAAATCATAATTAATACGGATAATAAAACCTGTGATATCTATTTTATGAATGGCATTGTTTTTAAACACTATCCTTTAATGAAAGTAATATCCGCCCAGCAGGCGATAAGTGCTCTCAAATATATGGTTGATGGTGAGATTTATTTCTAAATAATGATCTCGGATTTTAAGTTATGCTATGGTGATAAAGTGCAAGACAGAATTAATTATCTTTGACGAAACTTAATGGGTAATTACTTTGTTTGCTCCCACAAGCGAGTTTTGTACGGCTGTATTGGGGTAGTAAATGAGCTATACAATCTTAATCATTTGTTAGGTGAGAACTCTTGGTCGCAGATTCAAATACTGAAAATACGTGACAAATTATTATGAGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCGACTTTCGTAGGTGTTACTAATAATAAAGCAGAGTTTTTAGATAGTATCAATGTGCTT > NC_000913/570190‑570759 | tAAATTCATTCAGTGATTTTTATGCTATTGACTTAACCAGTAAAAATGGACGAGAGTTATGCCGTACACTTGCCTATAAAACATTCGAAAAAATCATAATTAATACGGATAATAAAACCTGTGATATCTATTTTATGAATGGCATTGTTTTTAAACACTATCCTTTAATGAAAGTAATATCCGCCCAGCAGGCGATAAGTGCTCTCAAATATATGGTTGATGGTGAGATTTATTTCTAAATAATGATCTCGGATTTTAAGTTATGCTATGGTGATAAAGTGCAAGACAg > 2:1387826/1‑289 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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |