| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 307,367 | T→A | 4.1% | I656F (ATT→TTT) ‡ | ecpC ← | ECP production outer membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 307,367 | 0 | T | A | 4.1% | 455.9 / 4.5 | 129 | I656F (ATT→TTT) ‡ | ecpC | ECP production outer membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (71/51); new base A (3/3); total (74/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.96e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
Only 100 of 129 total aligned reads displayed.
AGACGGTAACCATCTGCTTCACCTCTGGCTCAATGACAGCGACATTGCCTGGATAGAGAGTCAGACGACTTTTGCGGCCGCTGACGATATCGTAACTGTCGAGTGAGTTTTTGCTGTTCTGTAACTCCACCTCATATCTTCCATAGGGAGAGAGCGGGAGATAGTTACGCTTGCCGTTAAGCGGGAAAATCCGCCCGTTGATTTTGGCGCTGATCTGACCGTCGTCCTCCAGCCCGGTGTTGAATATCACCCCAGCGTTGCCATCAGTCCGCCCGCTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGTCAAGTTGGTATTGACGTAGCCGTCCGCCGCGCTATTGACGTTCAGCGTTCCGCTGGCGTAACGAGCGTCGAATTGTGCATACGCCCCGCCGCTGAGGGTTTTGTCATCACCGGTATCGCCGGAGATGGCACGTGACAGATTGGCACCAACAGTGCGAATGGTTCCTTCATCAAACTGTTTGCGTGCTGACAGGTTTGCCATGGTGTAGCCGTTTTGATGAGTCATCCCTGCGCTAAACCAGTTGCCCAG > NC_000913/307082‑307652 | agaCGGTAACCATCTGCTTCACCTCTGGCTCAATGACAGCGACATTGCCTGGATAGAGAGTCAGACGACTTTTGCGGCCGCTGACGATATCGTAACTGTCGAGTGAGTTTTTGCTGTTCTGTAACTCCACCTCATATCTTCCATAGGGAGAGAGCGGGAGATAGTTACGCTTGCCGTTAAGCGGGAAAATCCGCCCGTTGATTTTGGCGCTGATCTGACCGTCGTCCTCCAGCCCGGTGTTGAATATCACCCCAGCGTTGCCATCAGTCCGCCCGATGGCAGCAATGtt > 2:641885/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |