Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 307,368 | G→A | 3.1% | N655N (AAC→AAT) ‡ | ecpC ← | ECP production outer membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 307,368 | 0 | G | A | 3.1% | 436.3 / 3.1 | 128 | N655N (AAC→AAT) ‡ | ecpC | ECP production outer membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (71/53); new base A (2/2); total (73/55) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.46e-01 |
Only 100 of 129 total aligned reads displayed.
AGACGGTAACCATCTGCTTCACCTCTGGCTCAATGACAGCGACATTGCCTGGATAGAGAGTCAGACGACTTTTGCGGCCGCTGACGATATCGTAACTGTCGAGTGAGTTTTTGCTGTTCTGTAACTCCACCTCATATCTTCCATAGGGAGAGAGCGGGAGATAGTTACGCTTGCCGTTAAGCGGGAAAATCCGCCCGTTGATTTTGGCGCTGATCTGACCGTCGTCCTCCAGCCCGGTGTTGAATATCACCCCAGCGTTGCCATCAGTCCGCCCGCTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGTCAAGTTGGTATTGACGTAGCCGTCCGCCGCGCTATTGACGTTCAGCGTTCCGCTGGCGTAACGAGCGTCGAATTGTGCATACGCCCCGCCGCTGAGGGTTTTGTCATCACCGGTATCGCCGGAGATGGCACGTGACAGATTGGCACCAACAGTGCGAATGGTTCCTTCATCAAACTGTTTGCGTGCTGACAGGTTTGCCATGGTGTAGCCGTTTTGATGAGTCATCCCTGCGCTAAACCAGTTGCCCAG > NC_000913/307082‑307652 | agaCGGTAACCATCTGCTTCACCTCTGGCTCAATGACAGCGACATTGCCTGGATAGAGAGTCAGACGACTTTTGCGGCCGCTGACGATATCGTAACTGTCGAGTGAGTTTTTGCTGTTCTGTAACTCCACCTCATATCTTCCATAGGGAGAGAGCGGGAGATAGTTACGCTTGCCGTTAAGCGGGAAAATCCGCCCGTTGATTTTGGCGCTGATCTGACCGTCGTCCTCCAGCCCGGTGTTGAATATCACCCCAGCGTTGCCATCAGTCCGCCCGATGGCAGCAATGtt > 2:641885/1‑289 (MQ=255) ggTAACCATCTGCTTCACCTCTGGCTCAATGACAGCGACATTGCCTGGATAGAGAGTCAGACGACTTTTGCGGCCGCTGACGATATCGTAACTGTCGAGTGAGTTTTTGCTGTTCTGTAACTCCACCTCATATCTTCCATAGGGAGAGAGCGGGAGATAGTTACGCTTGCCGTTAAGCGGGAAAATCCGCCCGTTGATTTTGGCGCTGATCTGACCGTCGTCCTCCAGCCCGGTGTTGAATATCACCCCAGCGTTGCCATCAGTCCGCCCGCTGGCAGCAATGttttt > 1:593193/1‑288 (MQ=255) tGCTTCACCTCTGGCTCAATGACAGCGACATTGCCTGGATAGAGAGTCAGACGACTTTTGCGGCCGCTGACGATATCGTAACTGTCGAGTGAGTTTTTGCTGTTCTGTAACTCCACCTCATATCTTCCATAGGGAGAGAGTGGGAGATAGTTACGCTTGCCGTTAAGCGGGAAAATCCGCCCGTTGATTTTGGCGCTGATCTGACCGTCGTCCTCCAGCCCGGTGTTGAATATCACCCCAGCGTTGCCATCAGTCCGCCCGCTGGCCGCAATGTTTTTACCCTGCCAg > 2:1222262/1‑288 (MQ=255) tCACCTCTGGCTCAATGACAGCGACATTGCCTGGATAGAGAGTCAGACGACTTTTGCGGCCGCTGACGATATCGTAACTGTCGAGTGAGTTTTTGCTGTTCTGTAACTCCACCTCATATCTTCCATAGGGAGAGAGCGGGAGATAGTTACGCTTGCCGTTAAGCGGGAAAATCCGCCCGTTGATTTTGGCGCTGATCTGACCGTCGTCCTCCAGCCCGGTGTTGAATATCACCCCAGCGTTGCCATCAGTCCGCCCGCTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGAc < 2:1307880/289‑1 (MQ=255) aCCTCTGGCTCAATGACAGCGACATTGCCTGGATAGAGAGTCAGACGACTTTTGCGGCCGCTGACGATATCGTAACTGTCGAGTGAGTTTTTGCTGTTCTGTAACTCCACCTCATATCTTCCATAGGGAGAGAGCGGGAGATAGTTACGCTTGCCGTTAAGCGGGGAAATCCGCCCGTTGATTTTGGCGCTGATCTGACCGTCGTCCTCCAGCCCGGTGTTGAATATCACCCCAGCGTTGCCATCAGTCAGCCCGCTGGCAGCAATGATTTTACCCTGCCAGCCGACg > 2:602438/1‑288 (MQ=255) ggCTCAATGACAGCGACATTGCCTGGATAGAGAGTCAGACGACTTTTGCGGCCGCTGACGATATCGTAACTGTCGAGTGAGTTTTTGCTGTTCTGTAACTCCACCTCACATCTTCCATAGGGAGAGAGCGGGAGATAGTTACGCTTGCCGTTAAGCGGGAAAATCCGCCCGTTGATTTTGGCGCTGATCTGACCGTCGTCCTCCAGCCCGGTGTTGAATATCACCCCAGCGTTGCCATCAGTCCGCCCGCTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGACg > 1:454084/1‑282 (MQ=255) aaTGACAGCGACATTGCCTGGATAGCGAGTCAGACGACTTTTGCGGCCGCTGACGATATCGTAACTGTCGAGTGGGTTTTTGCTGTTCCGTAACTCCACCTCATATCTTGCATCGGGTGAGGGCGGGAGATAGTTACGCTTGCCGTTAAGCGGGAAAATCCGCCCGTTGAGTTTGGCACTGATCTGACCGCCGTCCGCCCGCCCGCGGTTGATTATCAACCCCGCGTTGCCATTCGTTCGTCCGCTGGCAGCAATGTTTGTACCCTTCCGTCCGACTTTCCTATTGGCg > 1:221619/1‑289 (MQ=255) gtggataaaagaaagaaccatggcaaaccttgaagaacgcaaacagtgtgaggaaggaaccattcgcactgtgggtgccaatctgtcacgtgccatctccggcgataccggtgatgacaaaaccctcagcggcggggcgtatgcacaattcgacgctcgttacgccagcggaacgctgaacgtcaatagcgcggcggacggctacgtcaataccaacttgaccgccaatggcagcgtcgGCTGGCAGGGTAAAAACATTGCTGCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGTc > 1:581876‑M1/240‑288 (MQ=255) ttGCCTGGATAGAGAGTCAGACGACTTTTGCGGCCGCTGACGATATCGTAACTGTCGAGTGAGTTTTTGCTGTTCTGTAACTCCGCCTCATATCTTCCATAGGGAGAGAGCGGGAGATAGTTACGCTTGCCGTTAAGCGGGAAAATCCGCCCGTTGATTTTGGCGCTGATCTGACCGTCGTCCTCCAGCCCGGTGTTGAATATCACCCCAGCGTTGCCATCAGTCCGCCCGCTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGTCAAGTTGGTAt < 2:588237/289‑1 (MQ=255) ccTGGATAGAGAGTCAGACGACTTTTGCGGCCGCTGACGATATAGTAACTGTCGAGTGAGTTTTTGCTGTTCTGTAACTCCACCTCATATCTTCCATAGGGAGAGAGCGGGAGATAGTTACGCTTGCCGTTAAGCGGGAAAATCCGCCCGTTGATTTTGGCGCTGATCTGACCGTCGTCCTCCAGCACGGGGTTGAATATCACCCCAGCGTTGCCATCAGTCCGCCCGCTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGTCAAGTTGGTATTGa > 2:1423755/1‑289 (MQ=255) 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agagTCAGACGACTTTTGCGGCCGCTGACGATATCGTAACTGTCGAGTGAGTTTTTGCTGTTCTGTAACTCCACCTCATATCTTCCATAGGGAGAGAGCGGGAGATAGTTACGCTTGCCGTTAAGCGGGAAAATCCGCCCGTTGATTTTGGCGCTGATCTGACCGTCGTCCTCCAGCCCGGTGTTGAATATCACCCAAGCGTTGCCATCAGTCCGCCCGCTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGTCAAGTTGGTATTGACGTAGCCg > 2:589844/1‑288 (MQ=255) acctgtcagcacgcaaacagtttgatgaaggaaccattcgcactgttggtgccaatctgtcacgtgccatctccggcgataccggtgatgacaaaaccctcagcggcggggcgtatgcacaattcgacgctcgttacgccagcggaacgctgaacgtcaatagcgcggcggacggctacgtcaataccaacttgaccgccaatggcagcgtcgGCTGGCAGGGTAAAAACATTGCTGCCAGCCGACGCTGCCCTTGGCGGTCCAGTTGGTAt < 2:581876‑M1/59‑1 (MQ=255) ggacgtcTTTTGCGGCCGCTGTGGATTTCGTAACTGTCGTGGGATGTTTTGCTGTACTGTAACTCCACCTCATATCTGCGATAGGGAGAGAGCTGGAGATAGTTACGCTTGCCGTTAAGCGGGGAAATCCTCCCGTTGATTTTGGCGCTGTTCTTACCGTCGTCCTCCAGACCGGTGTTGAATATCACCCCAGCGTTGCCATCAGTCCTCCCGCTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGTCGATGCTGCTATTGGCGGTCAAGTTGGTATTGACGTAGCCGTccgcct < 1:602438/288‑2 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |