Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 307,373 | T→A | 3.2% | K654* (AAA→TAA) ‡ | ecpC ← | ECP production outer membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 307,373 | 0 | T | A | 3.2% | 459.1 / 3.7 | 126 | K654* (AAA→TAA) ‡ | ecpC | ECP production outer membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (68/53); new base A (2/2); total (71/55) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.47e-01 |
Only 100 of 128 total aligned reads displayed.
GGTAACCATCTGCTTCACCTCTGGCTCAATGACAGCGACATTGCCTGGATAGAGAGTCAGACGACTTTTGCGGCCGCTGACGATATCGTAACTGTCGAGTGAGTTTTTGCTGTTCTGTAACTCCACCTCATATCTTCCATAGGGAGAGAGCGGGAGATAGTTACGCTTGCCGTTAAGCGGGAAAATCCGCCCGTTGATTTTGGCGCTGATCTGACCGTCGTCCTCCAGCCCGGTGTTGAATATCACCCCAGCGTTGCCATCAGTCCGCCCGCTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGTCAAGTTGGTATTGACGTAGCCGTCCGCCGCGCTATTGACGTTCAGCGTTCCGCTGGCGTAACGAGCGTCGAATTGTGCATACGCCCCGCCGCTGAGGGTTTTGTCATCACCGGTATCGCCGGAGATGGCACGTGACAGATTGGCACCAACAGTGCGAATGGTTCCTTCATCAAACTGTTTGCGTGCTGACAGGTTTGCCATGGTGTAGCCGTTTTGATGAGTCATCCCTGCGCTAAACCAGTTGCCCAGTGGTA > NC_000913/307086‑307657 | ggTAACCATCTGCTTCACCTCTGGCTCAATGACAGCGACATTGCCTGGATAGAGAGTCAGACGACTTTTGCGGCCGCTGACGATATCGTAACTGTCGAGTGAGTTTTTGCTGTTCTGTAACTCCACCTCATATCTTCCATAGGGAGAGAGCGGGAGATAGTTACGCTTGCCGTTAAGCGGGAAAATCCGCCCGTTGATTTTGGCGCTGATCTGACCGTCGTCCTCCAGCCCGGTGTTGAATATCACCCCAGCGTTGCCATCAGTCCGCCCGCTGGCAGCAATGttttt > 1:593193/1‑288 (MQ=255) gTAACCATCTGCTTCACCTCTGGCTCAATGGCAGCGACATTGCCTGGATAGAGAGTCAGACGACTTTTGCGGCCGCTGACGATATCGTAACTGTCGAGTGAGTTTTTGCTGTTCTGTAACTCCACCTCATATCTTCCATAGGGAGAGAGCGGGAGATAGTTACGCTTGCCGTTAAGCGGGAAAATCCGCCCGTTGATTTTGGCGCTGATCTGACCGTCGTCCTCCAGCCCGGTGTTGAATATCACCCCAGCGTTGCCATCAGTCCGCCCGCTGGCAGCAAAGTTTTTa < 2:2756/288‑1 (MQ=255) cTGCTTCACCTCTGGTTCAATAACAACGGCATCGCCTGGATAGAGAATCGGACGACTTTTGCGGCCGCTGACGATATCGTGATTGTCGAGTGAGTTTTTGCTGTTCTGTAACTCAACCTCATATCTTCCATAGGGAGAGAGCGGAAGATAGTTACGCTTGCCGTTAAGCGGGAAAATCCGCCCGAAGATTTTGGCGCTGATCTGACCGGCGTCCTCCAGCCCGGTGTTGAATATCACCCCAGCGTTGCCATCAGTCCGCCCGCTGTCAGCAATGTTTTTACCCTGCAAg < 1:1313382/289‑1 (MQ=255) tCACCTCTGGCTCAATGACAGCGACATTGCCTGGATAGAGAGTCAGACGACTTTTGCGGCCGCTGACGATATCGTAACTGTCGAGTGAGTTTTTGCTGTTCTGTAACTCCACCTCATATCTTCCATAGGGAGAGAGCGGGAGATAGTTACGCTTGCCGTTAAGCGGGAAAATCCGCCCGTTGATTTTGGCGCTGATCTGACCGTCGTCCTCCAGCCCGGTGTTGAATATCACCCCAGCGTTGCCATCAGTCCGCCCGCTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGAc < 2:1307880/289‑1 (MQ=255) ggCTCAATGACAGCGACATTGCCTGGATAGAGAGTCAGACGACTTTTGCGGCCGCTGACGATATCGTAACTGTCGAGTGAGTTTTTGCTGTTCTGTAACTCCACCTCACATCTTCCATAGGGAGAGAGCGGGAGATAGTTACGCTTGCCGTTAAGCGGGAAAATCCGCCCGTTGATTTTGGCGCTGATCTGACCGTCGTCCTCCAGCCCGGTGTTGAATATCACCCCAGCGTTGCCATCAGTCCGCCCGCTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGACg < 2:454084/282‑1 (MQ=255) ggCTCAATGACAGCGACATTGCCTGGATAGAGAGTCAGACGACTTTTGCGGCCGCTGACGATATCGTAACTGTCGAGTGAGTTTTTGCTGTTCTGTAACTCCACCTCACATCTTCCATAGGGAGAGAGCGGGAGATAGTTACGCTTGCCGTTAAGCGGGAAAATCCGCCCGTTGATTTTGGCGCTGATCTGACCGTCGTCCTCCAGCCCGGTGTTGAATATCACCCCAGCGTTGCCATCAGTCCGCCCGCTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGACg > 1:454084/1‑282 (MQ=255) aaTGACAGCGACATTGCCTGGATAGCGAGTCAGACGACTTTTGCGGCCGCTGACGATATCGTAACTGTCGAGTGGGTTTTTGCTGTTCCGTAACTCCACCTCATATCTTGCATCGGGTGAGGGCGGGAGATAGTTACGCTTGCCGTTAAGCGGGAAAATCCGCCCGTTGAGTTTGGCACTGATCTGACCGCCGTCCGCCCGCCCGCGGTTGATTATCAACCCCGCGTTGCCATTCGTTCGTCCGCTGGCAGCAATGTTTGTACCCTTCCGTCCGACTTTCCTATTGGCg > 1:221619/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |