Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,311,197 | G→T | 17.8% | E37* (GAA→TAA) | tonB → | membrane spanning protein in TonB‑ExbB‑ExbD transport complex |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,311,197 | 0 | G | T | 17.8% | 191.4 / 9.0 | 77 | E37* (GAA→TAA) | tonB | membrane spanning protein in TonB‑ExbB‑ExbD transport complex |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (25/36); new base T (12/3); total (38/39) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.09e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
AAGGGCGAAGATCTGCAACGGAAAGATGATGTCTTTGTTAAGGCCATGCATAAAGTAAGGGTAATTACGCCAAAAATGACATTTTCACTGATCCTGATCGTCTTGCCTTATTGAATATGATTGCTATTTGCATTTAAAATCGAGACCTGGTTTTTCTACTGAAATGATTATGACTTCAATGACCCTTGATTTACCTCGCCGCTTCCCCTGGCCGACGTTACTTTCGGTCTGCATTCATGGTGCTGTTGTGGCGGGTCTG‑CTC‑TAT‑AC‑CTCGGTACATCAGGTTATTGAACTACCTGCGCCTGCGCAGCCGATTTCTGTCACGATGGTT‑ACGCCTGCTGATCTCGAACCG‑CCACAAGCCGTTCAGCCGCCACCGGAGCCGGTGGTAGAG‑CCAGAACCGGAACCTGAGCCGATCCCCGAACCGCCAAAAGAAGCACCGGTGGTCATTGAAAAG‑CCGAAGCC‑GAAACCTAAGCCAAAACCGAAGCCGGTGAAAAAGGTACAGGAGCAGCCA‑AAACGCG‑ATGTCAAACCCGTAGAGTCGCGTCCGGCATCACCGTTTGAAAATACGGCACCGGCACGCC > NC_000913/1310911‑1311485 | aaGGGCGAAGATCTGCAACGGAAAGATGATGTCTTTGTTAAGGCCATGCATAAAGTAAGGGTAATTACGCCAAAAATGACATTTTCACTGATCCTGATCGTCTTGCCTTATTGAATATGATTGCTATTTGCATTTAAAATCGAGACCTGGTTTTTCTACTGAAATGATTATGACTTCAATGACCCTTGATTTACCTCGCCGCTTCCCCTGGCCGACGTTACTTTCGGTCTGCATTCATGGTGCTGTTGTGGCGGGTCTG‑CTC‑TAT‑AC‑CTCGGTACATCAGGTTATTGaa < 2:231165/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |