Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 307,366 | A→T | 3.2% | I656N (ATT→AAT) ‡ | ecpC ← | ECP production outer membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 307,366 | 0 | A | T | 3.2% | 458.5 / 3.6 | 128 | I656N (ATT→AAT) ‡ | ecpC | ECP production outer membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (71/52); new base T (2/2); total (74/54) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.31e-01 |
Only 100 of 136 total aligned reads displayed.
CCGGAGACGGTAACCATCTGCTTCACCTCTGGCTCAATGACAGCGACATTGCCTGGATAGAGAGTCAGACGACTTTTGCGGCCGCTGACGATATCGTAACTGTCGAGTGAGTTTTTGCTGTTCTGTAACTCCACCTCATATCTTCCATAGGGAGAGAGCGGGAGATAGTTACGCTTGCCGTTAAGCGGGAAAATCCGCCCGTTGATTTTGGCGCTGATCTGACCGTCGTCCTCCAGCCCGGTGTTGAATATCACCCCAGCGTTGCCATCAGTCCGCCCGCTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGTCAAGTTGGTATTGACGTAGCCGTCCGCCGCGCTATTGACGTTCAGCGTTCCGCTGGCGTAACGAGCGTCGAATTGTGCATACGCCCCGCCGCTGAGGGTTTTGTCATCACCGGTATCGCCGGAGATGGCACGTGACAGATTGGCACCAACAGTGCGAATGGTTCCTTCATCAAACTGTTTGCGTGCTGACAGGTTTGCCATGGTGTAGCCGTTTTGATGAGTCATCCCTGCGCTAAACCAGTTGCCCAG > NC_000913/307078‑307652 | ccGGAGACGGTAACCATCTGCTTCACCTCTGGCTCAATGACAGCGACATTGCCTGGATAGAGAGTCAGACGACTTTTGCGGCCGCTGACGATATCGTAACTGTCGAGTGAGTTTTTGCTGTTCTGTAACTCCACCTCATATCTTCCATAGGGAGAGAGCGGGAGATAGTTACGCTTGCCGTTAAGCGGGAAAATCCGCCCGTTGATTTTGGCGCTGATCTGACCGTCGTCCTCCAGCCCGGTGTTGAATATCACCCCAGCGTTGCCATCAGTCCGCCCGCTGGCAGCaa < 2:865070/289‑1 (MQ=255) agaCGGTAACCATCTGCTTCACCTCTGGCTCAATGACAGCGACATTGCCTGGATAGAGAGTCAGACGACTTTTGCGGCCGCTGACGATATCGTAACTGTCGAGTGAGTTTTTGCTGTTCTGTAACTCCACCTCATATCTTCCATAGGGAGAGAGCGGGAGATAGTTACGCTTGCCGTTAAGCGGGAAAATCCGCCCGTTGATTTTGGCGCTGATCTGACCGTCGTCCTCCAGCCCGGTGTTGAATATCACCCCAGCGTTGCCATCAGTCCGCCCGATGGCAGCAATGtt > 2:641885/1‑289 (MQ=255) agaCGGTAACCATCTGCTTCACCTCTGGCTCAATGACAGCGACATTGCCTGGATAGAGAGTCAGACGACTTTTGCGGCCGATGCCGATATCGTAACTGTTGAGAGAGTTTTTGCTGTTCTGTAAATCCACCTCATATCTTCCATAGGGAGAGAGCGGGAGATAGTTACGCTTGCCGTTAAGCGGGAAAATCAGCCTGTTGATTTTGGCGCTGATCTGACCGTCGTCCTCCAGCCCGGTGTTGAATATCACCCCAGCGTTGCCATCAGTCCGACCGCTGGCAGCAGTg > 2:409406/1‑287 (MQ=255) ggTAACCATCTGCTTCACCTCTGGCTCAATGACAGCGACATTGCCTGGATAGAGAGTCAGACGACTTTTGCGGCCGCTGACGATATCGTAACTGTCGAGTGAGTTTTTGCTGTTCTGTAACTCCACCTCATATCTTCCATAGGGAGAGAGCGGGAGATAGTTACGCTTGCCGTTAAGCGGGAAAATCCGCCCGTTGATTTTGGCGCTGATCTGACCGTCGTCCTCCAGCCCGGTGTTGAATATCACCCCAGCGTTGCCATCAGTCCGCCCGCTGGCAGCAATGttttt > 1:593193/1‑288 (MQ=255) 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tGGATAGGGTGTCATGCTACTTTTGCGGCCCCCGCCGGTAACGGACAGGTCGAGTGAGTGTTTGCTGGTCTGTATCGCCACCACCGATCATCCATAGGGGGGGAGCGGGAGCTAGTTACGCTTTCCGGTAAGCGGGAAAATCTGCCGGTTTATTTAGGCGCTGAACTAACCCGCGTACTTAAGCCCGGTGATGAATATCACCCAAGCGTTGCCATCAGTCCGCCCGCTGGCAGCGATGTTTTTGCCCTGCCAGCCGACGCAGCTATTGGCGGTCAAGTTAGTATTGACg < 1:1344579/289‑1 (MQ=255) agagTCAGACGACTTTTGCGGCCGCTGGCGATATCGTAAATGTAGAGTGAGTTTTTGCTTTTCTGTATCTCAACTTCAGATCTTCCATAGGTAGAGAGAGGGAGATATGTACGCTTGCCGTTACGCGGGGAACTCCGCGCGTTGATTTTGGCGCTGATCTGACCGTCGTCATCCAGAAGTGGGTTGAATATGACCACAGCGTTTAAATTAGTACCACCGCTGGCATCCATGTGTTTACCCTGTCAGCCTACGCTACCTTTGGCGGTCAAGGTAGTATTGACTTataat > 1:1403659/1‑284 (MQ=255) agagTCAGACGACTTTTGCGGCCGCTGACGATATCGTAACTGTCGAGTGAGTTTTTGCTGTTCTGTAACTCCACCTCATATCTTCCATAGGGAGAGAGCGGGAGATAGTTACGCTTGCCGTTAAGCGGGAAAATCCGCCCGTTGATTTTGGCGCTGATCTGACCGTCGTCCTCCAGCCCGGTGTTGAATATCACCCCAGCGTTGCCATCAGTCCGCCCGCTGGCAGCAATGTTTTTACCCTGCCAGCCGACGCTGCCATTGGCGGTCAAGTTGGTATTGACGTAGCCg > 2:128340/1‑288 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |