Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 1,594,341 | 0 | C | . | 4.2% | 315.0 / 7.0 | 96 | pseudogene (3647/3861 nt) | yneO | pseudogene, AidA homolog |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (47/43); new base . (2/2); total (50/46) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.24e-01 |
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
CTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTACGCTCAGTGGAGATGGTGAGCAGGCCATTATTGATAACGGAAGCATCACCCAGGTTTTTCTGCTCGTTGACGCTGAGCGCGCTGCCTGTATCAATGTTGAATTGCCCCACAAAGCGGCTATTATCGCCATCCAACTCTACATCTGTCCTGGCGGTTGCGCTCACGATACCCTTCCCGCTTATGCTATTACGCAGTTCGCCAGTCACGTTTTTTAGCGTTAACAGACCGTCATTGGCAATATTTCCTCTGCCTAACCCCT > NC_000913/1594053‑1594629 | ctacgcaattccactgaacccgtccaccATGCTCCTGGTGGCCGCCGATAGTGTGTGGCGCGACACGGAGTGCCCCCCCCTGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGGGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTTGCTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGATAGCAATTT‑CCCCCCCCACGACACCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCaccgctac < 2:322857/263‑1 (MQ=255) 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aggagTTTTCGCGACACGCAGGGACCCCCCCAGGCATAACGTTCATATACCCTGCAGTGGGGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATCT‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGGTCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTACGCTCAGTGGAGATGGTGAg < 2:133700/285‑1 (MQ=255) aGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTACGCTCAGTGGAGATGGTGAg < 1:332935/289‑1 (MQ=255) ggTTTTAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCCACGATAGCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTACGCTCAGTGGAGATGGTGAGCa < 2:1040633/288‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |