| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,304,912 | A→G | 4.8% | intergenic (+521/+194) | eco → / ← mqo | ecotin, a serine protease inhibitor/malate dehydrogenase, FAD/NAD(P)‑binding domain |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,304,912 | 0 | A | G | 4.8% | 253.9 / 2.3 | 94 | intergenic (+521/+194) | eco/mqo | ecotin, a serine protease inhibitor/malate dehydrogenase, FAD/NAD(P)‑binding domain |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (48/38); new base G (2/3); total (52/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.54e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.85e-01 | |||||||||||
CACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTA‑ACGCCCAA‑GCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAG‑GCGGTTACGCCGCATCCAACATCTAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGCATACGCCACATCCGGCATACCATGCCGGATGTGGCGTATCATTACAACGCAATATCCGCCACTTCTTTTTGAACGGGTTGC‑GGTTTCAACTGCGGTTTCGGCGTACTATCTGCTGCCTGCGGCTTGTCGTAGTTCA > NC_000913/2304635‑2305200 | cACCCCGGAGGTCGGTGAGGAGGGTTACACCGAACCCGGAAGCCAACGCCCAAGCCGGTGGCCGGGTGCGACGCTGGCGCTTCTTACCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCCCCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTA‑ACGCCCAA‑GCCGGTTGcc < 2:511484/289‑1 (MQ=14) cGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCCCCCCGTAGGTTGGATACGGCGGTTCCGCCGCATCCGACATCCAAACTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTCCACCGCTGTGCAGTGCTCCACCCCGTCGGTCGGCTAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACGTCTA‑ACGCCCCA‑GCCGGTTGCCTgct > 1:214033/1‑286 (MQ=14) gTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTA‑ACGCCCAA‑GCCGGTTGCCTGATGCGAc > 1:139089/1‑288 (MQ=255) ggATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACCGCGCATCCGACATCTA‑ACCCCCAA‑GCCGGTTGCCTGCTGCGACGCTg > 1:1065170/1‑289 (MQ=255) aTAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGAGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACTCCGGCGCGTCGTCTCAGGCCTACACCGTCGGGCTGTGTGTCACCCCGACGGTCGGATAAGGAGGTTACGCCGTCTCCG‑CATCTACACGCCCCA‑GCCgtcacctggtaccaactcgac > 2:156889/1‑268 (MQ=14) cGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCAACATCTAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTCGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGAAATCCA‑ACGCCCGA‑GCCGGTTGCCTGATGCTACGCCTGCGCGTCt > 1:873923/1‑289 (MQ=11) tagcccgcATCCGACATCGACGTCCCGAGCCGGTTGGCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCGGGCCTACACCGCTGTGAGGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTA‑ACGCCCAA‑GCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTAt < 1:775626/284‑1 (MQ=255) cgcCTCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGATGGCGCGTCTTATCCGGCCTACACCGCTGCGAAGTGCTCCACCCCGTCGGTCGGATAAGGCGGTTCCGCCCCATCCCACATCCAACGTCCCAGCCGGTTGCCTGCTGCGACCCTTGCGCGTATTCTCACGCCCACCCCGCCGTCAAGGTCTCCCCCCCGTCGGTGCGACCAGGCGGTTAAGCCCCCTCCGACCTCTA‑CAGCCCAAGGCCGGACCCGTG‑TGCGGCGCTCGCGCCTCTTCTCaccgt > 2:1074362/1‑285 (MQ=9) ggaatgaaccGCCCGCGCCGTGTGCCTGTTGGGCCGCTGCGGCGGCTTATCAGGACGATACCGCTGTGAAGGGCTCCACCCCGTAGGTCGGAGAAGGCGGTTACGCCGGCTCCGACATCCAACGTCCGCGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACCTCTA‑ACGCCCAA‑GCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCg < 2:544068/280‑1 (MQ=11) gCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGATCCGCTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTGCACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTA‑ACGCCCAA‑GCCGGTTGCCTCATGCGACGCTGCGGCGTCTTGTCACGCCTCCACCACTGTGACGTGCTCCa > 1:394507/1‑288 (MQ=11) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |