| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 4,149,334 | G→A | 3.0% | P311S (CCG→TCG) | eptC ← | LPS heptose I phosphoethanolamine transferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,149,334 | 0 | G | A | 3.0% | 455.6 / 2.4 | 133 | P311S (CCG→TCG) | eptC | LPS heptose I phosphoethanolamine transferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (72/57); new base A (2/2); total (74/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.25e-01 | |||||||||||
Only 100 of 134 total aligned reads displayed.
TTGCCCTGATTTTCCGGGTAGCGGTATTTGTATTTGATATGCGTACCCAGCAGATGAACAATGATCAGTTTCTTCGGCGCAGGGTCATTCAGCACTTCCTGGAACGGCTTCAGCACGTTGGTGTCGTATTCACGCGCACTCTGCGTACGTTGCTGGTTCATGTAGTACTGCTTGTCGGTCTGGCGCGAAAATACCGTCAGCATGGTATTGCGGGCGGTCATCGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTTTTATAACCCGCCTGTTTCATCATGTTCATCAGCGACGGCTGCGTCAGATACAGATCCGGGTTCTTTTCATTGGCAAAGGTCAGCGCCTGTTGCAGGATTTCAATGGTGTACGGACGAGACGTAACTACGTTATTAAACACGGTCAGATTCGGATCGGTTTTATGCAGCGCATCCAGCTCCGGCGTGGTTTCACGCGGATAACCGTACAGACTCATGCGTCCGCGCTGGGTCGACTCGCCAATCACCAGCACTAAAGTGCGCGGTTCGTTACCCGATTCATCTTTGAAATTAGCCAGTGGCGGCAAGGCATTATTTTCATTCAGTAA > NC_000913/4149048‑4149622 | ttGCCCTGATTTTCCGGGTAGCGGTATTTGTATTTGATATGCGTACCCAGCAGATGAACAATGATCAGTTTCTTCGGCGCAGGGTCATTCAGCACTTCCTGGAACGGCTTCAGCACGTTGGTGTCGTATTCACGCGCACTCTGCGTACGTTGCTGGTTCATGTAGTACTGCTTGTCGGTCTGGCGCGAAAATACCGTCAGCATGGTATTGCGGGCGGTCATCGTCTGCTGGTTGGTGATCCAGAAGGTTTTATAACCCGCCTGTTTCATCATGTTCATCAGCGACGGCt < 2:292739/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |