| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 280,920 | T→C | 5.0% | E355G (GAA→GGA) | yagA ← | CP4‑6 prophage, putative DNA‑binding transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 280,920 | 0 | T | C | 5.0% | 275.2 / 2.5 | 80 | E355G (GAA→GGA) | yagA | CP4‑6 prophage, putative DNA‑binding transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (37/39); new base C (2/2); total (39/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.38e-01 | |||||||||||
AAATGCAGACGATGACCTTCCTGCACCAGTCGTGCTCCGAAACACGGTGTGATATCTCGTTTAAGCCCCCAAGTTTGAGTAGAGTCTTTATTCATAATTTTATTCCTGTTAAAGAAGACCATGTTCGGCGAATGAGAATATTTGCCTGCCGCCGACAATCAGGTGGTCGGGGACATGGTGAACACTTTTTAACATCCTTTACCCATGGTGATCGACTTTTTCTTCAGGTCGATCACCCCCACTTTCGTGCTGTACCACCACA‑CCTCGTAGCTGCCGTCTTCCTGCATCTCCTTCAGCCCGACCCGTTCTCCCCTGAACGCCTTGCCTGCGCTCAGACTTACCCCTTTCACGCTCAGCTTTCCGCTGATATCCACTTTCCTGACCATCACCCCTTCATCGTATTCCGGGGGCGTTGTGTTGCCGCTGTACTGCCGCGCTGACGGCTGATACCGCGAGCCCGGTACCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCAAGGTTATAGACCGTCCGCCAGTGGTCGAAGGCGCGCTGCAGTTCACCGCTGTCTGCGAA > NC_000913/280641‑281194 | aaaTGCAGACGATGACCTTCCTGCACCAGTCGTGCTCCGAAACACGGTGTGATATCTCGTTTAAGCCCCCAAGTTTGAGTAGAGTCTTTATTCATAATTTTATTCCTGTTAAAGAAGACCATGTTCGGCGAATGAGAATATTTGCCTGCCGCCGACAATCAGGTGGTCGGGGACATGGTGAACACTTTTTAACATCCTTTACCCATGGTGATCGACTTTTTCTTCAGGTCGATCACCCCCACTTTCGTGCTGTACCACCACA‑CCTCGTAGCTGCCGTCTTCCTGCAt < 1:381562/287‑1 (MQ=255) 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cAGTCGTGCTCCGAAACACGGTGTGATATCTCGTTTAAGCCCCCAAGTTTGAGTAGAGTCTTTATTCATAATTTTATTCCTGTTAAAGAAGACCATGTTCGGCGAATGAGAATATTTGCCTGCCGCCGACAATCAGGTGGTCGGGGACATGGTGAACACTTTTTAACATCCTTTACCCATGGTGATCGACTTTTTCTTCAGGTCGATCACCCCCACTTTCGTGCTGTACCACCACA‑CCTCGTAGCTGCCGTCTTCCTGCATCTCCTTCAGCCCGACCCGTTCTCCCCTg < 1:175289/289‑1 (MQ=255) tCGTGCTTCGAAACACGGTGTGATATCTCGTTTAAGCCCCCAAGTTTGAGTAGAGTCTTTATTCATAATTTTATTCCTGTTAAAGAAGACCATGTTCGGCGAATGAGAATATTTGCCTGCCGCCGACAATCAGGTGGTCGGGGACATGGTGAACACTTTTTAACATCCTTTACCCATGGTGATCGACTTTTTCTTCAGGTCGATCACCCCCACTTTCGTGCTGTACCACCACA‑CCTCGTAGCTGCCGTCTTCCTGCATCTCCTTCAGCCCGACCCGTTCTCCCCTGaa > 1:12667/1‑288 (MQ=255) ccGAAACACGGTGTGATATCTCGTTTAAGCCCCCAAGTTTGAGTAGAGTCTTTATTCATAATTTTATTCCTGTTAAAGAAGACCATGTTCGGCGAATGAGAATATTTGCCTGCCGCCGACAATCAGGTGGTCGGGGACATGGTGAACACTTTTTAACATCCTTTACCCATGGTGATCGACTTTTTCTTCAGATCGATCACCCCCACTTTCGTGCGGTACCACCACA‑CCTCGTAGCTGCCGTCTTCCTGCATCTCCTTCAGCACGACCCGTTCTCCCCTGCACGCCTTg > 1:174805/1‑288 (MQ=255) 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ttGAGTAGAGTCTTTATTCATAATTTTATTCCTGTTAAAGAAGACCATGTTCGGCGAATGAGAATATTTGCCTGCCGCCGACAATCAGGTGGTCGGGGACATGGTGAACACTTTTTAACATCCTTTACCCATGGTGATCGACTTTTTCTTCAGGTCGATCACCCCCACTTTCGTGCTGTACCACCACA‑CCTCGTAGCTGCCGTCTTCCTGCATCTCCTTCAGCCCGACCCGTTCTCCCCTGAACGCCTTGCCTGCGCTCAGACTTACCCCTTTCACGCTCAGCTTTCCg < 1:223446/289‑1 (MQ=255) ttGAGTAGAGTCTTTATTCATAATTTTATTCCTGTTAAAGAAGACCATGTTCGGCGAATGAGAATATTTGCCTGCCGCCGACAATCAGGTGGTCGGGGACATGGTGAACACTTTTTAACATCCTTTACCCATGGTGATCGACTTTTTCTTCAGGTCGATCACCCCCACTTTCGTGCTGTACCACCACA‑CCTCGTAGCTGCCGTCTTCCTGCATCTCCTTCAGCCCGACCCGTTCTCCCCTGAACGCCTTGCCTGCGCTCAGACTTACCCCTTTCACGCTCAGCTTTCCg < 1:232998/289‑1 (MQ=255) ttGAGTAGAGTCTTTATTCATAATTTTATTCCTGTTAAAGAAGACCATGTTCGGCGAATGAGAATATTTGCCTGCCGCCGACAATCAGGTGGTCGGGGACATGGTGAACACTTTTTAACATCCTTTACCCATGGTGATCGACTTTTTCTTCAGGTCGAACACCCCCACTTTCGTGCTGTACCACCACA‑CCTCGTAGCTGCCGTCTTCCTGCATCTCCTTCAGCCCGACCCGTTCTCCCCTGAACGCCTTGCCTGCGCTCAGACTTACCCCTTTCACGCTCAGCTTTCCg < 1:131631/289‑1 (MQ=255) 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AAATGCAGACGATGACCTTCCTGCACCAGTCGTGCTCCGAAACACGGTGTGATATCTCGTTTAAGCCCCCAAGTTTGAGTAGAGTCTTTATTCATAATTTTATTCCTGTTAAAGAAGACCATGTTCGGCGAATGAGAATATTTGCCTGCCGCCGACAATCAGGTGGTCGGGGACATGGTGAACACTTTTTAACATCCTTTACCCATGGTGATCGACTTTTTCTTCAGGTCGATCACCCCCACTTTCGTGCTGTACCACCACA‑CCTCGTAGCTGCCGTCTTCCTGCATCTCCTTCAGCCCGACCCGTTCTCCCCTGAACGCCTTGCCTGCGCTCAGACTTACCCCTTTCACGCTCAGCTTTCCGCTGATATCCACTTTCCTGACCATCACCCCTTCATCGTATTCCGGGGGCGTTGTGTTGCCGCTGTACTGCCGCGCTGACGGCTGATACCGCGAGCCCGGTACCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCAAGGTTATAGACCGTCCGCCAGTGGTCGAAGGCGCGCTGCAGTTCACCGCTGTCTGCGAA > NC_000913/280641‑281194 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |