| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,837,913 | Δ1 bp | 2.6% | coding (702/1536 nt) | ynjC → | putative ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,837,912 | 0 | A | . | 2.6% | 573.8 / 5.1 | 155 | coding (701/1536 nt) | ynjC | putative ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (74/77); new base . (2/2); total (76/79) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.54e-01 | |||||||||||
Only 100 of 168 total aligned reads displayed.
CCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGGTCGCTGTCGGTCGTGGATGTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGTAATTAGCTGGCAGTGGTTAACCCAGGGCGACATTGACCAACAAACAAAAGGCGCGCTTGCCAGCCTGCTGTTGATGCTGTTACTCGCCGCCTACGTTTTGCTGAGCTATCTGCTATGGCGCAGCTGGCGGCGCACTATTCCCCGCGTAGATGGCGTTCGCAAGCCTGCCACGCCTTTATTGCCGGGCAATACGCTGGCGATTTTTTTACCCTTAACCGGTGTGCTGTGTGTGGTTCTGCTGGCGATCCTCGCGGATCAGTCGACGATCAATAGTGAAGCGCTCATCAACAGCCTGACAATGGGGCTGGTGGCGACATTCATCGCTT > NC_000913/1837625‑1838199 | ccTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGGTCGCTGTCGGTCGTGGATGTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGTAATTAGCTGGCAGTGGTTAACCCAGGGCGACATTGACcaa < 1:895301/289‑1 (MQ=255)ccTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGGTCGCTGTCGGTCGTGGATGTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGTAATTAGCTGGCAGTGGTTAACCCAGGGCGACATTGACcaa < 1:397216/289‑1 (MQ=255)ccTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGGTCGCTGTCGGTCGTGGATGTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGTAATTAGCTGGCAGTGGTTAACCCAGGGCGACATTGACcaa < 1:682760/289‑1 (MQ=255)ccTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGAGCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGGTCGCTGTCGGTCGTGGATGTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGTAATTAGCTGGCAGTGGTTAACCCAGGGCGACATTGACcaa < 1:1249500/289‑1 (MQ=255) ttGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGGTCGCTGTCGGTCGTGGATGTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGTAATTAGCTGGCAGTGGTTAACCCAGGGCGACATTGACcaaca > 1:1003719/1‑289 (MQ=255) cAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGGTCGCTGTCGGTCGTGGATGTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGTAATTAGCTGGCAGTGGTTAACCCAGGGCGACATTGACCaacaaac > 2:1196560/1‑289 (MQ=255) tGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGGTCGCTGTCGGTCGTGGATGTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGTAATTAGCTGGCAGTGGTTGACCCAGGGCGCCCTTCACCAAccaacaaa > 2:820717/1‑289 (MQ=255) aaagaaagCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGGTCGCTGTCGGTCGTGGATGTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGCCGCTGGCGGTAATTAGCTGGCAGTGGTTAACCCAGGGCGACATTGACCAACAAACAAAAg > 1:1147776/1‑289 (MQ=255) aagCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGGTCGCTGTCGGTCGTGGATGTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGTAATTAGCTGGCAGTGGTTAACCCAGGGCGACATTGACCAACAAACAAAAGgcgcg < 2:1047281/289‑1 (MQ=255) agCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATCGTTGCCTGGTCGCTGTCGGTCGTGGATGTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGTAATTAGCTGGCAGTGGTTAACCCAGGGCGACATTGACCAACAAACAAAAGgcgcg > 2:327893/1‑288 (MQ=255) 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aaaaTGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGGTCGCTGTCGGTCGTGGATGTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGTAATTAGCTGGCAGTGGTTAACCCAGGGCGACATTGACcaa > 2:1199758/1‑232 (MQ=255) aaaaTGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGGCCGCTGTCGGTCGTGGATGTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGTAATTAGCTGGCCGTGGTTAACCCAGGGCGACATTGACCAACAAACAAAAGGGCCCCTTGCCCACCTCCCGTTGATGCTGTTACTCGCGCCCTACGtt > 2:399801/1‑289 (MQ=255) ggCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGGTCGCTGTCGGTCGTGGATGTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGTAATTAGCTGGCAGTGGTTAACCCAGGGCGACATTGACCAACAAACAAAAGGCGCGCTTGCCAGCCTGCTGTTGATGCTGTTACTCGCCGCCTACGTTTTGCt < 2:167243/289‑1 (MQ=255) 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tGTTGCGGGAGGTCATTGTGCTGGTTTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGGTCGCTGTCGGTCGTGGATGTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGTAATTAGCTGGCAGTGGTTAACCCAGGGCGACATTGACCAACAAACAAAAGGCGCGCTTGCCAGCCTGCTGTTGATGCTGTTACTCGCCGCCTACGTTTTGCTGAg < 2:548527/289‑1 (MQ=255) tGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGGTCGCTGTCGGTCGTGGATGTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGTAATTAGCTGGCAGTGGTTAACCCAGGGCGACATTGACCAACAAACAAAAGGCGCGCTTGCCAGCCTGCTGTTGATGCTGTTACTCGCCGCCTACGTTTTGCTGAg < 1:48318/289‑1 (MQ=255) gTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGGTCGCTGTCGGTCGTGGATGTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGTAATTAGCTGGCAGTGGTTAACCCAGGGCGACATTGACCAACAAACAAAAGGCGCGCTTGCCAGCCTGCTGTTGATGCTGTTACTCGCCGCCTACGTTTTGCTGAGCTATCTGCTAt > 1:542918/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |