Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 2,304,521 | G→C | 5.4% | intergenic (+130/+585) | eco → / ← mqo | ecotin, a serine protease inhibitor/malate dehydrogenase, FAD/NAD(P)‑binding domain |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,304,521 | 0 | G | C | 5.4% | 282.5 / 7.2 | 95 | intergenic (+130/+585) | eco/mqo | ecotin, a serine protease inhibitor/malate dehydrogenase, FAD/NAD(P)‑binding domain |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (47/40); new base C (2/3); total (51/44) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.62e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.47e-01 |
AAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGTTACAACAGCAAGCTGCCGATCGTGGTGTATACGCCAGACAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGC‑GGAAGAGAAAATTGAC‑AACGCGGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGT‑TGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCG‑ACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTT > NC_000913/2304237‑2304807 | aagaGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGTCGATGCTGGAATGCTGCGTTACAACAGCAAGCTGCCGATCGTGGTGTATACGCCAGACAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGC‑GGAAGAGAAAATTGAC‑AACGCGGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGT‑TGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCa < 1:309092/287‑1 (MQ=255) gaagaaATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGTTACAACAGCAAGCTGCCGATCGTGGTGTATACGCCAGACAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGC‑GGAAGAGAAAATTGAC‑AACGCGGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGT‑TGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCg < 1:952324/288‑1 (MQ=255) gaagaaATTTGTCACCGCGTATCGGGGCGATGCTGGAATGCTGCGTGACAACAGCAAGCTGCCGAGCGGGGTGTATACGCCAGACAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGC‑GGAAGAGAAAATTGAC‑AACGCGGTAGTTCGCTAAACGGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGGCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGT‑TGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCAcccc < 2:89700/287‑1 (MQ=255) aagaaATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGTTACAACAGCAAGCTGCCGATCGTGGTGTATACGCCAGACAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGC‑GGAAGAGAAAATTGAC‑AACGCGGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGT‑TGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTa > 1:686541/1‑289 (MQ=255) aaTTTTTCACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGTTACAACAGCAAGCTGCCGATCGTGGTGTATACGCCAGACAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGC‑GGAAGAGAAAATGGAC‑AACGCGGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTTCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGT‑TGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAgg < 1:138675/287‑1 (MQ=255) aCCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGTTACAACAGCAAGCTGCCGATCGTGGTGTATACGCCAGACAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGC‑GGAAGAGAAAATTGAC‑AACGCGGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGT‑TGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAg > 1:264118/1‑288 (MQ=255) cgcgTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGTTACAACATCAAGCTGCCGATCGTGGTGTATACGCCAGACAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGC‑GGAAGAGAAAATTGAC‑AACGCGGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAATGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCTACGCCCGAGCCGGT‑TGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCATGCCTACACCGCTGTCAAGTGCGTCACCCCGTACGTCAGACAAGTCg > 1:657249/1‑289 (MQ=255) cgcgTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGTTACAACAGCAAGCTGCCGATCGTGGTGTATACGCCAGACAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGC‑GGAAGAGAAAATTGAC‑AACGCGGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGT‑TGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCg > 1:670474/1‑289 (MQ=255) tCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCTTTACAACAGCAAGCTGCCGATCGTGGGGTATACGCCAGACAATGGAGGTGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGC‑GGAAGAGAAAAGTGAC‑AACGCGGTAGTGCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGT‑TGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCAcg < 1:633889/289‑1 (MQ=255) cTGGGCAGTGATGGAATGCTGCGTTACACCAGCAAGCTGCCGATCGTGGTGTATACGCCAGACATTGTAGATGTGAAGTACCGGGTCTGGAAGGG‑GGAAGAGAAAATTGAC‑AACGCGGTAGTTCGCTAAACGGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCAGCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGT‑TGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCAcgc < 1:393057/289‑1 (MQ=25) 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tGCTGGAATGCTGCGTTACAACAGCAAGCTGCCGATCGTGGTGTATACGCCAGACAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGC‑GGAAGAGAAAATTGAC‑AACGCGGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGT‑TGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATaa > 1:632817/1‑270 (MQ=255) tGCTGGAATGCTGCGTTACAACAGCAAGCTGCCGATCGTGGTGTATACGCCAGACAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGC‑GGAAGAGAAAATTGAC‑AACGCGGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGT‑TGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATaa < 2:632817/270‑1 (MQ=255) ctgcGTTACAACAGCAAGCTGCCGATCGTGGTGTATACGCCAGACAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGC‑GGAAGAGAAAATTGAC‑AACGCGGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGT‑TGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAAc > 1:818262/1‑288 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |