| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,599,805 | 0 | G | A | 3.2% | 429.4 / 2.5 | 126 | intergenic (‑148/+123) | livJ/rpoH | branched‑chain amino acid ABC transporter periplasmic binding protein/RNA polymerase, sigma 32 (sigma H) factor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (66/56); new base A (2/2); total (68/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.48e-01 | |||||||||||
Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
GTAAACTCCTGGTCACCGTACTGCGCAACCGGACCGGACATTGCGCCCACGACCGCGACTTTAATATCTTCTGCCAGAGCCATATTGCTGAATGCCAGCGCGATACATCCTGCCAGTAACGCTTTACCCTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAGCACTTTATTTCGTTTTATGCATGACTACCCGTGCTTTAGCAGCATACTCTGCTAAAACATACCCGATTTTTATGATATTGGAATAGCTATTTTGACAGTTTATTAACAATCTGCGTGGGGATTGGCGTTTTGCCGGAGGGGAAATTGATTATTACAGAGGCCCAAAAAACAAAAACCCCGGACTCTCATCCAGGGTTCTCTGCTTAATAGCGGAAATTACGCTTCAATGGCAGCACGCAATTTTTTCATCGCGTTCTTTTCCAGCTGGCGTACACGCTCAGCGGAAACGCCGTAACGGTCAGCCAGTTCCTGCAACGTGGACTTGTTGTCTTCGTCCAGCCAGCGCGCACGGATGATGTCCTGGCTGCGTTCGTCC > NC_000913/3599518‑3600087 | gTAAACTCCTGGTCACCGTACTGCGCAACCGGACCGGACATTGCGCCCACGACCGCGACTTTAATATCTTCTGCCAGAGCCATATTGCTGAATGCCAGCGCGATACATCCTGCCAGTAACGCTTTACCCTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAGCACTTTATTTCGTTTTATGCATGACTACCCGTGCTTTAGCAGCATACTCTGCTAAAACATACCCGATTTTTATGATATTGGAATAGCTATTTTg > 1:649635/1‑288 (MQ=255) 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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |