| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,687,584 | T→C | 5.2% | E530G (GAG→GGG) | bcsC ← | cellulose synthase subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,687,584 | 0 | T | C | 5.2% | 450.7 / 3.2 | 147 | E530G (GAG→GGG) | bcsC | cellulose synthase subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (67/69); new base C (8/2); total (75/72) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.86e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 147 total aligned reads displayed.
CAGCGCGGGCGGCGGTGTAATCACGTCGTTGTTGCGCCCAGTCAGCCAGCGTGAGGTCAATACGCGTGGAAGGTGGTTGCTGGCGCAGCATCGCTTCCGCTTCTGCCTCTTTGCCGCTTTCTCGCAGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATGACCAGAGAGGTACAGCCCGTAAGCGTAAACCTGCTCCGGGTCGTTCGACTTCTGCTGCGCCAGATTGCGCATTAACGTATCGGCCTGGCTGCGTTGTCCGGCCTGCCAGAGATCCTGCGAAAGTCGGTAAGTAATCCATACGCTGCCGGGGTCCAGCGCCAGTCGTTGCCGCTGAAGTGCTGCCGCCTGCGCCCATTTGCCCTGGTTTTCCAGTGCCTCTGCCTGCTGTGCCAGACGGTCGTTTTGCAGGCTGCGTTCGATATCATCAATGCTACGCCGCTGACTGGCAGAGAGCGAGGCGATAAACGCTTCAGCTTTTT > NC_000913/3687300‑3687869 | cAGCGCGGGCGGCGGTGTAATCACGTCGTTGTTGCGCCCAGTCAGCCAGCGTGAGGTCAATACGCGTGGAAGGTGGTTGCTGGCGCAGCATCGCTTCCGCTTCTGCCTCTTTGCCGCTTTCTCGCAGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATGACCAGAGAGGTACAGCCCGTAAGCGTAAACCTGCTCCgg > 2:789884/1‑289 (MQ=255) cgcgGGCGGCGGTGTAATCACGTCGTTGTTGCGCCCAGTCAGCCAGCGTGAGGTCAATACGCGTGGAAGGTGGTTGCTGGCGCAGCATCGCTTCCGCTTCTGCCTCTTTGCCGCTTTCTCGCAGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCCCGCGGCAGGCTATTGATATGAGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATGACCAGAGAGGTACAGCCCGTAAGCGTAAACCTGCTCCGGGTc > 2:227642/1‑289 (MQ=255) cgcgGGCGGCGGTGTAATCACGTCGTTGTTGCGCCCAGTCAGCCAGCGTGAGGTCAATACGCGTGGAAGGTGGTTGCTGGCGCAGCATCGCTTCCGCTTCTGCCTCTTTGCCGCTTTCTCGCAGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATGACCCGAGAGGTACAGCCCGTAAGCGTAAAACTGCCCCGGGTc > 1:1053066/1‑289 (MQ=255) cgcgGGCGGCGGTGTAATCACGTCGTTGTTGCGCCCAGTCAGCCAGCGTGAGGTCAATACGCGTGGAAGGTGGTTGCTGGCGCAGCATCGCTTCCGCTTCTGCCTCTTTGCCGCTTTCTCGCAGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATGACCAGAGAGGTACAGCCCGTAAGCGTAAACCTGCTCCGGGTc > 2:738065/1‑289 (MQ=255) cgcgGGCGGCGGTGTAATCAAGTCGTTGTTGCGCCCAGTCAGCCAGCGTGAGGTCAATACGCGTGGAAGGTGGTTGCTGGCGCAGCATCGCTTTCGCTTCTGCCTCTTTGCCGCTTTCTCGCAGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTTCGCACGCGGCAGGCTCTTGATACGCGCCATCGCCGCTCTCTCCTGGTCATGACCAGACAGGTACAGCCCGTAACCGTAAACCTCCCCCGGGTc > 1:934166/1‑289 (MQ=255) cgggcggCGGTGTAATCACGTCGTTGTTGCGCCCAGTCAGCCAGCGTGAGGTCAATACGCGTGGAAGGTGGTTGCTGGCGCAGCATCGCTTCCGCTTCTGCCTCTTTGCCGCTTTCTCGCAGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGACTATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATGACCAGAGAGGTACAGCCCGTAAGCGTAAACCTGCTCCGGGTCGt > 1:1255295/1‑289 (MQ=255) cgggcggCGGTGTAATCACGTCGTTGTTGCGCCCAGTCAGCCAGCGTGAGGTCAATACGCGTGGAAGGTGGTTGCTGGCGCAGCATCGCTTCCGCTTCTGCCTCTTTGCCGCTTTCTCGCAGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATGACCAGAGAGGTACAGCCCGTAAGCGTAAACCTGCTCCGGGTCGt > 1:47941/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |