| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 57,295 | 0 | G | A | 3.1% | 454.8 / 3.3 | 129 | intergenic (‑186/‑69) | lptD/djlA | LPS assembly OM complex LptDE, beta‑barrel component/membrane‑anchored DnaK co‑chaperone, DNA‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (62/63); new base A (2/2); total (64/65) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.15e-01 | |||||||||||
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
CCCAACATGCACTGTGAGGCGAGGTCGGCTGCCAGTCCCTGTTGACTATAAAGGGCGGTGGCAATCATGGTGGCCAGGAGAGTGGGGATACGTTTTTTCATACGTTGATTTTATTGTTCCATCATCGGTAACGTTGCGCGTGACAAACGGTCAGAGACTAACGTACTCGTCATCTCTACGCTAGTGTTAATCCTGTCCGAATAGCGTCAGTGGTGTTAGGCACGGCATTGAATGACAGGTATGATAATGCAAATTATAGGCGATGTC‑CCACAATTGACCGCAGCCGGAAAACGGTAAAAGCACCTTTATA‑TTGTGGGAGATAGCCCTGATATCCGTGTGTCGATTTGGGGAATATATGCAGTATTGGGGAAAAATCATTGGCGTGGCCGTGGCCTTACTGATGGGCGGCGGCTTTTGGGGCGTAGTGTTAGGCCTGTTAATTGGCCATATGTTTGATAAAGCCCGTAGCCGTAAAATGGCGTGGTTCGCCAACCAGCGTGAGCGTCAGGCGCTGTTTTTTGCCACCACTTTTGAAGTGATGGGGCATTTAACCAAATCCAAAGGTCGCGTCACG > NC_000913/57009‑57582 | cccAACATGCACTGTGAGGCGAGGTCGGCTGCCAGTCCCTGTTGACTATAAAGGGCGGTGGCAATCATGGTGGCCAGGAGAGTGGGGATACGCTTTTTCATACGTTGATTTTATTGTTCCATCATCGGTAACGTTGCGCGTGACAAACGGACAGAGACTAACGTACTCGTCATCTCTACGCTAGTGTTACTCTTTTCCGAATCGCGTCAGTGGTGTTAGGCACGGCCTTGAATGACAGGCATGATAATGCAAAATATAGACGCTGTCACCAC‑ATTGACCGCAGCCGGaa > 2:424471/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |