| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 210,489 | A→G | 3.2% | I271V (ATT→GTT) | ldcC → | lysine decarboxylase 2, constitutive |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 210,489 | 0 | A | G | 3.2% | 693.8 / 3.8 | 198 | I271V (ATT→GTT) | ldcC | lysine decarboxylase 2, constitutive |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (89/101); new base G (6/2); total (95/103) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.56e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 198 total aligned reads displayed.
CTTAAGGCTGATGTCTCTATTTCGGTCACCGAGCTTGGTTCGTTGCTCGACCACACCGGGCCACACCTGGAAGCGGAAGAGTACATCGCGCGGACTTTTGGCGCGGAACAGAGTTATATCGTTACCAACGGAACATCGACGTCGAACAAAATTGT‑GGGTATGTACGCCGCGCCATCCGGCAGTACGCTGTTGATCGACCGCAATTGTCATAAATCGCTGGCGCATCTGTTGA‑TGATGAACGATGTAGTGCCAGTCTGGCTGAAACCGACGCGTAATGCGTTGGGGATTCTTGGTGGGATCCCGCGCCGTGAATTTACTCGCGACAGCATCGAAGAGAAAGTCGCTGCTACCACGCAAGCACAATGGCCGGTTCATGCGGTGATCACCAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTGGATGTCCCGTCGATTCACTTCGATTCTGCCTGGGTGCCGTACACCCATTTTCATCCGATCTACCAGGGTAAAAGTGGTATGAGCGGCGAGCGTGTTGCGGGAAAAGTGATCTTCGAAACGCAATC > NC_000913/210204‑210769 | gATGTCTCTATTTCGGTCACCGAGCTTGGTTCGTTGCTCGACCACACCGGGCCACACCTGGAAGCGGAAGAGTACATCGCGCGGACTTTTGGCGCGGAACAGAGTTATATCGTTACCAACGGAACATCGACGTCGAACAAAATTGTGGGGTATGTACGCCGCGCCATCCGGCAGTACGCTGTTGATCGACCGCAATTGTCATAAATCGCTGGCGCATCTGTTGA‑TGATGAACGATGTAGTGCCAGTCTGGCTGAAACCGACGCGTAATGCGTTGGGGATTCTTGGTggg > 2:238481/1‑289 (MQ=255) gATGTCTCTATTTCGGTCACCGAGCTTGGTTCGTTGCTCGACCACACCGGGCCACACCTGGAAGCGGAAGAGTACATCGCGCGGACTTTTGGCGCGGAACAGAGTTATATCGTTACCAACGGAACATCGACGTCGAACAAAATTGT‑GGGTATGTACGCCGCGCCATCCGGCAGTACGCTGTTGATCGACCGCAATTGTCATAAATCGCTGGCGCATCTGTTGA‑TGATGAACGATGTAGTGCCAGTCTGGCTGAAACCGACGCGTAATGCGTTGGGGATTCTTGGTGGGa > 2:950544/1‑289 (MQ=255) gATGTCTCTATTTCGGTCACCGAGCTTGGTTCGTTGCTCGACCACACCGGGCCACACCTGGAAGCGGAAGAGTACATCGCGCGGACTTTTGGCGCGGAACAGAGTTATATCGTTACCAACGGAACATCGACGTCGAACAAAATTGT‑GGGTATGTACGCCGCGCCATCCGGCAGTACGCTGTTGATCGACCGCAATTGTCATAAATCGCTGGCGCATCTGTTGA‑TGATGAACGATGTAGTGCCAGTCTGGCTGAAACCGACGCGTAATGCGTTGGGGATTCTTGGTGGGa > 2:1172818/1‑289 (MQ=255) ctATTTCGGTCACCGAGCTTGGTTCGTTGCTCGACCACACCGGGCCACACCTGGAAGCGGAAGAGTACATCGCGCGGACTTTTGGCGCGGAACAGAGTTATATCGTTACCAACGGAACATCGACGTCGAACAAAATTGT‑GGGTATGTACGCAGCGCCATCCGGCAGTACGCTGTTGATCGACCGCAATTGTCATAAATCGCTGGCGCATCTGTTGA‑TGATGAACGATGTAGTGCCAGTCTGGCTGAAACCGACGCGTAATGCGTTGGGGGTTCTTGGTGGGATCCagc > 1:768049/1‑288 (MQ=255) 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CTTAAGGCTGATGTCTCTATTTCGGTCACCGAGCTTGGTTCGTTGCTCGACCACACCGGGCCACACCTGGAAGCGGAAGAGTACATCGCGCGGACTTTTGGCGCGGAACAGAGTTATATCGTTACCAACGGAACATCGACGTCGAACAAAATTGT‑GGGTATGTACGCCGCGCCATCCGGCAGTACGCTGTTGATCGACCGCAATTGTCATAAATCGCTGGCGCATCTGTTGA‑TGATGAACGATGTAGTGCCAGTCTGGCTGAAACCGACGCGTAATGCGTTGGGGATTCTTGGTGGGATCCCGCGCCGTGAATTTACTCGCGACAGCATCGAAGAGAAAGTCGCTGCTACCACGCAAGCACAATGGCCGGTTCATGCGGTGATCACCAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTGGATGTCCCGTCGATTCACTTCGATTCTGCCTGGGTGCCGTACACCCATTTTCATCCGATCTACCAGGGTAAAAGTGGTATGAGCGGCGAGCGTGTTGCGGGAAAAGTGATCTTCGAAACGCAATC > NC_000913/210204‑210769 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |