| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,066,465 | T→C | 100% | K286R (AAG→AGG) | insH1 ← | IS5 transposase and trans‑activator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,066,465 | 0 | T | C | 78.9% | 14.5 / ‑3.6 | 17 | K286R (AAG→AGG) | insH1 | IS5 transposase and trans‑activator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/3); new base C (5/8); total (6/11) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.65e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
CGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAACCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGTCGCTTGATGATGCGAAATGGGTGCTCCA‑CCTTGGCCCGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGTGGATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGCAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACTAGGCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTGGCATCGACACCAATGTG > NC_000913/2066374‑2066748 | cGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAACCCCTTGTATCTGGCTTTCACTAAGCCCAACGGCCGCATGATCATGCCAAATGGGTGCTCCA‑ACTAGGCCCGGATGCTGGCTTTCATCTTTTCATTGTTAATGGGCTTTCTGCTATTAGTTGGATCCTGTTTCGAGGTTCTTATCTTGCATGGGCGCTCGGCGATCACCCAGTGCAAACACACCTCGGACAGCTCCACGAGCTGCGGCGCCCCTGGGAGCCCGGCATCGGCTCAGaaaatatggtcccttccgttcgagata > 2:956761/1‑266 (MQ=2) tatttgtgaacGTTTGTAAGCAAGCCCTTGTAGCTGGCTTTCACGAATCCCAACGCGCTCTTGATGTTGAGACATGGGTGCTCCA‑CCTGGGCCCGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGTTGGTGATGGCCGTTTTATTCTTGCGTGGATGCTGTTTCACGGTTCTTACCTTGCCGTGGCGCTCTGCGATCAGCCAGTCCACTTCCACCTCTGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGCAGCAGATTAc < 2:457361/279‑1 (MQ=11) tATCTGGCTTTCACGAAGCCTAACTGTCTCTTGATTATGCGAAAGGGGTGCTCCA‑CCTTGGCCCGGTTTCTGTCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGTTGATGCTGTTTAAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGCAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCcg < 2:672555/289‑1 (MQ=255) gCTTGTTGTTGCGAACTGGGTG‑TCCAGCCTTGGCCCTGGTGCTGGCTTGCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTGATTCTGGCGTGGATGCTGTTTCAAGTTTCTTACGTTGCCCGGGCGCTCGGCGTTCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTCGCGCCGCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTTCTCCTCTCCATGGAGCAGATTACCCAGCTGATTGGGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACGAGGCTGTGGGTCAGGcc < 2:1220792/289‑1 (MQ=11) gCGAAATGGGTGCTCCA‑CCCTGGCCCGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGTGGATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGCAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACTAGGCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTGGCa > 1:1390514/1‑289 (MQ=14) gCGAAATGGGTGCTCCA‑CCCTGGCCCGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGTGGATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCAAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTTGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAACTTGCTCCTCTCCATGCACCAGATTACCCAACTGACTGAGGTCATGCTCGTTGGACGCGGGGGTGACTAGGCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTGGc > 1:1510870/1‑288 (MQ=255) gAATTGGGTGCTCCA‑CCCGGGCCCGGGTGCTGTCTTGCATTTATTCGATGTTGTTGGCAGTTTTGTTCTTGCGTGTATGCTGTTTCAAGGTTCTCAGCGTGGCGGGCCGCTCGGCGATTGGCCAGTCCAAATCCACCTCCGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGTTAGCCGGCATCGGCTGAGACCAATTGCTCCTCTGCATGCAGCAGAGTACCCAGCTGATTTAGGTCATGCTCGTTTGCCGCGGTGGTGACTAGGCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTGGCAt < 2:1468159/288‑1 (MQ=255) 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gTGCTCCA‑CCCTGGCCCGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGTGGATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGCAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACTAGGCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTGGCATCGACACCa > 1:1433872/1‑289 (MQ=14) gTGCTCCA‑CCCTGGCCCGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGTGGATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGCAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGAGGTGGTGACTAGGCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTGGGATCGCAACCa > 1:1568707/1‑289 (MQ=9) tGCTCCA‑CCCTGGCCCGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGTGGATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCCCCTCTCCATGCAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACTAGGCTGGGGGTCCGGCCGATCTTGGCATCGaaccc > 2:323856/1‑283 (MQ=9) ccA‑CCCTGGCCCGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGTGGATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGCAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACTAGGCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTGGCATCGACACCAAtgcg < 1:1234286/289‑3 (MQ=14) | CGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAACCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGTCGCTTGATGATGCGAAATGGGTGCTCCA‑CCTTGGCCCGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGTGGATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGCAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACTAGGCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTGGCATCGACACCAATGTG > NC_000913/2066374‑2066748 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |