| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 623,367 | Δ1 bp | 2.9% | coding (1068/1251 nt) | entS → | enterobactin exporter, iron‑regulated |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 623,367 | 0 | C | . | 2.9% | 451.4 / 4.0 | 139 | coding (1068/1251 nt) | entS | enterobactin exporter, iron‑regulated |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (70/62); new base . (2/2); total (72/67) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
Only 100 of 139 total aligned reads displayed.
TTTTCTCTACGCGGCGATCCCGCTCGGCGCGGCTATTGGTGCGTTAACCAGCGGGAAGCTGGCACATAGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGATCGTTCCTCGCCATTGGTCTGTTTGGCCTGATGCCGATGTGGATTTTAGGCGTGGTTTGTCTGGCGCTGTTCGGCTGGT‑TGAGTGCGGTCAGCTCGTTGCTGCAATACACAATGCTGCAAACGCAAACCCCGGAAGCGATGTTAGGGCGGATTAACGGTTTGTGGACGGCGCAGAACGTGACGG‑GCGATGCCATAGGCGCGGCGCTGCTGGGTGGTTTGGGCGCGATGATGACACCGGTTGCTTCCGCAAGCGCGAGCGGTTTTGGTTTGTTGATTATCGGCGTGTTGTTATTGCTGGTGCTGGTGGAGTTGCGACATTTTCGCCAGACGCCGCCGCAGGTGACAGCGTCCGACAGTTAATGCTTAAAACA‑GCGCCTTAAGCCTATCCAGCACTTGCATGGCGCTGTAGTAATCCAGACGGAACGTCTCGGTTCCCAGCGCATAAACCTGCTTGTTTTGTA > NC_000913/623082‑623651 | ttttCTCTACGCGGCGATCCCGCTCGGCGCGGCTATTGGTGCGTTAACCAGCGGGAAGCTGGCACATAGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGATCGTTCCTCGCCATTGGTCTGTTTGGCCTGATGCCGATGTGGATTTTAGGCGTGGTTTGTCTGGCGCTGTTCGGCTGGT‑TGAGTGCGGTCAGCTCGTTGCTGCAATACACAATGCTGCAAACGCAAACCCCGGAAGCGATGTTAGGGCGGATTAACGGTTTGTGGACGGCGCAGAACGTg > 1:1086771/1‑289 (MQ=255) tctACGCGGCGATCCCGCTCGGCGCGGCTATTGGTGCGTTAACCAGCGGGAAGCTGGCACATAGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGATCGTTCCTCGCCATTGGTCTGTTTGGCCTGATGCCGATGTGGATTTTAGGCGTGGTTTGTCTGGCGCTGTTCGGCTGGT‑TGAGTGCGGTCAGCCCGTTGCTGCAATACACAATGATGCAAACGCAAACCCCGGAAGCGATGGTCGGGCGGAGTAACGGTTTGGGGGAGGCGCAGACCGGGAggg‑g > 2:197931/1‑289 (MQ=255) cgaCGCGGCGATCCCGCTCGGCGCGGCTATTGGGGCGTTAACCAGCGGGAAGCTGGCACATAGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCGCCACGCTGGGATCGTTCCTCGCCATTGGTCTGGTTGGCCTGATGCCGATGTGGATGTTAGGCGTGGTTGGTCTGGCGCTGTTCGGCTGGT‑TGAGTGCGGTCAGCTCGTTGCTGAAATACACAATGCTGCAAACGCAAACCCCGGAAGCGATGTTAGGGCGGATTAACGGTTTGTGGACGGCGCAGAACGTGACGG‑Gc < 1:1085950/287‑1 (MQ=255) tACGCGGCGATTCCGCTCGGCGCGCCTATTGGTGCGTTAACCCGCGGGAAGCTGGCACATAGTGCGCGATCTGGGCTATTGATGCTTCTCTCCACGCTGGGCTCGTTGCTCGCCATTGGTCTGACTAGCCTGATGTCGACGTGCATTTTAGGCGTGGTTTGTCTGGCGCTGTTCGGCTGGT‑TGAGTGCGGCCCACTCGTTGCTGCAATACACAATGCTGCAAACCCAAACCCCGGACGCCATGTTAGGGCGGAACAAGGGTTTGTGGACGGTGCATACCGTGACGG‑GCg > 2:748620/1‑289 (MQ=255) 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aGAACGTGACGG‑GCGATGCCATAGGCGCGGCGCTGCTGGGTGGTTTGGGCGCGATGATGACACCGGTTGCTTCCGCAAGCGCGAGCGGTTTTGGTTTGTTGATTATCGGCGTGTTGTTATTGCTGGTGCTGGTGGAGTTGCGACATTTTCGCCAGACGCCGCCGCAGGTGACAGCGTCCGACAGTTAATGCTTAAAACA‑GCGCCTTAAGCCTATCCAGCACTTGCATGGCGCTGTAGTAATCCAGACGGAACGTCTCGGTTCCCAGCGCATAAAc > 1:253892/1‑275 (MQ=255) aCGTGACGG‑GCGATGCCATAGGCGCGGCGCTGCTGGGTGGTTTGGGCGCGATGATGACACCGGTTGCTTCCGCAAGCGCGAGCGGTTTTGGTTTGTTGATTATCGGCGTGTTGTTATTGCTGGTGCTGGTGGAGTTGCGACATTTTCGCCAGACGCCGCCGCAGGTGACAGCGTCCGACAGTTAATGCTTAAAACA‑GCGCCTTAAGCCTATCCAGCACTTGCATGGCGCTGTAGTAATCCAGACGGAACGTCTCGGTTCCCAGCGCATAAACCTGCTTGTTTTGTa < 1:143763/286‑1 (MQ=255) | TTTTCTCTACGCGGCGATCCCGCTCGGCGCGGCTATTGGTGCGTTAACCAGCGGGAAGCTGGCACATAGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGATCGTTCCTCGCCATTGGTCTGTTTGGCCTGATGCCGATGTGGATTTTAGGCGTGGTTTGTCTGGCGCTGTTCGGCTGGT‑TGAGTGCGGTCAGCTCGTTGCTGCAATACACAATGCTGCAAACGCAAACCCCGGAAGCGATGTTAGGGCGGATTAACGGTTTGTGGACGGCGCAGAACGTGACGG‑GCGATGCCATAGGCGCGGCGCTGCTGGGTGGTTTGGGCGCGATGATGACACCGGTTGCTTCCGCAAGCGCGAGCGGTTTTGGTTTGTTGATTATCGGCGTGTTGTTATTGCTGGTGCTGGTGGAGTTGCGACATTTTCGCCAGACGCCGCCGCAGGTGACAGCGTCCGACAGTTAATGCTTAAAACA‑GCGCCTTAAGCCTATCCAGCACTTGCATGGCGCTGTAGTAATCCAGACGGAACGTCTCGGTTCCCAGCGCATAAACCTGCTTGTTTTGTA > NC_000913/623082‑623651 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |