| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 286,391 | Δ1 bp | 3.4% | coding (997/1383 nt) | yagG → | CP4‑6 prophage, putative sugar transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 286,391 | 0 | A | . | 3.4% | 398.2 / 5.3 | 119 | coding (997/1383 nt) | yagG | CP4‑6 prophage, putative sugar transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (51/63); new base . (2/2); total (54/65) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.25e-01 | |||||||||||
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
CGACCTGCTCCAACGTGGTGCGCGGCGGGGCGACGCTCTACTTCGTGAAATACGTGATGGATCACCCGGAGTTGGCGACCCAGTTTTTACTTTACGGCAGCCTCGCCACCATGTTCGGCTCGCTTTGCTCCTCACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCGCCTTCAAGTGGATCATCGTCGCCTACTCGCTGATCAGCCTGCTGATTTTCGTCACCCCGGCGGAGCACATCGCGCTCATTTTTGCCCTCAACATCCTGTTCCTGTTCGTCTTTAATACCACCACGCCGCTGCAGTGGCTGATGGCTTCTGACGTGGTGGACTACGAGGAGAGCCGCAGCGGTCGCCGCCTCGACGGGCTGGTGTTCTCCACCTACCTGTTCAGCCTGAAGATTGGCCTGGCGATTGGCGGGGCGGTGGTGGGCTGGATCCTGGCGTACGTCAACTATTCCGCCAGCAGCAGCGTGCAGCCGGTTGAGGTGCTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTC > NC_000913/286110‑286665 | cGACCTGCGCCAACGTGGTGCGCGGCGGGGCGACGCTCTACTTCGTGAAATACGTGATGGATCACCCGGAGTTGGCGACCCAGTTTTTACTTTACGGCAGCCTCGCCACCATGTTCGGCTCGCTTTGCTCCTCACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCGCCTTCAAGTGGATCATCGTCGCCTACTCGCTGATCAGCCTGCTGATTTTCGTCACGCCGGCGGAGCACATCGCGCTCATTTTTGCCCTCAACATCCTGTTCCTGTTCGTCTTTAATACctccac > 1:737258/1‑289 (MQ=255) aCCTGCTCCAACGTGGTGCGCGGCGGGGCGACGCTCTACTTCGTGAAATACGTGATGGATCACCCGGAGTTGGCGACCCAGTTTTTACTTTACGGCAGCCTCGCCACCATGTTCGGCCCGCTTTGCTCCTCACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCCCCGCCTTCAAGTGGATCATCGTCGCCTACTCGCTGATTAGCCTGCTGATTTTCGTCCCCCCGGCCGAGCACATCGCGCTCATTTTTGCCCTCAACATCCTGTTCCTGTTCGTCTTTAATACcaacacc > 2:1118907/1‑287 (MQ=255) cTGCTCCAACGTGGTGCGCGGCGGGGCGACGCTCTACTTCGTGAAATACGTGATGGATCACCCGGAGTTGGCGACCCAGTTTTTACTTTACGGCAGCCTCGCCACCATGTTCGGCTCGCTTTGCTCCTCACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCGCCTTCAAGTGGATCATCGTCGCCTACTCGCTGATCAGCCTGCTGATTTTCGTCACCCCGGCGGAGCACATCGCGCTCATTTTTGCCCTCAACATCCTGTTCCTGTTCGTCTTTAATACCACCAcgccg < 2:830374/289‑1 (MQ=255) cTCCAACGTGGTGCGCGGCGGGGCGACGCTCTACTTCGTTAAATACGTGATGGATCACCCGGAGTTGGCGACCCAGTTTTTACTTTACGGCAGCCTCGCCACCATGTTCGGCTCGCTTTGCTCCTCACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCGCCTTCAAGTGGATCATCGTCGCCTACTCGCTGATCAGCCTGCTGATTTTCGTCACCCCGGCGGAGCACATCGCGCTCATTTTTGCCCTCAACATCCTGTTCCTGTTCGTCTTTAATACCACCACGCCGCTg < 2:417409/289‑1 (MQ=255) cTCCAACGTGGTGCGCGGCGGGGCGACGCTCTACTTCGTGAAATACGTGATGGATCACCCGGAGTTGGCGACCCAGTTTTTACTTTACGGCAGCCTCGCCACCATGTTCGGCTCGCTTTCCCCCCCACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCCCCGCCTTCACGTGGATCATCGTCGCCTACTCCCTGACCAGCCTGCTGCGTTTCGTCACCCCGGCGGAGCACACACCGATCATTTTTGCCCTCAACATCCTCTTCCTGTTCCTCTTTTATACCCCCCCGCctct > 2:130639/1‑288 (MQ=255) agcGTGGTGCGCGGCGGGGCGACGCTCTACTTCTGGAAATACGTGATGACTCACCCGGCGTTGGCGACCCAGTTTTTGTTTTACGGCAGCCTCGCCACCATGTTCGGCTCGCTTTGCTCCTCACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCGCCTTCAAGTGGATCATCGTCGCCTACTCGCTGATCAGCCTGCTGATTTTCGTCACCCCGGCGGAGCACATCGCGCTCATTTTTGCCCTCAACATCCTGTTCCTGTTCGTCTTTAATACCACCACGCCGCTGCa < 2:418696/285‑1 (MQ=255) aCGTGGTGCGCGGCGGGGCGACGCTCTACTTCGTGAAATACGTGATGGATCACCCGGAGTTGGCGACCCAGTTTTTACTTTACGGCAGCCTCGCCACCATGTTCGGCTCGCTTTGCTCCTCACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCGCCTTCAAGTGGATCATCGTCGCCTACTCGCTGATCAGCCTGCTGATTTTCGTCACCCCGGCGGAGCACATCGCGCTCATTTTTGCCCTCAACATCCTGTTCCTTTTCGTCTTTAATCCCACCACGCCGCTGCAGTg > 1:399412/1‑289 (MQ=255) gtgCGCGGCGGGGCGACGCTCTACTTCGTGAAATACGTGATGGATCACCCGGAGTTGGCGACCCAGTTTTTACTTTACGGCAGCCTCGCCACCATGTTCGGCTCGCTTTGCTCCTCACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCGCCTTCAAGTGGATCATCGTCGCCTACTCGCTGATCAGCCTGCTGATTTTCGTCACCCCGGCGGAGCACATCGCGCTCATTTTTGCCCTCAACATCCGGTTCCTGTTCGTCTTTAATACCACCACGCCGCTGCAGTGGCTGa > 1:971602/1‑289 (MQ=255) gtgCGCGGCGGGGCGACGCTCTACTTCGTGAAATACGTGATGGATCACCCGGAGTTGGCGACCCAGTTTTTACTTTACGGCAGCCTCGCCACCATGTTCGGCTCGCTTTGCTCCTCACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCGCCTTCAAGTGGATCATCGTCGCCTACTCGCTGATCAGCCTGCTGATTTTCGTCACCCAGGCGGAGCACCTCGCGCTCATTTTTGCCTTCAACCTCCTCTTCCTGCTCGTCTTTAATACCACCACGCCGCTGGAGTTGCTGa > 2:981774/1‑289 (MQ=255) gcgcGGCGGGGGGACGCCCTACTTCGTGAATTACGTGATGGATCACCCGGGGTTGGCGACCCAGTTTTTACTTTACGGCAGCCTCGCCACCATGTTCGGCTCGCTTTGCTCCTCACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCGCCTTCAAGTGGATCATCGTCGCCTACTCGCTGATCAGCCTGCTGATTTTCGTCACCCCGGCGGAGCACATCGCGCTCATTTTTGCCCTCAACATCCTGTTCCTGTTCGTCTTTAATACCACCACGCCGCTGCAGTGGCTGAt < 2:910052/288‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |